У сотрудников ОГПУ возникали сомнения в существовании контрреволюционных организаций. Это дошло до И. В. Сталина. 16 сентября 1929 г. он направил В. Р. Менжинскому письмо, в котором предупредил его о болезненных явлениях в организациях ГПУ и высказал недовольство, что у чекистов взят курс на развернутую самокритику внутри ГПУ. По его словам, такие же ошибки были допущены в военном ведомстве. И. В . Сталин предупредил, что это грозит разложением ГПУ и развалом чекистской дисциплины. Он попросил В. Р. Менжинского проверить эти факты, и, если они подтвердятся, принять решительные меры против этого зла[113]. И. В. Сталину нужен был «карманный орган» государственной безопасности, выполнявший только его решения.
Вопросам ведения следствия в органах безопасности высшее партийное руководство уделяло большое внимание. Так, еще 29 декабря 1923 г. Политбюро ЦК РКП(б), рассматривая вопрос о борьбе с бесхозяйственностью и должностными преступлениями, постановило дать партийную директиву НКЮ и Верхсуду РСФСР, а также Московскому и Петроградскому губсудам, в которой в целях большего воздействия после судебного рассмотрения дел о хозяйственных и должностных преступлениях на оздоровление хозяйственных и советских органов было предложено ускорить ведение таких дел. При этом, выделяя главных виновников, необходимо было выявлять и побочные обстоятельства для привлечения к ответственности и более мелких соучастников. Предлагалось заслушивать дела, как правило, не позднее чем через три месяца со дня поступления их в следственные органы.
Политбюро просило максимально сократить формальности в судебных и следственных инстанциях, поручив Д. И. Курскому и Ф. Э. Дзержинскому внести в СНК соответствующий проект постановления[114].
Однако, несмотря на сокращение формальностей, из поступающих с тех мест на предмет внесудебного рассмотрения в Коллегии ОГПУ дел усматривалось, что в большинстве случаев обвинительные заключения не отвечали требованиям, указанным в ст. 210 УПК РФ.
Резолютивная часть следовала ранее описательной; в описательной части весьма сжато указывались обстоятельства дела с непоследовательным изложением фактов, установленных при производстве следствия по делу. Отсутствовали ссылки на номера листов показаний обвиняемых и свидетелей.
В резолютивнмй части часто не указывались точные, подробные сведения относительно судимости, возраста, классовой принадлежности, рода занятий, имущественного, социального положения и других данных в отношении каждого из обвиняемых. Не указывались время, место и способы совершения преступления.
В обвинительном заключении не указывались лица, в отношении которых дело выделялось в отдельное производство или прекращалось. Часто отсутствовал список лиц, подлежащих вызову в качестве свидетелей.
Для устранения этих недостатков и во избежание повторения подобных явлений руководством ОГПУ 9 марта 1925 г. было предложено при составлении обвинительных заключений по уголовным делам строго придерживаться УПК РФ. Предлагалось больше обращать внимания на описательную часть обвинительного заключения, излагая все события подробно. В отношении каждого из обвиняемых обязательно было указывать, согласился ли он с предъявленным обвинением или нет.
В связи с тем, что квалификация сотрудников, ведших следствие, оставляла желать лучшего, на примере было расписано, как оформлять резолютивную часть обвинительного заключения. В конце обвинительного заключения по делу предлагалось указывать, кто из обвиняемых и когда арестован и где содержится под стражей, кто из обвиняемых находится под подпиской о невыезде с места постоянного жительства, в отношении кого из обвиняемых мера пресечения не применялась или же применялась и почему, какие имеются вещественные доказательства по данному делу и их местонахождение.
К каждому делу, направленному для рассмотрения во внесудебном порядке в Коллегию ОГПУ, должно было быть приложено заключение местного прокурора, наблюдавшего за органами ГПУ.
По каждому делу отдельными приложениями необходимо было представлять: одну копию обвинительного заключения, четыре копии постановления о предъявлении обвинения на каждого из обвиняемых и столько же копий постановлений об избрании меры пресечения.
В случаях несоблюдения этих указаний такие дела должны были возвращаться обратно в местные органы[115].