Некоторые из обвиняемых «шахтинцев» во времена господства белогвардейцев в Донбассе были связаны с деникинской контрразведкой. Их разоблачили рабочие-шахтеры. Это же подтвердили и арестованные бывшие сотрудники шахтинской контрразведки. Константин Клатько показал: «Контрразведку посещали и были связаны с ней специалисты с рудника Петропавловского механик-инженер Абрам Борисович Башкин, техник Калганов Николай Ефимович и инженер Николай Николаевич Березовский. Все эти лица были связаны лично с головкой контрразведки ротмистром Прудентовым и его помощниками… Эти лица, безусловно, давали сведения о лицах, сочувствующих Советской власти… Контрразведка по этим донесениям принимала меры арестов и расстрелов рабочих. Рабочие расстреливались пачками». Бывший начальник шахтинской контрразведки ротмистр Павел Прудентов также показал: «Инженер Калганов имел тесную связь с шахтинской контрразведкой, и не один раз его экипаж останавливался у подъезда, где помещалась наша контрразведка. В свои посещения контрразведки Калганов делился с нами сведениями о настроениях рабочих в Петропавловске, указывая на тех рабочих, которые выделялись среди последних или как агитаторы, или как большевистски настроенные». Прудентов подтвердил также связи с шахтинской контрразведкой Н. П. Березовского, Емельяна и Андрея Колодубовых.
По окончании расследования 53 участника вредительской организации предали суду. Среди них оказались четыре бывших шахтовладельца. Основную массу обвиняемых составили старые инженеры и техники, занимавшие при капиталистах крупные посты.
Согласно обвинительному заключению, составленному старшим помощником Прокурора РСФСР Н. В. Крыленко и Прокурором Верховного суда СССР П. А. Красиковым, привлеченные к суду обвинялись в том, что «состояли членами вредительской контрреволюционной организации, действовавшей с 1920 по 1928 г., разновременно вступив в нее и поставив своей целью подрыв советской каменноугольной промышленности в контрреволюционных целях, для достижения чего производили:
1. Разрушение и срыв производства на местах.
2. Срыв работы организационного центра каменноугольной промышленности Донбасса – «Донуголь».
3. Срыв работы центральных органов, руководивших каменноугольной промышленностью.
Для достижения этих целей означенная контрреволюционная организация не только использовала аппараты советских учреждений, противодействуя их нормальной деятельности, но и, связавшись с пребывающими за границей и на территории СССР враждебными СССР лицами, группировками и органами, выполняла их враждебные в отношении СССР задания, передавала им сведения об экономическом состоянии каменноугольной промышленности для использования этих сведений во вред СССР и получала от заграничных контрреволюционных объединений и иных органов денежные средства для продолжения и дальнейшего развития своей контрреволюционной деятельности».
Большинство подсудимых как на предварительном, так и на судебном следствии признало свою вину. Их показания подтверждались и другими материалами расследования (технической экспертизой, свидетельскими показаниями и др.).
Верховный суд СССР 6 июля 1928 г. после тщательного разбирательства, продолжавшегося более полутора месяцев, приговорил: 4 подсудимых – о правдать; других 4 подсудимых – к условному наказанию; 10 подсудимых – к лишению свободы сроком от 1 до 3 лет; 21 подсудимого – к лишению свободы сроком от 4 до 8 лет; троих подсудимых (Н. И. Скорутто, А. В. Детера, Д. М. Сущевского) – к 10 годам лишения свободы; Н. Н. Горлецкого, Н. Н. Березовского, Г. А. Шадлуна, А. И. Казаринова, Н. Н. Бояршинова, Ю. Н. Матова, С. В. Братановского, Н. К. Кржижановского, В. Я. Юсевича, С. 3. Будного, Н. А. Бояринова – к высшей мере наказания – расстрелу. Верховный суд СССР счел нужным довести до сведения Президиума ЦИК СССР, что ряд осужденных к расстрелу признали свою вину и стремились раскрыть преступную деятельность организации; что эти лица относятся к числу высококвалифицированных технических специалистов. В связи с этим суд ходатайствовал перед Президиумом ЦИК СССР о замене высшей меры наказания в отношении Березовского, Братановского, Казаринова, Матова, Шадлуна и Бояршинова другой мерой наказания. Президиум ЦИК СССР согласился с ходатайством суда и заменил указанным лицам высшую меру наказания – расстрел – 10 годами лишения свободы.
В конце 1928 г. в краевой печати Нижне-Волжского края («Поволжская правда») стали появляться материалы о грубых искажениях линии государства в практике регулирования частного капитала и о фактах «сращивания» в Астрахани работников государственного аппарата (финансового и торгового) с частными предпринимателями (нэпманами).
Нижневолжские краевые организации, при активнейшем участии Астраханского окружного отдела ГНУ и окружной прокуратуры, приступили к ревизии деятельности финансового и торгового аппарата Астрахани. А в печать, в Рабоче-крестьянскую инспекцию и органы расследования тем временем поступало множество заявлений от отдельных рабочих и других советских граждан о преступных связях работников государственного аппарата с частниками.
Началось расследование, которое производилось совместными усилиями ГПУ и прокуратуры. Были допрошены сотни свидетелей, проведены ревизии, хозяйственная и экономическая экспертизы деятельности финансового и торгового отделов, и в результате не только подтвердились первоначальные сведения о ненормальных явлениях в этих учреждениях, но данные расследования далеко превзошли всякие предположения о размерах преступных явлений в Астрахани.
Материалы дела показали, что в финансовом аппарате Астрахани в угоду частникам орудовали 25 советских служащих во главе с председателем губернской налоговой комиссии А. В. Адамовым; а в торговом аппарате – 16 сотрудников, во главе с заведующим губторготделом А. В. Нанковым и его заместителем В. С. Протодьяконовым.
Обвиняемые – работники финансового отдела – в 1925—1928 гг. сознательно снижали налоговое обложение крупных частных предприятий и предоставляли им незаконные отсрочки платежей. В результате этих преступных действий недопоступление в государственный бюджет налогов от частнокапиталистических предприятий выразилось в сумме 5 500 000 рублей. Кроме того, за ними образовалась недоимка налогов в сумме 4 116 000 рублей.
Обвиняемые – работники торгового отдела Астрахани – предоставляли частным рыбопромышленникам право увеличенного сверх установленной нормы вылова и обработки рыбы-сырца, что привело к захвату частниками значительной части улова рыбы в осенние путины 1927—1928 гг. Преступные действия работников торготдела привели к дезорганизации внутреннего потребительского рынка спекулятивными ценами на рыбу частных предприятий. Председатель губернской налоговой комиссии А. В. Адамов и его заместитель А. А. Алексеев, заведующий губернским торговым отделом А. В. Панков и его заместитель В. С. Протодьяконов вместо выполнения лежащей на них обязанности защищать интересы обобществленного сектора народного хозяйства систематически получали взятки от частных владельцев торгово-промышленных предприятий.
Взяточничество было распространено и среди финансовых инспекторов разных участков города и агентов торгового отдела. Фининспектор И. Н. Семиков, например, получил взятки деньгами и разными предметами от 30 частников, с которыми ему доводилось встречаться по работе; он постоянно пьянствовал на их средства. Агент рыбно-сырьевой конвенции А. И. Авдеев получил взятки от 20 частных рыбопромышленников и торговцев.
По астраханскому делу были привлечены 74 частных владельца торгово-промышленных предприятий. Они: 1) систематически скрывали действительные обороты своих предприятий, неправильно вели торговые книги, входили в соглашения с работниками финансового аппарата и при их содействии недоплачивали государству значительные суммы причитающихся с них налогов; 2) входили в преступные соглашения с руководителями торгового отдела (Панковым и Протодьяконовым) и другими служащими этого отдела и добивались через них: повышенных норм вылова рыбы как для всего частнокапиталистического сектора рыбной промышленности Волго-Каспийского бассейна, так и отдельных своих предприятий; возможности закупки рыбы по ценам выше конвенционных; устранения препятствий к фактическому громадному превышению нормы; возможности реализации рыбы по ценам выше рыночных, причем, обогатившись за счет социалистического сектора народного хозяйства и органов фиска, часть денег давали служащим торгового отдела.