В ожидании своего часа Баррас в начале 1790 года покидает Париж, явно «перенаселенный» уже состоявшимися политиками и честолюбивыми «абитуриентами», жаждавшими приобщиться к новой власти. Он возвращается в Прованс, активно вовлекается в местную политическую жизнь и очень скоро получает должность администратора в департаменте Вар, а затем становится председателем суда в Орлеане. Приобретенная известность помогает ему после роспуска Законодательного собрания в сентябре 1792 года избраться в Национальный конвент.
В новом парламенте Баррас как человек без твердых политических убеждений поначалу оказался среди депутатов-центристов, принадлежавших к «болоту». Это не помешало ему, человеку расчетливому, записаться в «Клуб якобинцев». Причем присоединился он не к относительно умеренным жирондистам, а к радикалам-монтаньярам. В январе 1793 года недавний роялист голосует в Конвенте за смертную казнь Людовика XVI, после чего его имя вносится эмигрантами в список цареубийц (régicides). Младший брат Барраса остался при этом убежденным роялистом.
В июне 1793 года Баррас вместе с якобинцами проголосовал в Конвенте за изгнание оттуда жирондистов, после чего был направлен вместе со своим коллегой-депутатом Луи Фрероном в Прованс, охваченный волнениями, в которых участвовали не только роялисты, но и жирондисты, не признавшие якобинский переворот. У комиссаров Конвента были самые широкие полномочия, которыми они воспользовались в полной мере. Их путь по Провансу отмечен кровавым террором, жертвами которого становились все, кто оказывал неповиновение и тем более сопротивление. Начали они с наведения «революционного порядка» в Марселе и близлежащих местностях.
В августе 1793 года Тулон, считавшийся цитаделью якобинцев, был сдан англичанам и их союзникам — испанцам и неаполитанцам. В сдаче города Баррас и Фрерон обвинили командование Итальянской армии. Явившись в штаб армии, расположенный в Ницце, Баррас арестовал командующего армией генерала Брюне, обвинив его в измене. Изменником был объявлен и командир эскадры контр-адмирал Трогофф, не воспрепятствовавший входу английских кораблей в гавань Тулона.
Главными задачами Барраса стало восстановление боеспособности армии, подавление очагов восстаний и изгнание англичан из Тулона, который был блокирован с суши революционными войсками. Осада затянулась на четыре месяца.
В это время в поле зрения Барраса впервые попал артиллерийский лейтенант Бонапарт, обнаруживший недюжинные военные способности, явно превосходившие его скромный чин. Бонапарт предложил комиссару Конвента детальный план артиллерийского обстрела и последующего штурма города-крепости. Баррас этот план одобрил и предоставил Бонапарту необходимые полномочия, произведя его своей властью в капитаны. Сам Баррас принял командование над одной из дивизий, осаждавших Тулон, и лично участвовал в захвате прилегающего к городу форта на горе Фарон.
Замысел Бонапарта оправдал себя в полной мере. Умело организованный артиллерийский обстрел был настолько сокрушительным, что заставил англичан не дожидаться генерального штурма. 18 декабря 1793 года адмирал Сэмюел Худ, командовавший британской эскадрой, вышел в открытое море, разместив на кораблях гарнизон Тулона. Наиболее предусмотрительные горожане-французы поспешили эвакуироваться вместе с англичанами, опасаясь репрессий со стороны соотечественников. Эти опасения оказались совершенно обоснованными.
Революционные войска вошли в Тулон словно иностранные захватчики. По приказу Барраса город на несколько дней был отдан на разграбление, сопровождавшееся массовыми казнями. Точно так же якобинские власти вели себя ранее в Марселе и Лионе.
Капитан Наполеон Бонапарт, 24-летний герой освобождения Тулона, по инициативе Барраса и прибывшего в город Огюстена Робеспьера, брата якобинского вождя, 14 января 1794 года был произведен в бригадные генералы. Правда, лавры победителя достались все же не ему, а генералу Дюгоммье, командующему революционной армией, хотя в своих позднейших воспоминаниях Баррас говорит, что роль Наполеона Бонапарта во взятии Тулона была решающей. Одновременно Баррас не отказал себе в удовольствии заметить, что будущий император в то время «без колебаний причислял себя к ультрамонтаньярам».