Центральный филерский отряд состоял из 75 наблюдателей-филеров под командой особого офицера, подчиненного начальнику отделения. Отряд составлялся из особо отборных и опытных филеров и предназначался для обследования серьезных организаций не только в столице, но и вне ее. Части его иногда командировались в провинцию в распоряжение местных розыскных органов для более осторожной и успешной разработки какого-либо дела. Кроме того, чины отряда выполняли и особо секретные задачи по наблюдению и охране. При высочайших проездах на них возлагалась задача наблюдения за линией проезда. Центральный отряд обладал всеми средствами для успеха выполнения ставящихся ему задач, как-то: грим, костюмы и принадлежности мелких уличных торговцев, газетчиков и т. п. Были в нем лица с высшим образованием, были и простые женщины и дамы.
Регистрационный отдел состоял из 30 (число колебалось) полицейских надзирателей и офицера – заведующего отделом, подчиненного начальнику Охранного отделения. Назначение отдела состояло в наблюдении и регистрации неблагонадежного элемента, приезжающего в столицу и проживающего в гостиницах, меблированных домах, комнатах и т. п. Для этого весь город был разделен на районы, в которые входило несколько полицейских участков и которые были в ведении специального полицейского надзирателя. Последний во всех порученных его надзору помещениях имел свою агентуру из гостиничной прислуги, управляющих, швейцаров, дворников и т. д. Таким образом можно было не только собрать сведения о личности заподозренного лица, но и произвести самый тщательный осмотр всего принадлежащего ему имущества, не возбуждая с его стороны никаких подозрений. Кроме того, регистрационный отдел проверял детально и путем телеграфных запросов по местам приписок подлинность и легальность личных документов заподозренных лиц. Эта работа была весьма продуктивна и давала Охранному отделению весьма ценные сведения о прибывающих в столицу лицах. Чины регистрационного отдела, а часто и заведующий таковым, при высочайших выездах на временное пребывание в провинцию, командировались туда заблаговременно для регистрации местного, населения и в помощь местному розыскному органу.
Все отделы Охранного отделения руководились лично начальником Охранного отделения, и им же устанавливался порядок работы. Начальники отделов, офицеры, ведающие агентурой, и чиновники, заведующие наружным наблюдением, делали ежедневно доклады лично или по телефону начальнику Охранного отделения, получая от него все задачи и указания. Ни одна мелочь повседневной жизни столицы не должна была от него ускользнуть.
В обществе укоренилось мнение, что власть начальника Охранного отделения, особенно в Петрограде, была безгранична. Мнение это совершенно ошибочно. Все права и обязанности начальника Охранного отделения были строго регламентированы, и в сфере предупреждения и пресечения государственных преступлений власть его была чрезвычайно ограничена; во-первых, законом, а во-вторых, силою всевозможных влияний лиц, стоящих в служебном положении выше его. Это второе обстоятельство положительно связывало руки начальника Охранного отделения при применении им вполне законных мер в борьбе с революционным движением. Инициатива ликвидации преступных организаций и отдельных лиц, конечно, была в его руках, но приведение в исполнение самой ликвидации требовало санкции по меньшей мере товарища министра внутренних дел или даже самого министра, и такая санкция легко давалась, когда дело касалось подполья, рабочих кружков или ничего не значащих лиц, но совсем иное было дело, если среди намеченных к аресту лиц значилось хоть одно занимавшее какое-либо служебное или общественное положение; тогда начинались всякие трения, проволочки, требовались вперед неопровержимые доказательства виновности, считались со связями, неприкосновенностью по званию члена Государственной думы и проч. и проч. Дело, несмотря на интересы государственной безопасности, откладывалось, или накладывалось категорическое «вето». Бели начальник Охранного отделения в силу исключительной экстренности осуществлял ликвидацию без предварительного доклада, то, во-первых, это ставилось ему на вид, а во-вторых, если в числе арестованных лиц значились лица вышеупомянутой категории, то таковые освобождались в самом непродолжительном времени по приказанию высшего начальства. Естественно, что при таком порядке вещей в том процессе, в котором нарастало революционное и бунтарское настроение, ответственны были главным образом рабочие кружки и периферия, а руководящая интеллигенция ускользала и продолжала делать свое преступное дело.