Мария Александровна упросила сына написать прошение о помиловании, - она еще надеялась на милость государя. Александр свое прошение передал в полицию:
«Ваше Императорское Величество! Я вполне сознаю, что характер и свойства совершенного мною деяния и мое отношение к нему не дают мне ни права, ни нравственного основания обращаться к Вашему Величеству с просьбой о снисхождении в видах облегчения моей участи. Но у меня есть мать, здоровье которой сильно пошатнулось в последние дни, и исполнение надо мною смертного приговора подвергнет ее жизнь самой серьезной опасности. Во имя моей матери и малолетних братьев и сестер, которые, не имея отца, находят в ней свою единственную опору, я решаюсь просить Ваше Величество о замене мне смертной казни каким-либо иным наказанием. Это снисхождение возвратит силы и здоровье моей матери и вернет ее семье, для которой ее жизнь так драгоценна, а меня избавит от мучительного сознания, что я буду причиною смерти моей матери и несчастья всей моей семьи. Александр Ульянов»"
Процесс по «делу 1 марта 1887 г» проходил при закрытых дверях. В зал суда было разрешено допустить лишь министров, их товарищей, членов Государственного Совета, сенаторов и лиц из высших кругов по списку. Близкие и родные подсудимых не были допущены не только в судебный зал, но и на свидание с ними во время суда и после. На прошение матери Ульянова, позволить ей свидание с сыном в это время была наложена начальством полиции резолюция: «Если госпожа Ульянова будет справляться, объявить, что свидания не разрешены». Директор департамента полиции распорядился ответить Ульяновой на прошение лишь в случае нового ее обращения.
Одновременно Мария Александровна обратилась к товарищу министра внутренних дел Оржевскому смягчить наказание ее дочери Анне Ильиничне Ульяновой и направить ее просьбу царю. Однако Оржевский это прошение царю на отправил, а передал его в особое присутствие Сената, куда и поступило дело
К суду были привлечены 15 человек: Ульянов Александр, Осипанов, Андреюшкин, Генералов, Шевырев, Лукашевич, Новорусский, Ананьина, Пилсудский Бронислав, Пашковский, Шмидова, Канчер, Горкун, Волохов и Сердюкова. Из 15 обвиняемых 12 человек были студентами. Все подсудимые были приговорены к смертной казни, но особое присутствие Сената ходатайствовало для восьми подсудимых о замене смертной казни другими наказаниями. Александр III утвердил смертный приговор для пятерых осужденных: Ульянова, Шевырева, Генералова, Осипанова и Андреюшкина. Были пожизненно заточены в Шлиссельбургскую крепость Лукашевич и Новорусский и пробыли в ней 18 лет до революции 1905 г. Ананьина была сослана на реку Кару, на север, на границу Архангельской губернии, на 20 лет, Пилсудский был отправлен на 15 лет на Сахалин. Четверых осужденных приговорили к 10 годам каторжных работ. Шмидову сослали в Сибирь на поселение, а Сердюкову, признанную виновной в недоносительстве, заключили на 2 года в тюрьму. 4 мая приговоренные к казни были вывезены в Шлиссельбург и повешены 8 мая 1887 г. Исполнением судебного приговора не завершилось обширное делопроизводство по процессу «1 марта 1887 г».
Вынесение административных решений по делам других привлеченных по этому процессу продолжались. 8 апреля вышло «высочайшее» повеление сослать в Восточную Сибирь на 5 лет Анну Ульянову. Заведующий полицией Н. И. Шебеко в письме к министру юстиции Н. А. Манасеину просил учесть бедственное положение Марии Александровны Ульяновой и выслать А. И. Ульянову в более благоприятную местность. В одной из имеющихся справок конкретно указывался адрес - дом семьи Ульяновых. С согласия Александра III Ан¬не Ульяновой было предписано в течение пяти лет находиться под надзором полиции в родовом имении семьи Бланков в селе Кокушкино. Анна проживала в Кокушкино до 1889 г, а затем вместе со всей семьей, с разрешения полиции, переехала на хутор около деревни Алакаевка, купленный Марией Александровной. Их приезд в Алакаевку 4-го мая зафиксирован в донесении самарской жандармерии: «прибыла состоящая под гласным надзором полиции дочь действительного статского советника Анна Ульянова на хутор при деревне Алакаевке».
В июле 1889 г. с разрешения самарского губернатора Анна вышла замуж за Марка Тимофеевича Елизарова. С Марком Анна познакомилась еще в Петербурге. Марк учился на одном отделении университета с Александром, вошел в самарское землячество, и был его активным членом. Участвовал в кружке по изучению истории крестьянства, организованном этим землячеством. В экономическом кружке познакомился с Александром Ульяновым. Окончив в 1886 г университет, Марк Елизаров на год остался в Петербурге, где работал в Казенной палате – учреждении Министерства финансов, ведавшего поступлением доходов по губернии. Марк Тимофеевич собирался служить в земстве. По делу о подготовке покушения на царя: Александра III он был арестован и лишь за отсутствием каких-либо улик был освобожден из-под стражи, но со службы уволен и зачислен в разряд «политически неблагонадежных». Елизарову пришлось оставить Петербург и уехать в Самару, где он работал помощником секретаря самарского мирового судьи, а после долгих хлопот ему разрешили занять место помощника делопроизводителя управления государственных имуществ. Все попытки устроиться преподавателем математики и физики, баллотироваться в мировые судьи остались безуспешными. В Самаре Марк имел квартиру на Дворянской улице. Привезти сюда молодую жену, находящуюся под надзором полиции, без разрешения властей он не мог. После настойчивых хлопот разрешение было получено. 26 сентября Анна переехала из хутора Алакаевка в Самару. А потом вся семья Ульяновых поселилась в Самаре. После снятия «неблагонадежности» в 1893 году е Марк работал бухгалтером в Управлении железной дороги в Москве. Брак Анны с Марком оказался счастливым, хотя и бездетным.
Версия, что Александр Ульянов был сыном государя, выстроена на информации о якобы существовавшем приеме царем провинциальной дворянки, Марии Александровны, сразу после ее приезда в Петербург. В развитии этой истории даже сообщались детали об их совместном посещении сына Александра в камере Шлиссельбургской крепости и об их уговорах сына написать прошение о помиловании. Но якобы тот наотрез отказался. Как следует из документов государь имел информацию о процессе только из донесений министерства внутренних дел. И реакция его была жесткой и категоричной. Марии Александровне были разрешены свидания в тюрьме, но отказано во встречах с сыном во время суда и после него. А просьбу о помиловании Александр по просьбе матери написал. Версия – чистый вымысел, далека от реальности, следовало бы ее отнести по схожести замысла к произведению Александра Дюма, а не к истории.
Не выдерживает критики и версия, что Александр был сыном Каракозова, и что движущим стимулом действий Александра была месть, и что поглощенный наукой молодой человек, узнав тайну семьи, науку бросил и организовал террористическую группу, чтобы убить царя. Никаких крутых перемен в поведении Александра, как следует из документов, не происходило, он, как и многие студенты из «культурной группы», под действиями событий, развивавшихся в России, перешел в группу радикалов. По делу от 1 марта 1887 г. было привлечено 45 человек, которых объединяла идея освобождения России от гнета самодержавия. Они понимали, что в случае провала, им грозит смертный приговор, но они от своей цели не отказывались, и готовили покушение. В этом был, по их мнению, их гражданский долг. А месть это – всего лишь сведение счетов, внутренняя разборка, и с трудом может вовлечь в операцию кого-либо кроме родственников.
К сожалению, неизвестна дата создания группы Шевырева и вступления Александра в нее. Судя по имеющейся информации, в ноябре 1886 г. Ульянов еще не был ее членом. В шествии он участвовал вместе с членами научно-литературного кружка. А покушение было намечено на 1 марта 1887 г., то есть через четыре месяца. Слишком короткий промежуток времени для согласования и определения целей, принятия решения и организации, включая изготовление бомб в Воронеже, покушения. Логично было бы считать, что фракция это образовалась и сформировалась значительно раньше, и цели ее были также определены. Программа Ульянова, написанная где-то в январе, уточнила главные задачи фракции на ближайший момент и на перспективу, а внесение четкости в понимании методов действий отбросили разногласия и укрепили уверенность каждого из членов. Так и отметил на допросе Е. И. Яковенко, что «Шевырев был инициатором, вдохновителем и собирателем кружка. Ульянов – его железной скрепой и цементом».