На это обратила внимание и сама Ключарева, и была недовольна распоряжениями старца. Последующие события разъяснили загадку. Обе девочки, горячо любившие друг друга и старца, и всеми любимые, одновременно заболели дифтеритом и через несколько дней к общему горю и особенному горю бабушки скончались. После смерти девочек приспособление усадьбы для барской жизни потеряло смысл, настроение Ключаревой переменилось, и усадьба получила новое назначение — стала приспособляться под женскую иноческую обитель.
При Ключаревой состоял большой штат женской прислуги, частью еще из ее бывших крепостных. Эти женщины, богомольные и расположенные к монашеской жизни, положили начало монашеской общине. Зал дома, устроенный по указаниям о. Амвросия в восточной части дома, сделался домашнею церковью, где и отправлялись положенные службы Постепенно обитель стала расти. Начальницей обители о. Амвросий избрал другую свою духовную дочь, также богатую и родовитую помещицу, Софью Михайловну Астафьеву, урожденную Болотову, брат которой, иеромонах Даниил, получивший специальное образование в петербургской Академии художеств, талантливый художник-портретист, жил в скиту Оптиной Пустыни. Софья Михайловна, будучи еще в миру, отличалась высоким духовным настроением, соединяя молитвенный подвиг с делами самоотверженного служения ближним. Овдовев после первого брака, она хотела поступить в монастырь, но по благословению старца Амвросия вышла вторично замуж за больного и старого Астафьева и несколько лет жила при нем как бы сиделкой и сестрой милосердия. Овдовев вторично, умудренная скорбным жизненным подвигом, она была, наконец, поставлена во главе возникшей Шамординской общины.
1 октября 1881 года состоялось открытие общины. О. Амвросий не присутствовал на открытии. Затворившись у себя в келье, он целый день провел в усиленной молитве. Вновь открытая община росла с такою быстротою, что не успевали строить новые корпуса для вновь принимаемых сестер. Дело требовало огромных забот и огромных средств, и всею своею тяжестью легло на престарелого и болезненного старца. Старец всею душою отдался этому делу. Он послал в Шамордино несколько ближайших к нему и опытнейших братий для помощи матушке Софии в устроении обители и сам ежедневно выслушивал их отчеты и давал им руководящие указания. Имя старца Амвросия привлекло в обитель сестер со всех концов России, из всех классов общества. Пришли сюда и молодые курсистки, искавшие и находившие у старца указание смысла жизни; пришли богатые и знатные помещицы, вкладывавшие свои материальные средства на созидание обители. Были здесь и любительницы благочестия из купеческого звания, принимавшие иногда тайный постриг еще до поступления своего в монастырь. И особенно много было здесь простых крестьянок. Все они составили одну тесную семью, объединенную безграничною любовью к собравшему их старцу, который со своей стороны любил их также искреннею отеческою любовью. С особенною любовью принимал он в свою обитель всех обездоленных, несчастных, бесприютных. “Таких-то, — говорил он, — нам и нужно!” Пришла к нему одна молодая крестьянка, оставшаяся по смерти мужа бездетной вдовой в мужниной семье, больная, не способная к работе, всем чужая и никому не нужная. Свекровь ей говорила: “Ты бы, милая, хоть удавилась — тебе не грех!” Пришла она к старцу вся в слезах и поведала ему свое горе. Старец внимательно выслушал ее и сказал: “Этот хлам и у нас сойдет”. И велел принять ее в Шамордино. И вот из таких-то несчастных и им подобных набралось в Шамордине еще при жизни старца до тысячи сестер. Нашлись благочестивые и щедрые благотворители, известная московская купеческая семья Перловых, и выстроили в Шамордине величественный храм, трапезную и другие здания. Главною святынею храма была чудотворная Казанская икона Божией Матери, по имени которой и сама обитель стала именоваться Казанскою. Когда о. Амвросий в первый раз приехал в Шамординскую усадьбу, после того как она была куплена Ключаревой, и вошел в залу, он обратил внимание на эту икону Богоматери, висевшую в углу, долго рассматривал ее и сказал: “Эта икона чудотворная — почитайте ее!” Слова старца подтвердились многими последующими случаями.
Алтарь нового, большого храма был устроен так, что отделялся на некоторое расстояние от его восточной стены, и это давало возможность отчетливо слышать возгласы священнослужителей во всех концах храма. Особенно внимательно старец следил за благоговейным и уставным выполнением церковных служб. На одном из клиросов он сделал собственноручную надпись: “Не ревнуй лукавнующим, зане лукавнующие потребятся” (Псал. 36, 1). Тихое и стройное пение двух клиросов под управлением опытных регентш, обученных московскими специалистами, неспешное, ясное уставное чтение и весь благоговейный, неспешный и стройный чин богослужения производил сильное впечатление на присутствующих в храме и располагал к молитве.