В ноябре 1992 года Шойгу находился в Южной Осетии в качестве сопредседателя с российской стороны Смешанной контрольной комиссии (СКК) по урегулированию вооруженного конфликта между Грузией и Южной Осетией. Был сторонником «строгого согласования информации» с СКК, поступающей из зоны конфликта через средства массовой информации.
В декабре 1992 года при формировании нового правительства во главе с Виктором Черномырдиным сохранил пост председателя Госкомитета РФ по гражданской обороне, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийный бедствий.
В июне 1993 года, когда, во время проведения ГКЧС РФ гуманитарной операции по доставке продовольствия и эвакуации мирных жителей осажденного абхазского города Ткварчели, колонна грузовиков с продовольствием была обстреляна в районе Очамчиры, Шойгу по радио в открытом эфире обратился к российским войскам и попросил их подавить огневые точки с земли и воздуха. В результате, стрельба по автоколонне была прекращена.
В августе 1993 года возглавлял российскую часть объединенной комиссии по урегулированию грузино-абхазского конфликта.
В ночь с 3-го на 4-е октября 1993 года по просьбе Гайдара выделил для него 1000 автоматов с боезапасом из подведомственной ему системы гражданской обороны (до раздачи этих автоматов дело не дошло).
В октябре 1993 года был включен в первоначальный вариант списка кандидатов в депутаты Государственной Думы от блока «Выбор России», но выбыл из списка еще до регистрации. В интервью «Литературной газете» в сентябре 1994 года сказал, что ему «трудно представить» свое присоединение к какому-либо движению или партии, также как депутатство в Думе или Совете Федерации.
20 ноября 1994 года Указом Президента РФ Шойгу был назначен министром РФ по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий, а возглавляемый им Государственный комитет был преобразован в министерство.
31 января 1994 года Шойгу Указом Президента РФ был введен в состав Совета безопасности РФ.
В апреле 1995 года вошел в состав оргкомитета черномырдинского Движения «Наш дом — Россия» (НДР). 12 мая 1995 года был избран в состав Совета НДР.
9 августа 1996 года ушел в отставку вместе с правительством после вступления в должность Президента Ельцина, избранного на второй срок. 14 августа 1996 года был вновь назначен министром по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий в новом правительстве В.Черномырдина.
В сентябре 1996 года был избран президентом Международной организации гражданской обороны (МОГО).
В соответствии с Постановлением Правительства РФ от 26 октября 1996 года был утвержден председателем российской части межправительственных комиссий по торгово-экономическому и научно-техническому сотрудничеству между РФ и Кубой.
14 февраля 1997 года вошел в состав Межведомственной комиссии по предупреждению и ликвидации чрезвычайных ситуаций и стал ее председателем. Сохранил пост Министра РФ по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий в реорганизованном в марте 1997 года правительстве Черномырдина.
С марта 1997 года — председатель российской части межправительственной комиссии по торгово-экономическому сотрудничеству с Кубой, Ливией и Нигерией.
После отставки Правительства РФ, с 25 марта 1998 года исполнял обязанности министра МЧС. 28 апреля 1998 года был вновь назначен министром МЧС в реорганизованном Правительстве РФ.
С мая 1998 года — член Государственной комиссии по военному строительству.
23 августа 1998 года Указом Президента РФ правительство Сергея Кириенко было отправлено в отставку. До назначения нового Правительства Шойгу являлся и.о. министра. 11 сентября 1998 года Указом Президента РФ вновь был назначен министром РФ по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий.
18 ноября 1998 года Указом Президента РФ был включен в новый состав членов Совета безопасности РФ. 1 декабря 1998 года вошел в состав Межведомственной комиссии по оптимизации государственного оборонного заказа.
После отставки Правительства Примакова с 12 по 20 мая 1999 года исполнял обязанности министра. 20 мая 1999 Указом Президента РФ был вновь назначен на этот пост в Правительстве Сергея Степашина. Сохранил свою должность в новом Правительстве Владимира Путина — вновь назначен на пост министра 17 августа 1999 года.
10 января 2000 года Шойгу был назначен вице-премьером, сохранив за собой пост министра МЧС. 20 января 2000 года он был включен в состав президиума Правительства РФ.
4 апреля 2000 года был назначен председателем правительственной комиссии по миграционной политике.
18 мая 2000 года Указом Президента РФ был назначен министром по делам гражданской обороны и чрезвычайным ситуациям в правительстве Михаила Касьянова[88].
В июне 2001 года Шойгу был назначен председателем комиссии по ликвидации последствий наводнения в Якутии, вместо возглавлявшего комиссию до этого председателя Госстроя Шамузафарова.
Еще 19 апреля 1999 года на IV Съезде НДР был избран членом Политсовета НДР. На VIII съезд НДР прислал заявление о выходе из партии. В сентябре 1999 года началась подготовка к созданию нового избирательного блока, инициатором которого выступили 39 губернаторов России. Глава администрации Чукотского автономного округа Александр Назаров сообщил, что инициативная группа предложила возглавить федеральный список создаваемого блока Сергею Шойгу. 26 сентября 1999 года было официально объявлено о создании губернаторского блока «Единство», а Шойгу подтвердил свое согласие его возглавить.
В октябре 1999 года был включен в общефедеральный список избирательного блока «МЕДВЕДЬ» (№1 в Центральной части списка) для участия в выборах в Государственную Думу ФС РФ третьего созыва. В связи с участием в предвыборной кампании Шойгу ушел в отпуск, в.р.и.о. министра был назначен Юрий Воробьев.
19 декабря 1999 года Шойгу был избран в Государственную Думу РФ по общефедеральному округу в списке блока «Единство», но от депутатского мандата отказался.
На «съезде сторонников движения „Единство“ 28 декабря 1999 года был избран руководителем рабочей группы по созданию движения. 11 апреля 2000 года заместитель руководителя фракции „Единство“ в Государственной Думе РФ Франц Клинцевич официально заявил, что Шойгу возглавит молодежную организацию „Единства“, однако председателем молодежной организации была избрана Александра Буратаева. Интересно также, что 30 мая 2000 председатель фракции „Единство“ Борис Грызлов заявил, что Шойгу является лидером партии „Единство“, но не является членом партии[89].
12 апреля 2001 года Лужков и Шойгу на совместной пресс-конференции заявили о намерении движения «Отечество» и партии «Единство» создать «единую политическую структуру и единую политическую партию». Однако 28 мая 2001 года Шойгу заявил, что объединения партии «Единство» и движения «Отечество» не будет. Вместо единой партии будет создана коалиция. И, тем не менее, 12 июля 2001 года на учредительном съезде стал вместе с Юрием Лужковым сопредседателем Общероссийского союза партии «Единство» и Движения «Отечество».
1 декабря 2001 года на учредительном съезде Всероссийской партии «Единство и Отечество» Шойгу был избран сопредседателем Высшего совета партии (вместе с Юрием Лужковым и Минтимером Шаймиевым).
В ноябре 2002 года сохранил свой пост в Политсовете партии и в 2003 году вошел в первую тройку списка ЕР на выборах в Государственную Думу 7 декабря 2003 года.
В начале марта 2004 года Шойгу, как и весь состав Правительства, был отправлен в отставку — 9 марта Шойгу сохранил свой пост МЧС в новом правительстве М.Фрадкова. Член Совета безопасности РФ (по должности).
88
В ноябре 2000 года Касьянов, выступая на совещании по итогам деятельности МЧС, обвинил министерство в нецелевом использовании средств, выделяемых из резервного фонда правительства по линии МЧС.