Следует отметить и то, что в это время политические репрессии осуществляли не только чрезвычайные комиссии, но и президиумы исполкомов, революционные трибуналы, военно-полевые трибуналы, следственные комиссии, военные комитеты и комиссары, воинские команды и др.
Смысл и содержание законности подменило известное Постановление Реввоенсовета Республики от 4 февраля 1919г., которое прямо предписывало революционным военным трибуналам в своих решениях и приговорах руководствоваться коммунистическим правосознанием и революционной совестью.
Гражданская война стала одной из величайших трагедий в истории России. В этот период происходят такие события, как мятеж белочехов, первые иностранные десанты в Мурманске и на Дальнем Востоке, поход армии Краснова на Царицын, мятежи эсеров, «красный» и «белый» террор, сражения Красной Армии с А. Колчаком, А. Деникиным, Н. Юденичем, борьба с польской интервенцией, борьба с П. Врангелем и др. Жестокость и жертвы этой войны оставили тяжелый след в истории.
После Октябрьской революции страна оказалась в международной изоляции. Международное и внутреннее положение Советской России несколько улучшилось только к концу 1921 г. В европейской части страны практически завершилась гражданская война. Отдельные очаги ее сохранялись только на Дальнем Востоке, в Закавказье и Средней Азии. У противников большевиков как внутри, так и за пределами страны не оставалось сомнений в том, что они потерпели поражение. Данное обстоятельство не могло не сказаться на действиях и позиции бывших союзников царской России по Антанте. Они стали менять методы борьбы против молодой Республики Советов. Исполнителями планов западных правительств по дестабилизации обстановки в Советской России и свержению правительства большевиков стали, прежде всего, многочисленные белоэмигрантские организации. Наибольшую активность в этом плане проявляли «Российский общевоинский союз», «Национально-трудовой союз нового поколения», «Российский фашистский союз», «Народный союз защиты родины и свободы», «Объединенный казачий совет» и некоторые другие.
К началу 20-х гг. белоэмигрантские организации антисоветской направленности образовали совместно со спецслужбами панской Польши, Франции, Англии, Румынии и некоторых других стран единый фронт против Советской России.
Деятельность иностранных спецслужб и антисоветски настроенной белой эмиграции в это время выражалась не только в засылке на территорию Советской России многочисленных агентов и эмиссаров, но и в предоставлении баз для формирования, вооружения и другого необходимого снаряжения бандитским группам, периодически нарушавшим российскую границу и совершавшим кровавые рейды по территории России, Украины, Белоруссии. Подобные услуги оказывали бандитам власти Польши, Румынии, Финляндии и некоторых других стран.
Органы ВЧК в этот период приступили к первой серьезной реформе. Основные причины, обусловившие принятие данного решения, были связаны с теми существенными изменениями, которые произошли в политической и оперативной обстановке. После окончания Гражданской войны страна постепенно начала переходить от экстремальных условий к обычной мирной жизни. Эти новые условия требовали новых подходов, новой организации системы государственной безопасности.
Не мог не сказаться и тот факт, что Всероссийская чрезвычайная комиссия создавалась в качестве временного чрезвычайного органа на особый период и была наделена очень широкими полномочиями, выполняя зачастую функции не только следствия, но и суда. С окончанием Гражданской войны надобность в таком чрезвычайном органе отпала.
6 февраля 1922 г. ВЦИК упразднил ВЧК и создал Государственное политическое управление (ГПУ) при НКВД РСФСР. Позже, 2 ноября 1923 г. Президиум ЦИК СССР принял Постановление об ОГПУ, а 15 ноября утвердил «Положение об ОГПУ и его органах». ОГПУ приобрело статус центрального государственного учреждения.
Реорганизация 1922 г. лишила ГПУ судебных функций, новые органы получили право лишь на розыск, дознание, предварительное следствие, ограниченное двумя месяцами. Задерживать арестованных свыше двух месяцев можно было только по разрешению Президиума ВЦИК. Однако 16 октября 1922 г. ГПУ вновь были предоставлены внесудебные полномочия. В последующие годы внесудебные полномочия ГПУ—ОГПУ неуклонно расширялись. Наряду с созданным при ОГПУ Особым совещанием репрессивную деятельность вела Коллегия ОГПУ и «тройки».