В Копенгагене они пробыли недолго: здесь активизировалось движение сопротивления. 7 мая «Остпройссен» прибыл в Фленсбург. В этом городе теперь находилось правительство рухнувшего германского рейха. Дёниц стал преемником Гитлера и оборудовал свой штаб в местном порту. Альберт Шпеер пишет в своих мемуарах, что адмирал категорически отказался бежать или перенести штаб в Прагу, как предлагал Гиммлер. Он хотел при любых обстоятельствах продолжить свою деятельность на территории Германии.
Отказ Дёница подчиниться службам «СС» совсем не понравился Коху. Прибыв в Фленсбург, он сразу пошел к Дёницу и потребовал подводную лодку, чтобы отправиться в Южную Америку. Гросс-адмирал отказал ему, и Кох исчез. Он перевоплотился в отставного майора Рольфа Бергера и всплыл на поверхность лишь через несколько лет. В 1949 году его опознал английский офицер. Коха арестовали во дворе одного из крестьянских хозяйств, где он работал на полях. В его кармане обнаружили ампулу с цианистым калием. Такие ампулы в конце войны получили высшие чины нацистов, а некоторые, в том числе Гиммлер и Геринг, воспользовались ими. Кох не стал глотать свою ампулу.
Русские и поляки требовали выдачи Коха. Русские обвиняли его в массовых убийствах на Украине. В период с сентября 1941 года, когда Кох стал комиссаром по делам Украины, до мая 1943 года, когда он бежал от наступавшей русской армии, в одном только Киеве было убито 195 000 человек. Тысячи советских граждан Кох депортировал на принудительные работы под Ровно, где находилась его штаб-квартира. 102 000 человек, в том числе множество евреев — Кох был ярым антисемитом, — были уничтожены газом в автомобилях-»душегубках».
Русские объявили его «военным преступником № 1 на Украине». — Когда Кох предстал в ноябре 1949 года перед английским судом, то выяснилось, что против его жестокостей выступали в свое время даже высокие партийные чины нацистской Германии.
Обвинение представило письмо министра рейха по делам оккупированных восточных земель Альфреда Розенберга, адресованное Гиммлеру. В нем он жаловался на деятельность Коха на Украине и обвинял его в убийстве более 200 мелких землевладельцев. Кох ликвидировал их, чтобы расширить свои охотничьи угодья за счет их земель.
Кроме того, своими действиями он способствовал поражению Германии на востоке. Поначалу немецкие войска на Украине воспринимались как освободители от ненавистного советского режима, их встречали с цветами. Если бы немцы использовали эти симпатии — вели бы себя великодушно по отношению к украинцам и уважали их независимость, то результатом мог стать крах Советского Союза. Но Кох и его товарищи проявили себя еще большими варварами, чем коммунисты, в итоге уникальный шанс ускользнул из их окровавленных рук. Это особенно рассердило такого дальновидного человека, как генерал-майор Райнхард Гелен, который являлся тогда начальником Отдела по иностранным формированиям на востоке и пытался освободить русский народ от коммунизма.
В связи с тем, что выдача военных преступников Советскому Союзу была ограничена временными рамками, Коха передали Польше, которая по невыясненным причинам устроила суд над ним только через восемь лет. Он был обвинен в убийстве 72 000 поляков, в том числе 10 000 детей и более 20000 евреев. В 1958 году, когда начался этот процесс, Кох был явно психически нездоров. Специальный корреспондент газеты «Дейли телеграф» так описал сцену суда:
«Бывший гауляйтер, который должен был предстать на Нюрнбергском процессе вместе с другими нацистскими предводителями, если бы не скрылся от правосудия на три с половиной года, действительно имел жалкий вид. В зал суда его, волочащего ноги, внесли два милиционера. Во время судебного разбирательства он сидел с отрешенным видом. Медсестра и два врача неотлучно находились рядом с ним».
Несмотря на болезнь, Кох полностью сохранил волю к жизни. Он защищал себя каждый раз, когда ему предоставлялась такая возможность, и в ряде случаев даже возражал обвинителю. Он требовал отменить процесс, чтобы пройти медицинское освидетельствование по причине плохого состояния здоровья, которое объяснял плохим обращением. Обвинение в симуляции он энергично отвергал. Он заявил, что его жизнь стала невыносимой после перевода из тюремного госпиталя в варшавскую тюрьму, где над ним стали измываться уголовники. Дважды его даже изнасиловали. «Избавьте меня от этого ада, переведите в больницу, чтобы я мог вылечиться настолько, чтобы ответить перед польским народом за предъявленные обвинёния. Ведь я всегда уважал поляков и учил других уважать польский народ», — с пафосом кричал он.