27 ноября лидеры националистов вновь созвали в Коканде (Ферганская область) общемусульманский съезд, который провозгласил «автономию» Туркестана и образовал «Совет министров автономного Туркестана» во главе с лидером «Шуро-и-Исламия» Танышбаевым (вскоре его заменил Мустафа Чокаев). В городе Коканде возникли две власти: в новом городе и крепости – Советская власть, в старом городе – власть «автономного правительства». «Кокандские автономисты» создали «вооруженные мусульманские силы», основу которых составил отряд басмачей под командованием известного в Фергане Иргаша, отбывавшего в прошлом наказание за разбой и ставшего при «автономистах» начальником милиции в Коканде. «Кокандские автономисты» надеялись превратить советскую Среднюю Азию в националистическое государство, находящееся под покровительством и контролем Великобритании.
13 декабря 1917 г. (в день «рождения» пророка Магомета) мусульманскому духовенству и националистам удалось организовать в Ташкенте антисоветскую демонстрацию в поддержку «Кокандской автономии» и «в защиту ислама». Толпы фанатиков прорвались к тюрьме и насильственно освободили содержавшихся там антисоветчиков. В городе произошли кровавые столкновения. Демонстранты были разогнаны рабочими.
В конце января 1918 г. туркестанские советские органы потребовали, чтобы «правительство Кокандской автономии» разоружило и распустило отряды басмачей. «Совет министров Кокандской автономии» отказался выполнить это требование. В ночь на 30 января его отряды – главным образом басмачи Иргаша – напали на красногвардейцев Коканда. Басмачи окружили крепость и учинили в новом городе резню и погром. Городской военно-революционный комитет во главе с большевиком Е. А. Бабушкиным организовал оборону и отбил нападение басмачей.
Через два дня после первого нападения «автономисты» вновь окружили Кокандскую крепость. Начались кровопролитные бои. Рабочие Ташкента, Самарканда и других мест оказали военную поддержку кокандским Советам. Басмачи были разгромлены, и «Кокандская автономия» ликвидирована. Вся власть перешла в руки Кокандского Совета рабочих и солдатских депутатов. Иргаш с остатками своего отряда скрылся.
Кокандское «автономистское» движение оказало влияние на все районы Туркестана и на его окраины. Бухарский эмир Сеид Алим-хан, находившийся в вассальной зависимости от царской России, поддержал это антисоветское движение. Так же действовали и правители ханской Хивы. Английские представители снабдили их оружием и толкнули на войну с Советской Россией.
Опаснейшей формой проявления буржуазного национализма стало басмачество. Басмачами в Средней Азии издавна называли разбойников– «налетчиков». Помимо обычных разбойных налетов они совершали нападения на местную царскую администрацию, на русских поселенцев, выражая этим протест против колониального гнета. В советское время националистические элементы привлекли басмачей к себе на службу, чтобы превратить их в антисоветскую силу. Басмачество стало реакционным, антисоветским движением, главари которого действовали методами кровавого бандитизма.
Большую опасность в крае представляло и антисоветское движение бывших колонизаторских элементов. В нем участвовали зажиточная часть казачества, бывшие царские чиновники, жандармы, полицейские, русские владельцы промышленных предприятий, кулаки русских поселений. До революции они были оплотом царского строя в Туркестане, а теперь, после Октября, отстаивали свои привилегии, собственность, вынашивали планы восстановления колониальных порядков.
В ноябре 1917 г. реакционная верхушка «войскового совета Семиреченского казачьего войска» не подчинилась центральному Советскому правительству, разогнала местный Совет рабочих и солдатских депутатов и захватила власть в центре Семиречья – Верном (ныне Алма-Ата).
В январе 1918 г. в Туркестан прибыли оренбургские и семиреченские казаки, стоявшие раньше гарнизонами в Хиве и Персии. Эти вооруженные отряды (14 сотен) представляли угрозу для только что образовавшейся Советской власти края. Туркестанский Совнарком предложил им сдать оружие. Но их начальник, полковник И. М. Зайцев, командовавший ранее русскими войсками в Хиве, ответил отказом и, объединившись с другими антисоветскими силами, выступил против Советов. Сотни Зайцева заняли города Чарджуй, Самарканд и двинулись на Ташкент. 14 февраля 1918 г. красногвардейские отряды туркестанских рабочих встретили казаков возле станции Ростовцево (неподалеку от Самарканда). Те заколебались и, отказавшись воевать против народа, сдали оружие.
2 – 3 марта 1918 г. большинство жителей Семиречья, не подчинившись «войсковому совету Семиреченского казачьего войска», организовали в Верном «военревком» и приступили к созданию Советской власти и Красной гвардии. Казачья верхушка вынуждена была уступить. В феврале 1918 г. Советская власть была установлена в Пишпеке и в других городах Семиречья.
Бежав из Коканда после разгрома движения «Кокандской автономии», вожак басмачей Иргаш обосновался неподалеку, в кишлаке Бечкир. Он превратил кишлак в крепость, перегруппировал здесь свои силы, устроил мастерские для изготовления боеприпасов, обложил окрестное население «налогами». Реакционное мусульманское духовенство, согласно старинному обычаю, с соблюдением религиозных церемоний, подняло этого разбойника на белой кошме как религиозного вождя, после чего он объявил себя «борцом за ислам», «защитником угнетенных», присвоил титул «амири муслимин» – «верховного предводителя воинства ислама» – и начал «священную войну» против Советской власти. Со всех сторон к нему стекались люди, которые становились басмачами.
Распространение басмачества объяснялось тем, что их ряды пополнялись дехканами, находившимися под влиянием духовенства. Это были люди, недовольные хозяйственными и политическими мероприятиями советских органов – запрещением торговли на базарах, монополизацией и конфискацией хлопка и т. п. Коренное население Туркестана нередко возмущалось также неправильным поведением некоторых представителей местных советских органов, в которые на первых порах проникали старые чиновники и другие лица, не изжившие еще колонизаторских привычек. Используя это недовольство, реакционное духовенство, возглавляемое панисламистской организацией «Улема», националисты из пантюркистской организации «Иттихад ва таракки» («Единение и прогресс») и другие попытались поднять дехкан на борьбу под флагом «защиты ислама», «туркестанской автономии», «независимости» и подстрекали их к вступлению в отряды «борца за ислам» – Иргаша. Басмачей пытались превратить в политическую силу, направленную против советской власти.
В 1918—1919 гг. Советское правительство из-за военных действий с дутовскими бандами было практически лишено возможности непосредственно руководить советским строительством в Туркестане. Средством связи центра с краем были только телеграф и радио. Тем не менее правительство неоднократно указывало туркестанским работникам на необходимость установления правильных отношений с местным мусульманским населением. В телеграмме, посланной в апреле 1918 г. Народным комиссариатом по делам национальностей в Туркестан, говорилось: «Не отрицание автономии, а признание ее является очередной задачей Советской власти. Необходимо только автономию эту построить на базисе Советов на местах. Только таким путем может стать власть народной и родной для масс». На основе этих указаний V краевой съезд Советов, проходивший в апреле – мае 1918 г., провозгласил автономию Туркестана в составе РСФСР.
В органы краевой и местной власти стали привлекаться в большем, чем ранее, количестве местные кадры, постепенно исправлялись и ошибки хозяйственного порядка.
Принципиальные основы политики Советской власти в отношении местных национальностей были сформулированы в радиограмме ЦК РК П(б) от 10 июля 1919 г. на имя ЦИК Туркестанской республики и краевого комитета Коммунистической партии: «Необходимо широкое пропорциональное привлечение туркестанского туземного населения к государственной деятельности, без обязательной принадлежности к партии, удовлетворяясь тем, чтобы кандидатуры выдвигались мусульманскими рабочими организациями. Прекратить реквизицию мусульманского имущества без согласия краевых мусульманских организаций, избегать всяких трений, создающих антагонизм».