Генрих III промучился несколько часов и в ночь на 2 августа 1589 года умер вследствие развившегося перитонита. Перед смертью он успел объявить Генриха Наваррского своим преемником на французском троне под именем Генриха IV. Со смертью Генриха III пресеклась династия Валуа, правившая Францией с 1328 года. Екатерине Медичи, которая умерла в Блуа в самом начале 1589 года, к счастью, не довелось это увидеть.
Наследование Генрихом IV французского престола было достаточно условным. Столица оставалась во власти его противников. Большинство провинций также отказывались признать его королем. Потребовалось еще несколько лет, сопровождавшихся рядом успешных для армии Генриха военных операций против отрядов Католической лиги и столкновений с испанскими войсками, прежде чем французы согласились видеть в нем своего короля.
Присущий ему здравый смысл подсказал Генриху единственное решение, способное примирить его с католическим большинством населения Франции. 25 июля 1593 года он совершил, по его собственному выражению, «опасный прыжок» («le saut périlleux»), в очередной раз, теперь уже окончательно, перейдя в католицизм. Этот торжественный акт состоялся в королевской базилике Сен-Дени. Говорят, что перед этим Генрих IV произнес фразу, ставшую исторической: «Париж стоит мессы» («Paris vaut la messe»). Полгода спустя, 27 февраля 1594 года, он короновался в кафедральном соборе Шартра.
Расчет Генриха в полной мере себя оправдал. Париж, долгие годы бывший для него неприступной крепостью, добровольно открыл перед ним ворота. Вслед за этим одна за другой о своей лояльности Генриху IV объявили провинции французского королевства.
В то же время поведение Генриха вызвало смятение в рядах гугенотской партии, где сочли своего вождя отступником. До 40000 гугенотов покинули ряды его армии. Необходимо было восстановить доверие к себе со стороны гугенотского меньшинства, опасавшегося возобновления преследований со стороны католиков. Озабоченный восстановлением национального единства Генрих IV 13 апреля 1598 года подписывает так называемый Нантский эдикт, уравнявший в гражданских и религиозных правах гугенотов с католиками. В качестве гарантии своего расположения к гугенотской партии король оставил за гугенотами ряд городов и крепостей, включая Ла-Рошель, Монпелье и Монтобан.
При этом Генрих IV не питал иллюзий относительно затаенных замыслов своих вчерашних единоверцев, мечтавших о том, чтобы продолжать обособленное от остальной страны существование. Став королем Франции, он в полной мере сознавал свой долг — обеспечить единство страны и централизацию государственного управления. Король отдавал себе отчет в том, что его устремления неизбежно натолкнутся на сопротивление как среди гугенотов, так и среди католиков. При наличии глубоких религиозно-политических противоречий обе враждующие партии сходились в одном — в неприятии сильной централизованной (королевской) власти и в настойчивом стремлении отстоять привилегии старой феодальной знати. Здесь, как это часто бывает, крайности сходились, и королевской власти приходилось вести постоянную войну на два фронта. Вели ее истые католики — Генрих II, а затем его сыновья Франциск II, Карл IX и Генрих III, за которыми стояла Екатерина Медичи.
Эту же борьбу продолжил и вчерашний гугенот Генрих IV, добившийся более ощутимых успехов, чем его предшественники на троне. Он сумел заметно ослабить, хотя и не сломить окончательно, сопротивление феодалов и добиться установления долгожданного внутреннего мира в исстрадавшейся стране, умело сочетая в своей политике решительность и гибкость, карательные действия и компромиссы. К началу XVII века влияние Католической лиги было окончательно подорвано.
Нантский эдикт предоставил гугенотам свободу вероисповедания и гражданские права, равные с правами католиков. Секретные приложения к Нантскому эдикту оставляли гугенотам их крепости, а это означало, что они оставались своего рода государством в государстве; это обещало неизбежное новое столкновение между ними и центральной властью. В целом же Нантский эдикт дал государству необходимую ему передышку, которую оно использовало для экономической и политической консолидации страны.
Генрих IV с самого начала взял курс на строительство фундамента для создания единой Франции. Как ни парадоксально, но решению этой задачи по-своему способствовали и религиозные войны.
Франция второй половины XVI века напоминала гигантский кипящий котел, в котором происходил процесс формирования французской нации, постепенно осознававшей свою общность и потребность в защите своих интересов от частного и регионального эгоизма, от экономической и политической разобщенности. Долгие годы военных действий, непрерывные передвижения войск и перемещения населения из одного района в другой способствовали, в частности, постепенному смешению диалектов и наречий в единый французский язык.