В декабре 1890 г. Секеринскому в награду за труды его «всемилостивейше» было назначено добавочное содержание 800 рублей в год.
В последующие годы Сексринский в основном жил старыми заслугами и не очень ладил с Департаментом полиции. Недаром его руководители II. 1-1. Дурново и С. Э. Зволянский в делах розыска все чаще прибегали к помощи Московского охранного отделения.
Несколько позднее в Петербурге и Москве были созданы отряды филеров. Московское и Петербургское охранные отделения как бы соревновались между собой в области наблюдательной деятельности своих филеров. Департамент полиции отдавал предпочтение московской школе, которой руководил небезызвестный Е. П. Медников.
В феврале 1890 г. директор Департамента полиции, обращаясь за помощью в Московское охранное отделение, писал местному обер-полицмейстеру о том, что «московские филеры усвоили себе приемы наблюдения несколько отличные от приемов, практикуемых в С.-Петербургском охранном отделении». В связи с тем что «эти приемы не были известны местным революционерам и зарекомендовали себя как весьма эффективные», директор Департамента полиции просил командировать в Петербург филеров Московского охранного отделения, возложив руководство ими на Медникова.
Когда встал вопрос об организации «Летучего отряда филеров» Департамента полиции, то он был создан при Московском охранном отделении и руководил им Медников. По указанию Департамента, он командировался в различные губернии империи для наблюдения за «революционным элементом».
В 1897 г. проходила проверка расходования секретных сумм Петербургского охранного отделения: оплаты секретной агентуры, конспиративных квартир. Обнаружилось много нарушений, в связи с чем Секеринского уволили с поста руководителя. Штаб корпуса, не согласный с таким решением, назначил его начальником С.-Петербургского губернского жандармского управления37.
Следует отметить, что при всех проверках деятельности охранных отделений и губернских жандармских управлений особое внимание уделялось работе руководителя по набору секретной агентуры, «заагентуриванию» арестованных при допросах. Практически начальство часто оценивалось исходя из того, сколько имелось секретных сотрудников, особенно по каждой партии, движению. Очевидно, в случае с Секеринским сыграли и какие-то личные мотивы и сложные взаимоотношения по службе. Во всяком случае в выше упомянутой записке указывалось, что это назначение явилось как бы актом поощрения, что министр внутренних дел и шеф жандармов Горемыкин объявил «лично благодарность [Секеринскому] за отлично-успешную службу в должности начальника охранного отделения...».
Место Секеринского занял В. М. Пирамидой. Деятельность нового начальника Петербургского охранного отделения оказалась чрезвычайно неэффективной, в том числе в поиске и руководстве агентурой, организации наружного наблюдения. Остается лишь догадываться, благодаря какому сочетанию покровительства и снискания милости у вышестоящих чиновников он умудрился продержаться на этом посту четыре года. 11 ирам и до в погиб в результате странного несчастного случая в июле 1901 года.
Преемник Пирамидова Н. И. Мачалов (1901 г.) прослужил менее года. Позднее, в 1901 г., начальник Московского охранного отделения С. В. Зубатов (1896-1902) смог устроить своего помощника И. А. Сазонова на вакантное место руководителя отделения. Сазонов утверждал, что когда он принимал на себя это руководство, то получил лишь одного посредственного осведомителя. Пройдя хорошую школу Зубатова, он немедленно приступил к расширению агентурной сети и уже 3 января произвел несколько арестов активистов «Искры».
Успехи Сазонова были замечены. Его перевод в августе 1903 г. в Департамент полиции был связан с увольнением С. В. Зубатова с должности заведующего Особым отделом Департамента полиции. Ученик занял место учителя. Кандидатура Сазонова была одобрена в Министерстве внутренних дел.
В 1903 г. Сазонова сменил Л. Н. Кременецкий, который был назначен в спешке, он оказался недостаточно компетентным офицером безопасности. Судя по всему, у него не было надежных осведомителей, отсутствие которых он компенсировал провокационными методами, как уже это делал в Екатеринославе. По указанию С.-Петербургского генерал-губернатора Д. Ф. Треп она, он был уволен в январе 1905 г.
Практически до начала 1905 г. не было сильной фигуры в руководстве Петербургского охранного отделения. В феврале 1905 г. его начальником, по представлению директора Департамента полиции А. А. Лопухина, был назначен А. В. Герасимов, до этого возглавлявший Харьковское охранное отделение и, как указывалось в послужной характеристике, отличившийся «испытанною уже опытностью, глубоким знанием дела и редкой преданностью служебному долгу». Он оказался именно той фигурой, которая была необходима правительству в этот сложный период революционных потрясений. Сам Департамент полиции и его руководство находились в растерянности вплоть до июня 1906 г., когда его директором назначили М. И. Трусевича.