Осенью 1919 г. за ликвидацию «Национального центра» ВЦИК наградил большую группу чекистов правительственными наградами; среди них был и заведующий Особым отделом МЧК Е. Г. Евдокимов, удостоенный ордена Красного Знамени.
Наиболее серьезным выступлением против советского государства в 1921 г. был кронштадтский мятеж. В феврале в Петрограде началось брожение среди рабочих, вылившееся в «волынки» на некоторых предприятиях. Они были спровоцированы деятелями «социалистических» партий, главным образом меньшевиками, которые в своих целях использовали недовольство рабочих, страдавших от недостатка продовольствия и хозяйственной разрухи. На заводских собраниях меньшевики разглагольствовали о ликвидации заградительных отрядов, боровшихся с мешочниками и спекулянтами, требовали свободной торговли, равного для всех распределения продуктов, «демократических» свобод и перевыборов Советов. Слухи о волнениях рабочих петроградских фабрик и заводов дошли до матросов Кронштадтской морской базы, среди которых было много крестьян, недавно пришедших на флот вместо испытанных революционных моряков. Действовавшие в Кронштадте заговорщики давно уже готовился мятеж против советского государства. 25 февраля, на линейном корабле «Севастополь» состоялось общее собрание команды, которая решила послать делегацию в Петроград «для выявления причин волнений на фабриках и заводах». Такое же постановление 26 февраля вынесла и команда линейного корабля «Петропавловск». Делегаты матросов наслушались в Петрограде агитаторов меньшевиков и по возвращении в Кронштадт выступили на собраниях моряков с отчетом о результатах поездки. Моряки «Петропавловска», а затем и «Севастополя» приняли резолюции, повторявшие меньшевистские и эсеровские требования. 1 марта вожаки начавшегося движения созвали матросов Кронштадтской морской базы и морских частей, дислоцированных в Кронштадте, на Якорную площадь на митинг «беспартийных моряков». Выступившие на митинге мнимые «беспартийные» демагогическими выкриками призывали толпу к мятежу. Митинг принял резолюцию, ставшую платформой кронштадтского мятежа. В ней были требования перевыборов Советов, освобождения из тюрем всех осужденных за антисоветские выступления, упразднения политотделов и коммунистических отрядов, предоставления полного права крестьянам распоряжаться землей «так, как им желательно», разрешения свободного кустарного производства и т. д.
Только некоторые из этих требований (как, например, требования свободной торговли, свободного распоряжения своим хозяйством) отражали экономические интересы крестьянских масс, политические же требования навязывались партиями, недовольными действиями советского правительства.
2 марта по предложению местных советских властей, стремившихся мирно урегулировать конфликт, состоялось совещание делегатов от команд кораблей и предприятий Кронштадта для обсуждения выдвинутого на митинге требования о перевыборах Совета. В момент совещания кем-то был пущен провокационный слух, будто против собравшихся движется отряд «в две тысячи человек». Делегаты под руководством писаря с линкора «Петропавловск» С. М. Петриченко тут же арестовали комиссара Балтийского флота Н. Н. Кузьмина и председателя Совета П. Д. Васильева и решили образовать руководящий движением комитет. Этот комитет в составе пяти человек «в целях охраны» отправился на линейный корабль «Петропавловск», ставший штабом мятежа. В тот же день по распоряжению комитета матросы заняли типографию, учреждения, штабы и другие важные объекты города.
3 марта состоялось заседание комитета, в котором приняли участие присоединившиеся к мятежу начальник артиллерии Кронштадтской крепости бывший генерал Козловский и некоторые офицеры, впоследствии составившие «штаб обороны» мятежников. Козловский предложил установить связь с Финляндией и начать наступление против Советской власти, используя мощь крепости и внезапность нападения.
4 марта на собрании делегатов от частей и кораблей был избран кронштадтский «временный революционный комитет». В него вошли 15 «беспартийных» моряков. Это были: председатель – старший писарь линкора «Петропавловск» С. Петриченко; заместители председателя – телеграфист Яковенко и машинный старшина Н. Архипов; секретарь – штурман дальнего плавания Кильгаст; члены – мастер лесопильного завода В. Вальк, содержатель аварийной доков Романенко (они ведали гражданскими делами «ревкома»), заведующий обозом Бойков (ведал следственной частью), мастер электромеханического завода Тукин (ведал продовольствием), машинист линкора «Севастополь» Г. Ососов, старший гальванер Ф. Патрушев, матрос «Севастополя» С. Вершинин, старший лекарский помощник Куполов, заведующий школой Орешин, гальванер П. Перепелкин. Большую роль в мятеже играли эсер-максималист А. Ламанов и бывший священник Путилин (отец Сергий), служивший ранее в Кронштадтском соборе. Они редактировали «Известия временного революционного комитета». Их сочинения носили путаный характер и были пропитаны клеветой против советского правительства.
После первых же выстрелов в Кронштадт прибыл из-за границы Вилькен, бывший командир линейного корабля «Севастополь», бежавший в свое время от революции. Он предложил «ревкому» помощь в лице 800 вооруженных офицеров и оставался в городе во время мятежа в качестве «представителя» русского отдела американского Красного Креста в Финляндии. Мятеж поддержал и лидер кадетов П. Н. Милюков. В эмигрантских «Последних новостях» он дал такую оценку программе кронштадтцев: «Эта программа может выразиться в кратком лозунге: „Долой большевиков, да здравствуют Советы“. „Да здравствуют Советы“ – для настоящего момента означает, всего вероятнее, что власть должна перейти от большевиков к умеренным социалистам, которые получат большинство в Советах…» Милюков как бы сформулировал основной лозунг кронштадтских мятежников – «Советы без большевиков», не без оснований надеясь, что впоследствии власть перейдет в руки буржуазии. Лидер эсеров В. Чернов предложил мятежникам помощь людьми, даже намеревался «прибыть лично, отдать свои силы, авторитет делу народной революции».
Эмигрантский антисоветский «Административный центр» получил от бывшего царского посла в Соединенных Штатах Америки Б. А. Бахметьева 25 тысяч доллров и отправил их в Кронштадт. Кроме того, «Административный центр» прислал из Парижа 50 тысяч франков и установил связь с русскими банкирами и промышленниками, находившимися в Париже, для организации снабжения мятежников продовольствием. Одновременно с этим меньшевики, эсеры, анархисты и нелегальная группа «уполномоченных собрания представителей фабрик и заводов Петрограда» вели агитацию среди рабочих Петрограда в поддержку мятежников. Однако питерские рабочие, поняв, к чему могут привести забастовки на предприятиях, осудили мятежников.
Позднее В. И. Ленин писал о политическом характере кроншдатского мятежа: «Вполне оформленного, ясного, определенного очень мало. Туманные лозунги „свободы“, „свободы торговли“, „раскрепощения“, „Советов без большевиков“, или перевыбора Советов, или избавления от „партийной диктатуры“ и так далее и тому подобное. И меньшевики и эсеры объявляют кронштадтское движение „своим“… Вся белогвардейщина мобилизуется „за Кронштадт“ моментально, с быстротой, можно сказать, радиотелеграфической… Крупные банки, все силы финансового капитала открывают сборы на помощь Кронштадту. Умный вождь буржуазии и помещиков, кадет Милюков, терпеливо разъясняет… что не к чему торопиться с учредилкой, что можно и должно высказаться за Советскую власть – только без большевиков». И далее В. И. Ленин указывал: «Милюков… выдает действительную тактику действительной белогвардейской силы, силы капиталистов и помещиков: давайте поддерживать кого угодно, даже анархистов, какую угодно Советскую власть, лишь бы свергнуть большевиков, лишь бы осуществить передвижку власти! Все равно, вправо или влево, к меньшевикам или к анархистам, лишь бы передвижку власти от большевиков; а остальное, – а остальное „мы“, Милюковы, „мы“, капиталисты и помещики, „сами“ сделаем, анархистиков, Черновых, Мартовых мы шлепками прогоним…».