Правда разбор этого дела и выработка решений вряд ли производились самим царем. На него обрушилось новое горе. Его мать, Евдокия Лукьяновна, была женщиной скромной, незаметной, всегда держалась в тени. Но настолько сильно любила мужа, что пережила его всего на 5 недель. Алексей почти в одночасье стал круглым сиротой. И был настолько потрясен, что вместо положенных 40 дней решил принять годичный траур по родителям. Однако траур — трауром, а жизнь продолжалась. И уж тем более не ждали государственные дела. В Москве собрался Земский Собор, утвердивший царствование Алексея Михайловича и принесший ему присягу от «всей земли». А траур стал удобным предлогом замять затянувшийся скандал с Данией. Принца Вольдемара без лишнего шума выпроводили на родину — теперь свадьба царевны Ирины отменилась как бы по «уважительной причине», без «урона чести».
Смена царя вызвала и большие перестановки в правительстве. Прежнее руководство, составлявшее костяк Ближней думы — Иван Черкасский, Федор Шереметев, Никита Романов — было постепенно оттеснено на второй план. Оттеснили и Стрешневых, родственников матери царя. А на роль фактического главы правительства выдвинулся воспитатель Алексея Морозов. Он возглавил приказы Большой Казны, Стрелецкий, Аптекарский и Новой Чети (ведавший доходами от винной монополии). Руководить Посольским приказом был поставлен доверенный человек Морозова, думный дьяк Назарий Чистый. Возвысились князья Львов, Одоевский. Поднялся по служебной лестнице и Алексей Никитич Трубецкой. Он успел зарекомендовать себя на воеводстве в Тобольске и Астрахани, организуя оборону от степняков. Хорошо командовал войсками при строительстве засечных черт и угрозе войны с Турцией. Теперь же царь приблизил его к себе и произвел из окольничих в бояре.
Надо сказать, что переменами на российском троне и при дворе попытались воспользоваться многие соседи. На этом решили сыграть, например, поляки. Они учли ухудшение отношений нашей страны с Данией, Крымом, и в Москву прибыл посол Стемпковский, который повел себя довольно нагло. В ультимативном тоне снова поднял вопрос о спорных территориях, потребовал выдачи православных перебежчиков-украинцев. Но от агентуры Ордина-Нащокина Посольский приказ располагал исчерпывающей информацией, что Дания, разбитая шведами, угрожает России только на словах, а на более серьезные акции не способна. Известно было и о разногласиях у самих поляков, о том, что воевать они не готовы и не собираются. Словом, было ясно, что Варшава просто хочет взять Москву «на пушку». И правительство заняло на переговорах твердую позицию, на все выдвинутые претензии Стемпковский получил категорический отлуп.
Активизировался и персидский шах Аббас II. Он не оставил замыслов своего деда и отца подчинить Северный Кавказ. Действовал исподтишка. Влезал во внутренние дрязги дагестанских и кабардинских князей, старался стравливать их между собой, чтобы поддержать ту или иную сторону, добиться роли арбитра. Но подобная практика ему мало помогала. Горцы знали, какие налоги дерет шах со своих закавказских подданных, и предпочитали номинальное подчинение царю. И Аббас, понадеявшись на «междуцарствие» в Москве, предпринял силовое вмешательство. Для начала задумал отстранить от власти уцмия Кайтага Рустам-хана, послал в Дагестан отряд, но горцы его разбили. Взбешенный шах отправил большое войско. Оно погромило Дагестан, изгнало Рустама, а на его место посадило ставленника персов Амир-хана Султана. Аббас планировал сделать Кайтаг плацдармом для дальнейшей экспансии, иранцы начали строительство своей крепости в селении Башлы. Но остальные дагестанские властители сразу обратились к царю. Эндереевский князь Казанлип писал: «Яз с кизилбашскими (т. е. персидскими) и с Крымом и с турками не ссылаюсь, холоп ваш государев крепкий. Да бью челом вам, Великий Государь: токо учнут меня теснить кизилбашеня или иные наши недруги учнут на меня посягать, и вам бы, Великому Государю, велеть мене дать на помощь астраханских и терских ратных людей и Большому Ногаю помогать».