Столыпин форсировал усиление переселенческой политики, направленной на перемещение больших масс сельского населения из центральных районов страны в слабозаселенные районы Сибири и Дальнего Востока. Этим он преследовал цель разрядить накал напряженности в центральных районах страны, вызванный нерешенностью аграрного вопроса. Широкое хождение получил циничный афоризм Столыпина «Дальше едешь — тише будешь!»
Проводившаяся Столыпиным аграрная реформа получила весьма неоднозначную оценку и современников, и потомков. Нынешние рыночники считают сильной стороной столыпинской реформы ее ориентированность на интенсификацию хозяйственной деятельности крестьянства, основанную на частной собственности на землю, ее упор на увеличение товарности крестьянского хозяйства.
Важнейший огрех реформы многие справедливо усматривают в том, что она носила весьма односторонний характер, способствовала защите помещичьего землевладения с помощью перераспределения крестьянских земель и отстаивала интересы лишь зажиточного крестьянства.
Примечательно, что еще в 1929 году видный кадетский деятель П. Н. Милюков писал: «Теперь реформу Столыпина часто восхваляют, усматривают в ней желание сделать крестьян собственниками. Но это значит забывать, за чей счет он хотел это сделать, и в чем заключалась политическая цель реформы. Столыпин ведь противоположил свою дворянскую реформу той демократической, за которую разогнали первые две Думы. Столыпинская реформа пыталась отвлечь крестьян от раздела дворянских земель разделом их собственных земель — притом на пользу богатейшей части крестьянства. Таким образом, крестьянство лично убедилось в дворянской политике царя».
Наряду с аграрной реформой Столыпин предложил ряд крупных законопроектов, направленных на преобразование местного самоуправления, на введение всеобщего начального образования, на развитие веротерпимости, на укрепление финансов за счет сбора прямых и косвенных налогов. Петр Аркадьевич вынашивал планы создания целого ряда новых министерств.
В последние месяцы жизни Столыпин активно добивался принятия закона о введении земств в западных губерниях страны. Когда Государственный совет окончательно отклонил этот законопроект, Столыпин 5 марта 1911 года подал в отставку. Николай II отставку не принял, пойдя навстречу требованиям председателя Совета Министров прервать на несколько дней работу парламента, чтобы издать вне его процедур указанный закон. Однако политическая и моральная цена, заплаченная Петром Аркадьевичем за эту победу, оказалась слишком высокой: его позиции сильно пошатнулись.
Все знали, что Госдума и Государственный совет были против принятия этого закона. Все российское общество пришло в движение, когда в работе обеих палат парламента по соизволению царя объявили перерыв на три дня, с 12 по 14 марта 1911 года, и в этот промежуток (14 марта) был издан закон, на котором настаивал Столыпин.
Оценку происшедшего емко выразила фраза «так играть законом нельзя», запестревшая с газетных полос. Другую оценку ультимативных действий Столыпина высказал с думской трибуны известный кадетский лидер В. А. Маклаков, заявивший: «Председатель Совета Министров еще может удержаться у власти, но это агония».
Витте писал, что Петр Аркадьевич в конце концов торжествовал победу, но «для мало-мальски дальновидного человека было ясно, что это торжество накануне его политической гибели. Когда это случилось, вся Россия была этим возмущена, были возмущены как Государственная дума, так и Государственный совет».
Описанные события усугубили и без того ухудшившиеся отношения Петра Аркадьевича с Николаем И. Ультимативный стиль поведения, продемонстрированный Столыпиным, видимо, усилил подозрения царя в том, что глава правительства стремился к узурпации власти. Среди историков распространено мнение, что Николай II боялся «оказаться в тени» напористого премьер-министра.
Не способствовали улучшению этих отношений и смелые предупреждения Столыпина царю о пагубности и недопустимости возвышения Григория Распутина в его окружении. Петр Аркадьевич позволял себе многое говорить в глаза царю. Чего стоила даже одна оброненная Столыпиным в сердцах фраза: «Да рассердитесь же хоть раз, ваше величество!».
Словом, отношения между Николаем II и Столыпиным оказались более чем натянутыми. Витте утверждал, что во время одного из докладов главы правительства царь сказал ему: «А для вас, Петр Аркадьевич, я готовлю другое назначение». Столица была наполнена слухами, что Столыпин может получить пост посла либо наместника на Кавказе или в Западном крае.