Из-за того, что в состав Особмежкома входили представители многих ведомств — ВСНХ, Наркомпрода, Наркомюста, Наркомрабкрина, Наркомтруда и ВЦСПС, Московского Совета, Чусоснабарма и ВЧК, собрать всех их для принятия решений оказалось весьма проблематично. Вследствие перегруженности работой каждого члена Особмежкома крайне затруднительным стал созыв его пленума.
Все это послужило причиной сокращения состава Комиссии, согласно Постановлению СНК от 21 апреля 1920 г., до пяти человек, а именно представителей Наркомюста, ВСНХ, Наркомпрода, Наркомрабкрина и ВЧК. Крыленко был назначен председателем, Ихновский — его заместителем, Аванесова, Эйсмонд и Свидерский — членами Комиссии.
На Особую межведомственную комиссию возлагалось, в первую очередь, проведение в жизнь мер по борьбе со спекуляцией и хищением социалистической собственности.
Так, бывшим владельцам и совладельцам промышленных и торговых предприятий запрещалось занимать должности на тех предприятиях, владельцами коих раньше они состояли, а также занимать ответственные должности в соответствующих главках и центрах. Исключения допускались по особому постановлению коллегии соответствующего Главка или Центра при согласии на это их ЦК.
Комиссией принимались меры по проверке личного состава производственных, заготовительных и распределительных органов и по обследованию характера их деятельности, назначению ревизий материально - хозяйственных частей учреждений и предприятий и подведение практических итогов этих ревизий, осуществлению надзора за учетом имеющихся товаров и материалов для предприятий, особенно производящих предметы военного снаряжения и обмундирования.
Разрабатывались способы надзора за деятельностью фабрично-заводских продовольственных организаций и служащих учреждений и предприятий, а также за операциями кооперативов. Изучались действия Декрета ВЦИК о мерах содействия кустарной промышленности. Вырабатывались меры для прекращения выплаты заработной платы рабочим производимыми ими же товарами. Усиливался надзор за торговлей, как уличной, так и в закрытых помещениях. Принимались меры к недопущению незаконной торговли, к устранению злоупотреблений с продовольственными и прочими карточками в советских магазинах и хищения продовольственных продуктов с продовольственных складов и др.[22]
Гражданская война продолжалась. Обстановка на фронтах обострилась. В связи с этим 17 декабря 1919 г. своим Приказом № 208 ВЧК предложил своим местным органам вернуться к испытанным методам «борьбы». Предлагалось брать на учет все буржуазное население, которое могло служить заложниками: бывших помещиков, купцов, фабрикантов, заводчиков, банкиров, крупных домовладельцев, офицеров старой армии, видных чиновников царского времени и времени Керенского и их видных родственников, сражающихся против советской власти, а также лидеров антисоветских партий, склонных остаться за фронтом на случай отступления Красной Армии.
Данные списки представлялись в ВЧК, которая решала, когда приступать к аресту заложников[23].
24 декабря 1919г. съезд особых отделов принял Инструкцию Особого отдела ВЧК, где в качестве средств осуществления возложенных на них задач в числе других мер могла применяться высылка за пределы фронта, заключение в лагеря принудительных работ, различные административные меры, а также применение высшей меры наказания. Высшая мера наказания могла применяться при условии создания Коллегии из трех лиц, персональный состав которой утверждался Президиумом ВЧК по представлению Особого отдела ВЧК[24].
К началу 1920 г. обстановка в стране изменилась. Пленум ЦК РКП(б) 13 января 1920 г. принял предложение Ф. Э. Дзержинского напечатать в прессе от имени ВЧК приказ о прекращении с 1 февраля применения высшей меры наказания местными ЧК и о передаче дел на лиц, которым такое наказание грозило, в ревтрибуналы.
Была избрана комиссия в составе Ф. Э. Дзержинского, Л. Б. Каменева и Л. Д. Троцкого для разработки этого приказа и подтверждения его от имени правительства в целом[25]. 17 января 1920 г. ВЦИК и Совет Народных Комиссаров своим постановлением отменил применение высшей меры наказания в отношении врагов советской власти как по приговорам ВЧК и ее местных органов, так и по приговорам городских, губернских, а также и верховного, при ВЦИК, трибуналов[26].
В связи с этим Президиум ВЧК 15 февраля 1920 г. направил инструкцию чрезвычайным комиссиям, особым отделам и их отделениям на местах, в соответствии с которой Губчека могла налагать за преступления следующие взыскания: штрафы, заключения в концлагерь, передачу дел заключенных в ревтрибуналы или народные суды. Губчека имела право подвергать заключению лиц без указания срока, опасных для революции, но уведомляя в каждом отдельном случае Президиум ВЧК.