В 1852 году старец Макарий по вызову митрополита Филарета посетил Москву и виделся с митрополитом. В эту же поездку от посетил Троице-Сергиеву Лавру и виделся с профессором протоиереем Ф. А. Голубинским. Так укреплялась связь Оптиной Пустыни с ученым, литературным и богословским миром Москвы. Вместе с тем все более и более возрастало духовное влияние и значение о. Макария среди монашествующих разных монастырей. Под его руководством находились женские обители в Великих Луках, Вязьме, Курске, Серпухове, Севске, Калуге, Ельце, Брянске, Казани, Осташкове, Смоленске и других местах. Отовсюду к нему обращались и миряне, лично и письменно, и приезжали к нему исповедываться. После кончины о. Макария заботами Н. П. Киреевской были напечатаны его письма к монашествующим в четырех томах и к мирским особам в одном томе, заключающие в себе драгоценные уроки христианской жизни, основанные на писаниях отцов-подвижников и собственном огромном духовном опыте, чуткости и проницательности смиренного и любящего сердца, изложенные с удивительною простотою, напоминающею писания святителя Тихона Задонского. Жизнь старца Макария, как и его предшественника, о. Льва, не обошлась без скорбей и огорчений, во исполнение слов Спасителя: “В мире скорбни будете”. Вскоре после выхода в свет жизнеописания старца Паисия Величковского с приложением его писаний и между ними статьи об умной Иисусовой молитве и о приемах обучения этой молитве, получено было на имя Натальи Петровны Киреевской анонимное письмо с резкими нападками на эту молитву, на старца о. Макария и на Наталью Петровну, выпустившую в свет такое сочинение. Нашлись и другие лица, также осуждавшие опубликование статьи старца Паисия и полагавшие, что подобные вещи должны храниться в глубине монастырских келий и не выноситься на улицу, к соблазну непосвященных. Упреки, высказываемые Н. П. Киреевской, были, в сущности, обращены к о. Макарию и доставили ему немалую скорбь. В начале пятидесятых годов новая неприятность постигла старца. Киреевские любили иногда приглашать его к себе, в село Долбино, и для его успокоения выстроили ему небольшой особый домик в саду, где он и проживал день, два и три во время своего пребывания в Долбине, отдыхая от непрерывного приема народа в монастыре. Слухи о том, что старец покидает по временам свой скит и живет вдали от него у светских лиц, были доведены до сведения митрополита Филарета, причем митрополиту жаловались, что посетители Оптиной Пустыни лишены возможности видеть старца и пользоваться его советами вследствие его отсутствия из монастыря. Митрополит написал по этому поводу письмо Н. П. Киреевской, в котором мягко, но решительно указал недопустимость проживания старца в Долбине. Наконец, в тех же пятидесятых годах еще одна неприятность постигла о Макария. По чьему-то ходатайству митрополит Филарет возбудил в Синоде вопрос о назначении о. Макария настоятелем Волховского монастыря Орловской епархии. Это предположение вызвало крайнюю тревогу как среди братии Оптиной Пустыни, так и среди светских почитателей старца, которым пришлось употребить немало усилий, чтобы убедить высшие духовные власти в том, то о. Макарий и по своему возрасту, и по своему здоровью, и по своему положению в Оптиной Пустыни не может быть взят оттуда. Так среди всевозможных огорчений и тревог подходила к концу жизнь о. Макария, и, наконец, 7 сентября 1860 года последовала его мирная кончина. День кончины старца Макария — единственный день в году, когда разрешается доступ в Оптинский скит женщинам, желающим помолиться в скитской церкви об упокоении души его. Это обстоятельство лишний раз подтверждает, какою исключительною и благоговейною любовью была окружена память кроткого и учительного старца.