Мгновенно развязанная между парламентом и правительством война велась с участием самого Горемыкина все время, пока существовала I Дума. Основным полем этой войны стала аграрная проблема. Еще бы, Ивана Логгиновича многие считали, как и он сам, специалистом по аграрным вопросам. Для этого были определенные основания. Длительное время Горемыкин обстоятельно занимался знакомством с региональными проблемами крестьянства. В 1869 году вышла его книга «Очерки изучения крестьян в Польше»; в 1903 году был опубликован составленный им «Свод узаконений и распоряжений правительства об устройстве сельского состояния и учреждений по крестьянским делам». С марта 1905 года он стал председателем особого совещания по вопросам о мерах к укреплению крестьянского землевладения.
Если провести аналогию с будущими советскими временами, то репутацию ведущего сельскохозяйственника, на которую претендовал Горемыкин, также активно поддерживали, например, Н. С. Хрущев, а затем — М. С. Горбачев. Причем в своих установках Иван Логгинович был противником сколь-нибудь широкой аграрной реформы и вообще считал, что Дума своим подходом к решению аграрных вопросов нарушает установленную для нее юрисдикцию.
Тем не менее, с первых же дней работы Думы центральной темой дискуссий стал, наряду с проблемой проведения в стране амнистии, аграрный вопрос. Когда первоначально депутаты были еще заняты составлением ответного адреса на тронную речь Николая II, произнесенную им при открытии Думы, они уделили этому вопросу первостепенное внимание. Такой адрес, базирующийся на установках, не совпадавших с подходом правительства, был принят 5 мая 1906 года.
Неделю спустя, 13 мая, Горемыкин выступил в Думе с правительственной декларацией, явившейся ответом на принятый ею адрес. Формулируя задачи, стоявшие перед Советом Министров, Иван Логгинович высказался против думского подхода к ним. Единственное, в чем он согласился с Думой, так это в том, что аграрный вопрос необходимо считать первостепенным. Однако в остальном глава кабинета полностью расходился с мнением думцев при обсуждении названного вопроса.
Выступая перед депутатами, Горемыкин подчеркнул: «Совет Министров считает своею обязанностью заявить, что решение этого вопроса на предложенных Государственной Думой основаниях безусловно недопустимо. Государственная власть не может признать права собственности на земли за одними и в то же время отнимать это право у других. Не может государственная власть и отрицать вообще право частной собственности на землю, не отрицая одновременно права собственности на всякое иное имущество».
Кадеты, игравшие ключевую роль в деятельности Государственной думы, многократно поднимали вопрос о необходимости отчуждения земель, сдаваемых в аренду. Эта тенденция нашла свое отражение в принятом 23 мая 1906 года законопроекте, предложенном фракцией трудовой группы и вошедшем в историю как «проект 104-х». В нем отстаивалась идея отчуждения помещичьих и других частнособственнических земель, «превышающих трудовую норму», создания общенародного земельного фонда и введения уравнительного землепользования по трудовой норме.
Правительство обвинило Думу в нагнетании напряженности вокруг аграрного вопроса. На заседаниях 7–8 июня Совет Министров принял решение о необходимости роспуска Думы в случае дальнейшего «нагнетания напряженности» вокруг этого вопроса. Вскоре, 20 июня, Совет Министров выступил с резким заявлением, в котором в категорических тонах отстаивалась неприкосновенность земель, находящихся в частной собственности.
Двадцать четвертого июня в английских газетах появилась беседа всесильного дворцового коменданта Д. Ф. Трепова с корреспондентом агентства Рейтер. В ней было недвусмысленно подчеркнуто, что правительство («министерство») Горемыкина не справляется со сложившейся ситуацией. Это был приговор. Приговор Горемыкину как председателю Совета Министров.
Взаимоотношения между Думой и правительством обострились до предела. Развязка наступила быстро: 8 июля был подписан указ о роспуске Государственной думы, а 9 июля появился царский манифест, объясняющий народу такой шаг. В манифесте роспуск Госдумы мотивировался тем, что «выборные от населения вместо работы строительства законодательного, уклонились в непринадлежащую им область».