Активнейшее участие туркестанские чекисты приняли и в непосредственной борьбе с басмачами. Они вели политическую работу по разложению басмачества, разведку о состоянии и местонахождении басмаческих банд, их составе и вооружении. Чекисты проникали в стан басмачей и добывали сведения, необходимые для советского военного командования, вели контрразведывательную работу по поимке и обезвреживанию басмаческих агентов. Среди таких агентов были осведомители (главным образом муллы и торговцы), сообщавшие о передвижениях советских частей, скупщики оружия и боеприпасов (в их числе нередко попадались бывшие белогвардейские офицеры, служившие в советских военных учреждениях) и другие.
Басмачи приносили огромный вред не только государству, но и непосредственно населению края. Только в 1920 г., по неполным данным, они сожгли 56 хлопкоочистительных заводов, около 153 тысяч пудов хлопка-сырца, 34,5 тысячи кип волокна, 17,5 тысячи пудов семян. В Ферганской области басмачи истребили из каждой сотни 84 лошади, 93 головы крупного рогатого скота и 90 голов мелкого скота.
В обращении к мусульманскому населению Ферганской области командующий вооруженными силами, действовавшими против басмачей, М. В. Фрунзе писал: «Братья! Два с лишним года льется кровь по всей Фергане; два с лишним года измученное население области не знает отдыха и не может спокойно трудиться; два с лишним года шайки басмачей терроризируют мирных жителей, угоняя их скот, забирая жен и сыновей, лишая последнего достояния.
В результате их грабительских «подвигов» все население стонет, поля не обработаны, ибо их нечем было пахать, отцы и матери оплакивают тысячи погибших детей, все хозяйство прежде цветущего и богатого края – на краю полного уничтожения…
С этим пора кончить. Пора каленым железом выжечь язву басмачества, пора железной метлой вымести из края всех грабителей и бандитов. Отныне с басмачеством, как явным бичом народа, будет вестись беспощадная борьба. Это – твердое решение Советской власти…
Братья дехкане, поднимайтесь на борьбу с язвой местной жизни – басмачеством… Собирайтесь в дружную братскую семью под красным знаменем Советской власти».
Немалое влияние на социально-политическую обстановку в Туркестане оказывали события в Бухаре и Хиве. Эти небольшие мусульманские государства, граничащие с русским Туркестаном и управляемые деспотичными правителями, до Октября 1917 г. находились под протекторатом России, содержавшей на их территории военные гарнизоны. После Октября русские войска ушли из Бухары и Хивы. И тогда правители этих государств, подстрекаемые английскими империалистами, повели антирусскую и антисоветскую политику.
В январе 1918 г. после ухода из Хивы русских казачьих войск родовой вождь одного из туркменских племен Магомет Курбан Сардар Джунаид (известный впоследствии под именем Джунаид-хана), занимавшийся грабительскими налетами, ввел своих бандитов в столицу ханства и захватил здесь фактическую власть. Хивинский хан Исфендиар был оставлен на престоле и покорился Джунаиду, ставшему диктатором Хивы. В конце сентября 1918 г. сын Джунаида убил Исфендиара; хивинским ханом теперь был провозглашен младший брат Исфендиара – Сеид Абдулла-хан, ставший послушной пешкой Джунаида. В стране воцарилась жестокая ханская деспотия, усугубленная кровавыми похождениями банды Джунаида. Басмачество здесь было возведено в ранг государственной власти.
Среднеазиатские антисоветские силы направили Джунаида, создавшего довольно крупные вооруженные отряды, против победившей в Туркестане Советской власти. Джунаид связался с английской агентурой, с бухарским эмиром, антисоветчиками Закаспийской области, туркестанскими басмачами, получил от них помощь оружием и в ноябре 1918 г. вторгся на советскую территорию. Он занял ряд населенных пунктов и осадил город Турткуль Амударьинского отдела. Бандиты Джунаида убивали и грабили население, а награбленное имущество вывозили в Хиву. Авантюра Джунаида провалилась; его банды были изгнаны с советской территории. Но он продолжал разбойничать. В 1919 г. Джунаид связался с уральскими белоказаками, поднявшими 14 августа антисоветский мятеж в Амударьинском отделе Туркестана. Предводителя мятежа Фильчева Джунаид признал «законной властью» в Амударьинском отделе и оказывал ему помощь в вооруженной борьбе против Советской власти.
Между тем деспотическое «правление» Джунаида вызвало недовольство хивинцев. Под влиянием революции в России в Хиве возникло младохивинское движение, направленное против ханской власти, а потом и против диктатора Джунаида. Младохивинцы и руководители некоторых хивинских племен обратились к советским властям Туркестана с просьбой помочь страдающему населению Хивы против Джунаид-хана. Эти обстоятельства, а также угроза вторжения банд Джунаида на советскую территорию, привели к тому, что в конце декабря 1919 г. советские войска вступили в Хиву с целью уничтожения банд Джунаида.
В обращении к войскам Амударьинской группы указывалось:
«Подкупленный английским золотом, снабженный англичанами оружием, Джунаид-хан, вождь одного из туркменских племен, соединился с белогвардейцами – казаками Чимбайского фронта. Тот же Джунаид, установив с помощью английского оружия свою кровавую диктатуру в Хиве, безжалостно грабит мирное население, насилует женщин, выгоняет и предает огню целые кишлаки. Население Хивы стонет под его кровавой рукой, и, будучи бессильно само справиться с ним, ждет нашей помощи.
Российская Советская власть… сочла необходимым отозваться на этот призыв мирного населения Хивы и уничтожить Джунаида, агента английской буржуазии и союзника русских белогвардейцев, на его собственной территории. Для этого… отнюдь не посягая на независимость Хивы и не вмешиваясь в дела ее внутреннего управления… мы вступаем в пределы Хивинского ханства… Для всей Хивы мы несем не меч, но мир».
Этот поход против джунаидовцев и белоказаков был совершен под командованием уполномоченного Комиссии ВЦИК по Туркестану Г. Б. Скалова и командующего войсками Н. М. Щербакова, с участием на стороне советских войск отряда туркменских конников – противников Джунаида. В январе – феврале 1920 г. советские войска разгромили банды Джунаида и белоказаков Фильчева. Власть Джунаида в Хиве была ликвидирована. Хивинский народ сверг и ханскую власть. Сеид Абдулла-хан отрекся от престола. Образовалось временное правительство, возглавляемое младохивинскими организациями. А 26 апреля 1920 г. I Всехорезмский курултай народных представителей провозгласил Хорезмскую народную Советскую республику (так стала называться Хива).
Джунаид, однако, не сдавался. Он продолжал грабить кишлаки Хорезма. Весною банда Джунаида была разгромлена. Кровавый диктатор бежал в Персию, где находился около трех лет. В конце 1923 г. он вновь возобновил свои нападения на Хорезмскую Советскую республику.
Подобный же процесс происходил и в Бухаре, где эмир Сеид Алим-хан, подстрекаемый Англией, создал антисоветский плацдарм. Сеид Алим-хан действовал в контакте с англичанами; находившаяся в Бухаре английская военная миссия снабжала его оружием и боеприпасами, и он вел войну с Советской Россией. В марте 1920 г. эмир принял на службу своего бывшего офицера Ибрагим-бека, бежавшего в свое время от смертного приговора за уголовные преступления и ставшего главарем басмачей района Локая (к юго-западу от Душанбе), и поручил ему командовать своими войсками. Так и в Бухаре басмачество было возведено в ранг государственной политики.
В августе 1920 г. население Бухары, доведенное до отчаяния деспотизмом эмира, подняло против него всеобщее восстание. Красная Армия помогла местным революционерам, и 2 сентября 1920 г Бухара была освобождена, а эмир вместе со своими сановниками бежал в горы. 5 октября 1920 г. I Всебухарский курултай народных представителей провозгласил создание Бухарской народной Советской республики.
Сеид Алим-хан не прекратил вооруженной борьбы, пытаясь восстановить свою власть. Теперь его главной опорой стало басмачество Восточной Бухары. С помощью англичан он организовал крупные банды, которые нападали на кишлаки и жестоко расправлялись с населением. Борьба с шайками Ибрагим-бека и бухарского эмира длилась несколько месяцев; 5 марта 1921 г. Сеид Алим-хан вместе с Ибрагим-беком и другими приближенными бежал в Афганистан. Вскоре они, однако, вновь начали войну против Советской власти.