На этом месте чехи основали Пражский Град, ставший резиденцией Пршемысловичей и положивший начало строительству Праги. Вскоре ее слава действительно «вознеслась до небес». Так рассказывается об основании Праги в знаменитой «Чешской хронике» Козьмы Пражского (до 1125 г.)
Либуше выбрала для Праги очень удачное место. Она находится не только в центре Западной Европы, но и прямо посередине исторических чешских земель. К тому же это место издавна было точкой пересечения важнейших торговых путей — с востока (Киева и Польши) на запад и с юга (Италии, Византии) на север.
По мнению ученых, история Праги складывалась не совсем так, как рассказывают летописи. Она началась с момента основания Пражского Града между 880 и 890 годами князем Борживоем из рода Пршемысловичей. В первой половине X века на противоположном берегу Влтавы возникла вторая крепость Пршемысловичей — Вышеград. Вокруг крепостей постепенно разрастались поселения — из хроники летописца Козьмы Пражского известно о пригородах Вышегра-да и Пражского Града, о селениях немецких, романских и еврейских купцов, расположенных на этой территории.
К XII веку из двух крепостей вырос большой город, в котором четко обозначились: Пражское Место (позднее — Старое Место), чуть позже — Новое Место (с XIV века названное Меньшим Местом, или Малой Страной). На XIII век приходится и расцвет еврейского гетто.
При короле и императоре Карле IV (1346–1378) Прага превращается в столицу средневековой Римской империи. При нем строятся первый в городе заальпийский университет, Новое Место пражское, знаменитый Карлов мост с мостовыми башнями, здание Староместской ратуши, монастырь на Слованех (Эмаусы) и другие шедевры архитектуры. Прага периода правления Карла IV превратилась в блестящую столицу, выстроенную в стиле высокой готики, в один из крупнейших городов Европы того времени.
В XV веке Прагу сотрясали Реформация, революция и гуситские войны. Но город продолжал расти — достраивался собор Девы Марии перед Тыном, выросла Пороховая башня, к Староместской ратуше пристроили новый фасад со знаменитыми астрономическими часами.
Привилегированное положение Праги пошатнулось в 1526 году, после вступления на чешский престол первых Габсбургов. В 1547 году король Фердинанд I сильно потеснил пражан, лишив их хозяйственного и политического влияния. Но, несмотря на репрессии, Прага продолжала развиваться и строиться, но уже в ренессансном стиле. В Прагу стекались торговцы, банкиры и строители из Италии. После того, как в 1541 году на левом берегу Влтавы случился большой пожар, в городе один за другим стали появляться дворцы аристократов.
В 1583–1612 годах Пражский Град стал резиденцией Рудольфа II — мецената, ученого, проявлявшего большой интерес к алхимии и другим тайным знаниям. Ко двору стекались художники и ученые со всех концов Европы. В Праге в ту пору жили и работали астрономы и математики Тихо Браге и Иоганн Кеплер, скульпторы и художники Адриен де Врис, Ганс ван Аахен, Джузеппе Арчимбольдо и Бартоломей Спрангер, алхимики Джон Ди и Эдвард Келли, а также ученые-каббалисты, в числе которых был раввин Лёв — создатель легендарного Голема. После 1600 года Прага императора Рудольфа превратилась в крупный, полный блеска город с 60000 жителей.
Но все хорошее когда-нибудь кончается. В 1620 году чешские сословия вновь восстали против Габсбургов. После решающей битвы на Белой горе, где восставшие были разбиты, пражские города подверглись новым репрессиям и насильственной рекатолизации. Протестанты покидали Прагу, а вскоре ее оставил и императорский двор, переместившись в Вену. Но Прага, превратившаяся из столицы в провинцию, продолжала расти — на сей раз в стиле барокко.
После декрета Иосифа II от 12 февраля 1784 года четыре самостоятельных пражских города — Старое Место, Новое Место, Малая Страна и Градчаны — объединились в единый город — Прагу, снова ставшую центром культуры и чешского национального возрождения. В 1787 году в Ностицком (Ставовском, т. е. Сословном: от stav — «сословие») театре впервые была поставлена опера В. А. Моцарта «Дон Жуан». В этом же театре давал концерты Бетховен.
В XIX веке Прагу стали модернизировать по образцу крупных западноевропейских городов. Вместе с чешской культурой развивалась и немецко-еврейская: в Праге жили и творили Кафка, Рильке, Верфель, Мейринк, Киш и другие. Не обошли вниманием Прагу Эйнштейн, Малер, Эрнст Мах.