Разъяренный Кох вернулся на корабль, отказавшись взять на борт даже членов своего фольксштурма. Свой отказ он мотивировал тем, что «Остпройссен» должен выполнить особо важную задачу. Пароход «Прегель» вынужден был отдать ему весь запас угля, после чего «Остпройссен» в одиночку отправился в рейс.
Двигаясь в западном направлении, Кох продолжал посылать Гитлеру донесения о том, что он якобы продолжает сражаться с противником. Прекратил он это делать только после того, как услышал по радио, что битва за Берлин практически закончилась. Геринг и Гиммлер пытались договориться с союзниками, за что Гитлер тотчас лишил их всех полномочий.
Когда «Остпройссен» шел вдоль побережья Померании, он мог стать идеальной целью для Маринеско или Коновалова. На его борту находились люди, вполне заслуживавшие той ужасной смерти, которая постигла раненых солдат и беженцев на «Густлофе», «Штойбене» и «Гойе». Но такое случается лишь единожды на войне. Невинные гибли, в то время как Кох и его кампания беспрепятственно продолжали плыть на запад. Вначале они добрались до Засница на острове Рюген, где им запретили входить в порт, так как тот превратился в опорный пункт обороны. Оттуда они двинулись к острову Борнхольм, затем направились вдоль шведского побережья в Копенгаген.
30 апреля Гитлер покончил жизнь самоубийством, и на «Остпройссене» поняли, что наступил конец. Свой страх они пытались заглушить алкоголем, поглощая запасы, некогда реквизированные Кохом. Но даже в этом состоянии нацистов не покидало предчувствие грядущего возмездия. Свою партийную униформу они выбросили за борт и облачились в гражданскую одежду. Несколько офицеров «СС» и партийных чиновников переоделись в форму солдат вермахта.
В Копенгагене они пробыли недолго: здесь активизировалось движение сопротивления. 7 мая «Остпройссен» прибыл в Фленсбург. В этом городе теперь находилось правительство рухнувшего германского рейха. Дёниц стал преемником Гитлера и оборудовал свой штаб в местном порту. Альберт Шпеер пишет в своих мемуарах, что адмирал категорически отказался бежать или перенести штаб в Прагу, как предлагал Гиммлер. Он хотел при любых обстоятельствах продолжить свою деятельность на территории Германии.
Отказ Дёница подчиниться службам «СС» совсем не понравился Коху. Прибыв в Фленсбург, он сразу пошел к Дёницу и потребовал подводную лодку, чтобы отправиться в Южную Америку. Гросс-адмирал отказал ему, и Кох исчез. Он перевоплотился в отставного майора Рольфа Бергера и всплыл на поверхность лишь через несколько лет. В 1949 году его опознал английский офицер. Коха арестовали во дворе одного из крестьянских хозяйств, где он работал на полях. В его кармане обнаружили ампулу с цианистым калием. Такие ампулы в конце войны получили высшие чины нацистов, а некоторые, в том числе Гиммлер и Геринг, воспользовались ими. Кох не стал глотать свою ампулу.
Русские и поляки требовали выдачи Коха. Русские обвиняли его в массовых убийствах на Украине. В период с сентября 1941 года, когда Кох стал комиссаром по делам Украины, до мая 1943 года, когда он бежал от наступавшей русской армии, в одном только Киеве было убито 195 000 человек. Тысячи советских граждан Кох депортировал на принудительные работы под Ровно, где находилась его штаб-квартира. 102 000 человек, в том числе множество евреев — Кох был ярым антисемитом, — были уничтожены газом в автомобилях-»душегубках».
Русские объявили его «военным преступником № 1 на Украине». — Когда Кох предстал в ноябре 1949 года перед английским судом, то выяснилось, что против его жестокостей выступали в свое время даже высокие партийные чины нацистской Германии.
Обвинение представило письмо министра рейха по делам оккупированных восточных земель Альфреда Розенберга, адресованное Гиммлеру. В нем он жаловался на деятельность Коха на Украине и обвинял его в убийстве более 200 мелких землевладельцев. Кох ликвидировал их, чтобы расширить свои охотничьи угодья за счет их земель.
Кроме того, своими действиями он способствовал поражению Германии на востоке. Поначалу немецкие войска на Украине воспринимались как освободители от ненавистного советского режима, их встречали с цветами. Если бы немцы использовали эти симпатии — вели бы себя великодушно по отношению к украинцам и уважали их независимость, то результатом мог стать крах Советского Союза. Но Кох и его товарищи проявили себя еще большими варварами, чем коммунисты, в итоге уникальный шанс ускользнул из их окровавленных рук. Это особенно рассердило такого дальновидного человека, как генерал-майор Райнхард Гелен, который являлся тогда начальником Отдела по иностранным формированиям на востоке и пытался освободить русский народ от коммунизма.