И вдруг отношение духовенства к этой святой резко изменилось. Дело в том, что в церкви начинался раскол, вызванный реформами патриарха Никона. Никон и его сторонники становились всевластными правителями русской православной церкви. А те, кто не соглашался принять реформы патриарха, подвергались преследованиям, гонениям и в историю церкви вошли под названием старообрядцев.
Внешне споры между партией Никона и ее противниками касались малозначащих вопросов. Так, например, одним из вопросов, в котором не сошлись Никон и его противники, является вопрос о крестном знамении. Реформа патриарха предусматривала наложение крестного знамения тремя пальцами, а старообрядцы настаивали на том, чтобы креститься по старинке, двумя перстами. И вот оказалось, что пальцы лежащей в гробнице православной святой сложены в двоеперстие. Этим не замедлили воспользоваться старообрядцы для утверждения истинности "старой веры". Никонианцы приняли вызов. Они решили принести в жертву святую, чтобы отнять у старообрядцев возможность использовать имя Анны Кашинской в этой внутрицерковной борьбе.
В 1677 г. царь Федор Алексеевич повелел направить комиссию, чтобы она засвидетельствовала нетление мощей Анны Кашинской (заметьте, царь!). Комиссия вскрыла гробницу с мощами и пришла к заключению, что останки княгини подверглись тлению, а это самое серьезное опровержение ее святости. Вызвало сомнение у духовенства и жизнеописание Анны Кашинской. В нем нашли несоответствия (почему-то раньше церковники этого не замечали!), и в результате церковные соборы 1677, 1678 гг. вынесли решение вычеркнуть имя княгини Анны Кашинской из списка святых. И это имя из святцев исчезает.
О том, что в данном случае православная церковь руководствовалась именно указанными мотивами, свидетельствует и богословская литература. В частности, Е. Голубинский отмечает, что, "желая уничтожить авторитет свидетельства в пользу двоеперстия от святых мощей, патриарх Иоаким и прибег к такой решительной мере, чтобы самыя мощи объявить за немощи и вообще уничтожить канонизацию Анны".{36}
В другом месте Е. Голубинский недвусмысленно пишет: "...Давно высказано предположение, что причину пересмотра и уничтожения канонизации Анны Кашинской должно видеть в ея "благословляющей руке", и не может подлежать никакому сомнению, что это именно так и есть".{37} Более двухсот лет имя Анны Кашинской находилось в забвении. И вдруг в 1909 г. решением святейшего синода Анна Кашинская вновь вносится в святцы. Ее имя вновь в пантеоне святых. Мощи княгини обретают свое место в многопудовой раке, к которой начинается паломничество верующих. Чем же объяснить такое изменение позиции церкви? Оно объясняется прежде всего теми конкретно-историческими условиями, в которых находилась Россия в начале нынешнего столетия. Нарастание революционной борьбы, крестьянские волнения, неустойчивость самодержавной власти вынуждали царизм и служившую ей православную церковь изыскивать меры спасения существующего строя. Наряду с репрессиями, преследованиями революционеров самодержавие использовало и старые испытанные средства отвлечения масс от освободительной борьбы. Среди этих средств действенными были процессы канонизации, прославление новых святых православной церкви. Вспомнила церковь и об Анне Кашинской. Те мотивы, по которым она была вычеркнута из церковного календаря, были несущественны перед лицом растущего революционного движения, опасного для самодержавного строя, для господства православия в России. И церковь вновь канонизирует княгиню Кашинскую, именно княгиню, ибо особенно подчеркивалось, что она принадлежала к княжескому роду, а ныне становилась "небесной заступницей" обиженных и угнетенных.
Решение синода о реабилитации Анны Кашинской, о возвращении ее имени в православные святцы вызвало негодование многих людей, видевших подоплеку церковных махинаций. Свое возмущение по этому поводу выразил и Л. Н. Толстой. Его секретарь Н. Н. Гусев вспоминает о том, как Лев Николаевич возмущался обманом православных церковников, в который было вовлечено даже имя некогда разжалованной из святых княгини Анны Кашинской.
Любопытно, что при вскрытии мощей этой святой в 1930 г. в раке была обнаружена груда "погоревших" костей в шелковом мешочке и несколько килограммов мусора: кусочков слюды, обрывков ткани, ваты, пучков соломы и т. п. А ведь церковь убеждала верующих, что останки великой княгини сохраняются нетленными. И к этим самым "останкам" шли забитые, одураченные люди, несли свои трудовые копейки. При вскрытии мощей более 6000 человек стали свидетелями этого обмана. Они своими глазами увидели, что представляют собой мощи св. Анны. И может быть, этой истории навсегда пришел бы конец, если бы в годы фашистской оккупации кашинские церковники вновь не задумали поживиться за счет Анны Кашинской. Они извлекли из местного музея обуглившиеся кости и положили их в гробницу. И вновь потянулись паломники к этим мощам, словно вабыв о недавнем прошлом...