В 1929 году Крэддок и Ридли повторили эксперименты Флеминга над животными, в которых он определял токсичность пенициллина. Они тоже обнаружили, что бактерицидные свойства пенициллина теряются очень быстро. Флеминг проявлял мало интереса к их последним экспериментам, и краткое упоминание об их работе в статье 1929 года является явной недооценкой. Тем временем несколько его попыток использовать пенициллин в клинических условиях дали совершенно неоднозначные результаты. Имея надежные результаты, говорящие о том, что «плесневый сок» будет бесполезен при лечении внутренних заболеваний, Флеминг экспериментировал с ним как с местным антисептиком. Его первым пациентом был человек, умиравший от заражения крови после ампутации ноги. Рану смочили пенициллином, но инфекция не остановилась, и больной умер. Обескураживающее начало.
Затем один из коллег Флеминга по больнице Святой Марии перед соревнованием по стрельбе серьезно заболел пневмококковым конъюнктивитом. Флеминг, заботясь о престиже стрелкового клуба, намазал больной глаз коллеги пенициллином, и инфекция почти тут же исчезла. Тем не менее эта удача была омрачена — Крэддок, страдавший от хронического насморка, обнаружил, что ему пенициллин совершенно не помогает. Так, несмотря на редкие успехи, к лету 1929 года интерес Флеминга к пенициллину почти полностью угас. Там, где «плесневый сок» проявлял себя положительно, имелись и другие альтернативы, и на основе безукоризненных с научной точки зрения аргументов он отказался от своей недолго просуществовавшей идеи, будто пенициллин может быть «прекрасным антисептиком».
За весь 1929 год он прочитал всего одну лекцию и написал одну статью о своей работе над пенициллином. Лекция была прочитана в Медицинском научно-исследовательском клубе, и мы о ней уже упоминали. В отличие от распространенного мифа, он ничего не сказал аудитории о результатах экспериментов по использованию пенициллина как чудо-лекарства, а его статья называлась «Среда для изоляции бациллы Пфайфера» и касалась более прозаических тем. Поскольку бацилла Пфайфера представляла огромный интерес для клиницистов как потенциальная причина гриппа, то для отделения вакцинации больницы Святой Марии она была интересна вдвойне. Если чашку Петри с пенициллиновой плесенью окружить атмосферой, содержащей микроорганизмы, то через несколько часов в ней образуются чистые колонии бациллы Пфайфера, на основе которых можно изготавливать вакцину. Это объясняется тем, что пенициллин, будучи губительным почти для всех бактерий, оставляет поле для размножения бациллы Пфайфера, на которую он не действует. Бесспорно, это было полезной инновацией. Однако ее трудно назвать открытием, за которое Флемингу могли бы стоя аплодировать видные представители различных направлений медицинской науки. Зная о его неумении выступать публично, стоит ли удивляться, что эта лекция была воспринята без особого интереса.
Появившаяся в мае 1929 года статья Флеминга тоже не содержала особых откровений. Она называлась «Об антибактериальных свойствах культуры Penicillium и ее применении для изоляции B.influenzae» и была посвящена его счастливому открытию. Однако он лишь бегло упомянул о терапевтическом использовании пенициллина, да и то в качестве «местного антисептика». После этого, вплоть до начала 40-х годов, Флеминг только раз обсуждал медицинские свойства пенициллина в печати. Он рассматривал его как лабораторный реагент для изоляции бациллы Пфайфера, и всё. (Флеминг также использовал свой «селективный уничтожитель» в качестве стандартного диагностического теста: он наносил слюну больных заболеваниями грудной или ротовой полости на стекло, содержавшее смесь пенициллина и питательной среды, и ждал, появятся ли колонии бациллы Пфайфера.)
Летом 1929 года Флеминг прекратил исследования пенициллина и остановил работу Крэддока и Ридли. В его лабораторных записях за 1930 год нет ни одного упоминания чудесной плесени. Однако в 1931 и 1932 годах ей посвящено несколько страниц. В последующие четыре года пенициллин упоминался лишь четырежды, и всякий раз как лабораторный реагент. Затем, в декабре 1938 года, Флеминг отметил, что пенициллин можно получать в различных органических средах.