В предвоенные годы западную границу СССР прикрывали: 6‑й, 9‑й, 10‑й, 12‑й, 105‑й, 106‑й, 107‑й пограничные отряды. В приграничных районах в это время дислоцировались 11 полков оперативного назначения, четыре дивизии войск НКВД по охране железнодорожных сооружений, одна дивизия и две бригады конвойных войск. Из состава частей оперативного назначения в Прибалтике борьбу с профашистскими националистическими формированиями вели 1‑й, 3‑й, 5‑й мотострелковые полки. Общая численность пограничных частей, частей оперативного назначения и других войск НКВД составляла около 100 000 человек [7].
Однако, несмотря на столь значительные силы и результативность действий органов НКГБ, военной разведки и контрразведки, войск НКВД, многие шпионы, диверсанты, националистического толка банды уцелели. Одной из причин неудач в борьбе с враждебным и преступным элементом в Прибалтике являлась слабо развитая агентурная сеть на местном уровне: в войсках НКВД она отсутствовала как таковая, не хватило времени на ее создание. В пограничных войсках она имелась, но лишь в интересах охраны государственной границы. В приграничных районах операции по ликвидации диверсионных групп и враждебны вооруженных формирований велись по большей части без оперативной осведомленности о положении дел, сугубо войсковыми методами. Потому многие из бандгрупп оказались не обнаруженными, сумели подготовиться и с началом войны приступили к активным действиям.
Оперативную обстановку в Прибалтике и Западных приграничных районах страны к началу войны можно характеризовать наличием значительного количества вооруженных враждебных СССР формирований (политический бандитизм), пользующихся, в подавляющемся большинстве, поддержкой местного населения, малым количеством бандформирований криминального толка, наличием лесных массивов, способных укрывать большие и малые националистические группы и организации, вражеских шпионов, диверсантов.
После первых же выстрелов на границе обстановка в тылу фронтов резко обострилась, в первую очередь, в результате активной деятельности оставшихся не репрессированными националистических групп. Местами еще за один-два часа до начала боевых действий националистическим формированиям удалось во многих местах спилить столбы и порвать линии проводной связи в звеньях «дивизия — корпус — армия», совершить ряд диверсий на железнодорожных станциях, аэродромах и террористических акций по уничтожению командного состава Красной Армии. Имелись случаи нападения бандгрупп на небольшие колонны военнослужащих.
Весьма активную деятельность с началом войны предприняли разведывательные органы противника. В тылу фронтов незамедлительно началось наращивание количества агентуры, диверсионных групп. Даже в пределах оперативного тыла появлялись небольшого состава десанты. Так, только за первые три дня войны в прифронтовой полосе и сопредельных районах Северо-Западного, Западного и Юго-Западного фронтов было зафиксировано более 40 случаев высадки таких десантов. Диверсионными группами и десантами в тылу фронтов удалось захватить 18 мостов на реках и несколько аэродромов, взорвать 5 военных объектов, совершить 12 нападений на позиции зенитных подразделений, посты ВНОС и объекты на железных дорогах [8].
Неблагоприятное развитие событий на фронтах войны для Красной Армии стало стимулом для более широкого размаха враждебной деятельности националистических групп на территории Западной Украины и Прибалтийских республик. Так, местные польские националисты организовали повстанческие выступления горожан в городах Львов и Тирасполь с призывами не подчиняться Советским властям [9]. Латвийские айзсарги открыто и активно оказывали военную помощь немецким войскам в захвате Риги и других городов [10].
По имеющимся материалам, в тылу указанных фронтов лидерами националистических организаций за шесть первых дней войны были совершены 12 повстанческих выступлений, захвачены и ликвидированы органы советской власти в 5 населенных пунктах, имелись случаи нападения вооруженных групп повстанцев на военные городки, совершения ими террористических акций в отношении военнослужащих, партийных и советских представителей местных органов государственной власти.