Судебные преследования не страшны для сектантов, потому что здесь надо доказать факт совращения свидетельскими показаниями, чтобы на основании 196 ст. Уложения о наказаниях, можно было приговорить обвиняемого с лишением всех прав состояния к ссылке в Закавказье или в Сибирь. Гораздо страшнее административные ссылки, где обвиняемый не знает, кто донес на него, где его не спрашивают, не выслушивают, не дают возможности защищаться, но вырывают его из привычной для него среды и посылают в незнакомую для него местность, где он не может часто добыть себе и пропитание, разоряя его хозяйство и оставляя на произвол судьбы его семейство. Эта мера была весьма удобна для духовенства, как верное орудие борьбы с сектантами, которое быстро устраняло противника, когда словесная борьба не давала удовлетворительных результатов. К этой мере духовенство прибегало очень рано, но правительство еще колебалось применять ее. Так, когда в 1889 году киевский прокурор отказал епархиальному начальству в предании суду Коваля и Лясоцкого, на основании 196, 197 и 189 ст. ст. Уложения о наказаниях, то последнее просило Святейший Синод ходатайствовать пред министерством внутренних дел о заключении Лясоцкого в монастырь, на что министр внутренних дел ответил, что заключение Лясоцкого административным порядком в монастырь не может быть допущено из испрошения на сие Высочайшего соизволения и в настоящее время им, министром, не признается возможным.
Киевское епархиальное начальство принимало и «духовные меры увещания» штундистов. Оно не нашло удобным увещевать их в месте их жительства, но стало рассылать мужчин и женщин по монастырям, где они всецело находились во власти монахов и без означения времени, сколько они должны были содержаться в этих, своего рода, тюрьмах: нам передали такой факт, что в Киеве один из увещеваемых был заключен монахом за свое упорство в новой вере в подземелье, где ему не давали пищи, и он был освобожден оттуда лишь благодаря вмешательству своих друзей, которые довели об этом до сведения прокурорского надзора.
Но мера эта не принесла ожидаемой пользы, потому что вместо обращения к православию совратившихся являлась опасность заражения сектантством монашествующих братьев. Так игумен Таращанского монастыря от 8 июня 1876 года доносит преосвященному Порфирию по поводу присылки в его монастырь Коваля: «Наш монастырь еще новый, и вся братия — новоначальные, живут по нескольку человек в одной келье, не имеется ни особого помещения для посторонних лиц, зараженных ересью, ни таких опытных старцев, кои могли бы принять меры к увещеванию. Поэтому никак невозможно и даже опасно поместить еретика между юною братиею. Сам же я, по неимению времени и по слабости здоровья, не могу с ним заниматься. Поэтому препровождаемого Коваля мы не приняли не из уклонения от послушания, а собственно из опасения, дабы не потерпеть братии от его заразы».
Помимо гонений от духовенства и администрации, баптистам и штундистам приходилось терпеть страшные истязания и от черни, которая действовала иногда и в союзе с сельскими властями.
В Херсонской губернии в селе Нововоронцовке в 1873 году сельское общество подвергло верующих телесному наказанию. Одного из них, Мороза, избили до полусмерти, но вмешался следователь, и посягатели были преданы суду.
В 1872 году по наущению священника сельский сход села Петровки Херсонской губернии наказал Петра Вовкажа за уклонение от посещения церкви розгами: два человека сели ему на спину, а два других секли его розгами.
В 1876 году толпа крестьян и мещане в г. Вознесенске от 300 до 1000 человек при участии сотского Кривенко наказали розгами штундистов. Особенно сильному наказанию подверглись супруги Шименко, Зиновий и Прасковья. Зиновий получил более 50 ударов, Прасковью же били 3 раза: два раза розгами, а в третий раз плетью. Первый раз ее бил Владимир Федоров с другими, который, дав ей 50 ударов, поднял ее за волосы от земли. Во второй раз ее бил Ефрем Слесаренко. Устав бить, он прервал экзекуцию, потребовал от нее поклониться толпе, поцеловать крест и сотворить молитву. Она не захотела просить прощения, а относительно икон и креста отозвалась, что не признает их, потому что Бога нарисовать нельзя. На требование сотворить молитву, она произнесла: «Господи, прости им, не ведают бо, что творят». Тогда ее снова повалили и начали бить плетью. В третий раз ее бил Ефрем Кишпряйлов. По врачебному освидетельстованию, удары были настолько жестоки, что еще немного — и Прасковье угрожала смерть. Двенадцать человек, виновных в этой расправе, были приговорены 8 ноября 1879 года Елизаветградским окружным судом к арестантским ротам.