1891 год был последним годом в земной жизни старца. Все лето этого года он провел в своей любимой обители, как бы спеша закончить и устроить там все незаконченное. Он ясно сознавал приближение своей кончины, и это видно было из всех его слов, из всех распоряжений. Многое объяснилось уже только после его кончины. Приехав в Шамордино в начале лета, старец задержался там по разным обстоятельствам. Шли спешные работы, по которым требовались указания. Новая настоятельница, игуменья Евфросинья, нуждалась в руководстве. Старец, повинуясь распоряжениям консистории, неоднократно назначал дни своего отъезда, но ухудшение здоровья, наступавшая слабость заставляли его откладывать свой отъезд. Так протянулось дело до осени, и всем стало ясно, что старец останется и на зиму в Шамордине. Стали приготовлять для него зимнее помещение. Сестры радовались, что старец не покинет их. Между тем из Калуги шли все более и более настойчивые требования о возвращении старца в скит. Наконец было получено известие, что сам преосвященный, недовольный медлительностью старца, собирается приехать в Шамордино и увезти о. Амвросия в Оптину Пустынь. Обиженные за старца сестры сильно волновались. Один старец оставался спокоен и благодушен. Осеннее время неблагоприятно отразилось на здоровье старца. Он простудился и, наконец, перестал вставать с постели. Это была его последняя, предсмертная болезнь. Не сознававшие опасности положения старца сестры, встревоженные вестями о приезде архиерея, спрашивали старца: “Как мы будем встречать владыку, если он приедет к нам?” Старец отвечал: “Мы пропоем ему — со святыми упокой!”
Наконец в Шамордине получено было известие, что владыка выехал из Калуги. А старец слабел все более и более. И вот — едва преосвященный успел проехать половину пути до Шамордина и остановился ночевать в Перемышльском монастыре, и сидел вечером за чаем с настоятелем монастыря, как ему подали телеграмму, извещающую его о кончине старца. Преосвященный изменился в лице и, подавая телеграмму настоятелю, смущенно сказал: “Что же это значит?” Был вечер десятого октября.
Преосвященному советовали на другой день вернуться в Калугу, но он ответил: “Нет, вероятно, такова уж воля Божия! Простых иеромонахов архиереи не отпевают, но это особенный иеромонах — я хочу сам совершить отпевание старца!” Прибыв в Шамордино, владыка направился прямо в церковь, где уже находилось тело старца. Шла панихида. Когда владыка вступил в храм, певчие пели: “Со святыми упокой”... Сестры вспомнили пророчество старца, и громкие рыдания огласили церковь.
Шамординские сестры очень хотели, чтобы тело старца было предано земле в том месте, где застигла его смерть, т. е. в Шамордине. Они усматривали в этом волю Божию. Оптинцы же находили, что старец должен быть погребен в той обители, в которой он числился, в которой он полагал начало монашеству, в которой протекла вся его жизнь, и в которой почивали его наставники — старцы Лев и Макарий. Там, около этих старцев, следовало почивать и телу о. Амвросия. За разрешением возникшего затруднения обратились в Св. Синод, и Синод предписал предать земле останки старца Амвросия в Оптиной Пустыни.
Была дождливая осенняя погода. Но это не помешало огромному стечению народа, отовсюду собравшегося на погребение чтимого старца. После продолжительного отпевания, совершенного в Шамордине, во время которого было произнесено много глубоко прочувствованных речей, отметивших великое значение русского старчества вообще и старца о. Амвросия в частности, гроб старца, при громком плаче осиротевших шамординских сестер, был вынесен из церкви, и похоронная процессия двинулась в Оптину Пустынь. Сопровождаемая хоругвями и иконами, встречаемая в попутных селениях крестными ходами и духовенством в облачении, процессия была более похожа на перенесение мощей, нежели на обычное погребение умершего. Всю дорогу до Оптиной Пустыни гроб несли на руках. Несмотря на моросивший дождь и грязную дорогу, не уменьшалось число людей, сопровождавших процессию, не умолкали погребальные песнопения и ярко горели свечи в руках молящихся. Уже в сумерки процессия достигла Оптиной Пустыни, откуда навстречу ей уныло неслись звуки большого колокола. Тело старца Амвросия предано было земле на общем кладбище по правую сторону от алтаря Введенского храма рядом с могилою старца Макария. Так закончилось многотрудное старческое служение о. Амвросия, в течение тридцати лет облегчавшего и несшего на себе скорби и тяготы бесчисленного числа людей, искавших у него помощи и утешения. Впоследствии над могилой старца была воздвигнута часовня, в которой пред иконами Казанской Божьей Матери и святителя Амвросия Медиоланского теплились неугасимые лампады.