А положение ухудшалось. Налоги за войну непомерно увеличились. Страна была разорена, предприятия не работали, сельское хозяйство еле теплилось. Цены росли. Даже хлеб стал уже роскошью, люди умирали от голода. Простому народу политические дрязги встали поперек горла. Лондонцы требовали распустить армию как «рассадник сектантства», дестабилизирующий государство. И 26 июля 1647 г. в столице произошел бунт — толпы ворвались в палату общин, требуя вернуть на престол короля — мол, при нем жилось лучше.
Но Кромвель объявил мятеж «контрреволюцией», обвинив во всем… пресвитериан. Что затеяли все это они, дабы реставрировать монархию. И армия оккупировала Лондон — городская милиция сопротивляться даже не посмела. После чего началась уже полная буза. Левеллеры выступали против переговоров с «вельможами», за углубление революции — за что Лилберна упрятали в Тауэр. Перессорившийся парламент бодался, вырабатывая «четыре билля» — пакет условий, при которых можно было бы вернуть власть королю. Но и армия, захлебывающаяся в политических дебатах и конференциях, вступила в отдельные переговоры с Карлом…
А он посмотрел на раздрай среди противников, счел, что число его сторонников снова растет, и сбежал в ноябре на остров Уайт. Откуда установил связи с Шотландией. А шотландцы уже поняли, что соглашение с парламентом о введении пресвитерианства выполнено не будет. И пришли к выводу, что власть индепендентов и сектантов — это хуже, чем монархия. Поэтому шотландские пресвитериане объединились с роялистами и объявили о выходе из состава Великобритании. Король договорился с ними о вооруженной помощи в обмен на религиозные уступки и отверг парламентские «четыре билля».
Ну а армия под влиянием левеллеров дошла уже до открытых мятежей. Взбунтовались полки в Конкбаш-Филде, в Вэре, в Хергсе, Гертфордшире. Однако Кромвель сумел их усмирить.
Предал военно-полевому суду 14 руководителей бунта, но раздражать солдат не хотел, и расстреляли только одного, избранного по жребию. После чего Кромвель устроил в войсках чистку, изгнал и пересажал левеллерских активистов. Хотя и продолжал при этом оказывать демонстративное покровительство сектантам — то бишь веруй как угодно, но не выступай против командования. Восстановив повиновение, Кромвель созвал в апреле 1648 г. совещание руководителей армии и военных проповедников-»святых», на котором было принято секретное решение — убить короля.
Но в это время против революционеров начала подниматься уже вся страна. Восстания ширились в Норфолке, Суффолке, Эссексе, Кенте, Уэльсе. Флот поднял королевский флаг. Шотландцы перешли границу и вступили в Ланкашир. Причем далеко не везде восстания были роялистскими. На юго-востоке их возглавили пресвитериане, выступавшие за «парламентское дело», против своевольства армии. На западе джентри поднялись под лозунгом примирения парламента и короля во имя спасения государства. А кое-где просто бунтовали голодные крестьяне и чернь. Тем не менее армейская верхушка объявила эти разрозненные очаги «второй гражданской войной» и двинула войска на подавление. Ферфакс усмирял недовольных в окрестностях Лондона, Кромвель отправился в Уэльс.
Плохо организованных и не умеющих воевать повстанцев раздавили мгновенно. И обращались с побежденными куда более жестоко, чем в первую гражданскую. Фанатичная гордыня Кромвеля начинала зашкаливать, он стал отождествлять свою позицию с волей самого Господа. Объявил, что главная причина возобновления борьбы — это «снисходительность» после прошлых побед. И писал: «Вина тех, кто проявил себя в летнем деле, определенно удваивается по сравнению с виной тех, кто участвовал в первом, так как это повторное преступление, что и засвидетельствовал Бог, содействуя нашей победе во второй войне». Получалось, что повстанцы совершили преступление против Бога, противясь Его предначертаниям. Кромвель требовал «мстить» и прошелся по Уэльсу, оставляя за собой только развалины. Борьба здесь закончилась в июле 1648 г. капитуляцией в Пембруке пресвитерианских лидеров Лафарна и Пойера.