С этого момента у бывшего командира «С-13» уже не было шансов на то, что его дело будет иметь благополучный исход. Дело Маринеско передали в Особый суд, состоявший из трех офицеров НКВД, именуемый «тройкой». Он специализировался на политических преступлениях и отправлял осужденных в трудовые лагеря. Вынесенный Маринеско приговор — «три года» — сам по себе был не слишком суровым наказанием. Самым ужасным было место, где предстояло его отбывать. Маринеско отправили на Колыму. Хотя это был лишь один из островков «Архипелага ГУЛАГ» Солженицына, зато он был известен как самый страшный среди всех трудовых лагерей.
В своей книге «Колыма, лагеря смерти» Роберт Конквист пишет:
«Ужас Колымы заключается не в географических или климатических особенностях, а в решениях, сознательно принятых в Москве. До 1937 года лагерь имел хорошую систему хозяйствования, и смертность была низкой. Хотя это был район вечной мерзлоты, здешний климат удивительным образом благоприятно отражался на здоровье хорошо питающихся и тепло одетых мужчин. В первое время лагерное начальство главным образом было озабочено увеличением добычи золота. Позднее более приоритетным направлением деятельности стало уничтожение заключенных (это открыто признал один из начальников лагеря).
В начальный период деятельности рабочих лагерей символом всей системы являлись Соловецкие острова в Белом море. Именно там фиксировалась самая высокая смертность. В тридцатые годы на первое место вышли лагеря на Беломорском канале. Когда система принуждения достигла своего наивысшего развития, Колыма превратилась в место устрашения и оставалась им последующие пятнадцать лет, символизируя все худшее в системе трудовых лагерей в зоне вечной мерзлоты».
Маринеско, по-видимому, услышал о Колыме еще в ленинградской тюрьме «Кресты» и понял, что у него мало шансов выйти на свободу через три года. ГУЛАГ так легко и просто не отпускает своих жертв. Ему оставалось надеяться, что он выдержит бесконечно долгий путь этапирования на Дальний Восток Советского Союза. Он прилагал усилия, чтобы к нему относились не как к политическому заключенному и давали сносную работу. Возможно, готовясь к ссылке, он вспоминал песню, которую пели в Одессе арестанты: «Прощай, Одесса, сладкий карантин. Завтра мы едем на Сахалин» (карантином называли медпункт в одесском порту, где арестанты проходили медобследование).
Неизвестно, как повлияло на приговор дело Маринеско, заведенное когда-то органами НКВД. Определенно, оно было знакомо судьям, когда они решили отправить Маринеско в Сибирь, уготовив ему судьбу, способную сломать жизнь самым мужественным людям.
Вагоны, в которых заключенные перевозились в Сибирь, назывались «столыпинами», по фамилии одного из царских сановников, подавившего революцию 1905 года и направлявшего в подобных вагонах арестантов на Восток. «Столыпин» — обычный железнодорожный вагон, поделенный на купе, но без окон. С виду типичный почтовый вагон. В пяти из девяти отсеков размещались заключенные, в остальных сидели охранники. Двери в купе заменяли решетки. Незабываемое описание дает Солженицын: «Если посмотреть от входа, то вагон поразительно напоминает зверинец. На полу и подвесных досках скрючились воющие человекоподобные существа, протягивающие с мольбой руки сквозь решетку, молящие о воде и еде. Ни в одном зоопарке не встретишь одновременно такого количества живых существ, размещенных в одной клетке».
Солженицын описывает, как один человек три недели провел в таком отсеке, где вначале было набито 36 человек. Несколько дней подряд он висел между людьми, не касаясь ногами пола. Постепенно заключенные умирали, и их вытаскивали наружу между ногами оставшихся. Таким образом, появлялись некоторые удобства. Это было осенью 1946 года.