В связи с тем, что побеги носили массовый характер, приказом МГБ СССР № 0354 от 23 октября 1946 г. в соответствии с пунктом 9 «Положения о спецкомендатурах НКВД», утвержденного ранее указанного постановления СНК СССР, предписывалось законченные следственные дела о побегах спецпереселенцев из мест их обязательного поселения направлять на рассмотрение Особого совещания при МВД СССР. Пункт 11 Директивы МВД СССР № 193 от 30 июля 1946 г. о направлении следственных дел о побегах спецпереселенцев на рассмотрение в местные судебные органы отменялся. Позже, 24 ноября 1948 г. Постановлением СНК «О выселенцах» меры наказания за побег значительно ужесточили. В спецкомендатурах налаживался посемейный и индивидуальный учет спецпереселенцев. В Якутской АССР и Красноярском крае создали несколько режимных поселений для тех, кто проявил стремление к побегу. В местах их прежнего проживания работали специальные инспекции и оперативно-розыскные отряды, выявлявшие беглецов.
Приказ МГБ СССР № 00496 от 2/4 ноября 1946 г. объявил штат Особого совещания Министерства государственной безопасности Союза ССР, который состоял из секретариата и трех отделений: 1-е отделение занималось рассмотрением следственных дел, составлением заключений по делам, готовило доклады по делам Особого совещания по указанию председателя Особого совещания; 2-е отделение рассматривало материалы, связанные с пересмотром ранее вынесенных решений Особого совещания, а также занималось рассмотрением жалоб, заявлений и материалов о снятии судимости; 3-е отделение подготавливало заседания Особого совещания и повестки, составляло протоколы Особого совещания и вело учет всех дел. Всего в штате Особого совещания при МГБ СССР было 50 человек.
Репрессивная политика вновь заметно усилилась в 1948 г. Важное значение имел Указ ПВС от 21 февраля 1948 г. «О направлении особо опасных государственных преступников по отбытии наказания в ссылку на поселение в отдаленные местности СССР». На лиц, еще отбывавших наказание в особых лагерях и тюрьмах, по истечении сроков автоматически накладывалось новое наказание: ссылка на поселение на Колыму, в Сибирь и Казахстан. Указом на Особое совещание возлагалось вынесение решений о направлении в ссылку на поселение в отдаленные местности СССР отбывших наказание особо опасных государственных преступников (троцкистов, диверсантов, шпионов и др.)
В июне 1948 г. гонениям подверглись «тунеядцы», или, иными словами, колхозники, не вырабатывавшие обязательного минимума трудодней, что трактовалось как уклонение от трудовой деятельности. Согласно Указу ПВС от 2 июня 1948 г. «О выселении в отдаленные районы лиц, злостно уклоняющихся от трудовой повинности и ведущих антиобщественный паразитический образ жизни», право выносить приговоры предоставлялось общему собранию колхозников, сельскому сходу.
По сложившейся практике Особое совещание имело право заключать в ИТЛ сроком на восемь лет за уклонение от общественно полезного труда в местах спецпоселений лиц, выселенных за уклонение от трудовой деятельности в сельском хозяйстве, а также лиц, высланных в места спецпоселения навечно.
Кроме этого, предоставлялось право выселять из Литовской, Латвийской, Эстонской ССР и западных областей Украины в отдаленные местности СССР членов семей участников националистического подполья. Президиум Верховного Совета и Совета Министров Союза ССР издал еще ряд указов и постановлений, по которым были расширены права Особого совещания.
25 октября 1948 г. в соответствии с Постановлением Совета Министров СССР от 21 февраля 1948 г. за № 416-159сс о направлении в ссылку на поселение всех освобожденных по отбытии наказания из лагерей и тюрем со времени окончания Великой Отечественной войны шпионов, диверсантов, террористов, троцкистов, правых, меньшевиков, эсеров, анархистов, националистов, белоэмигрантов и участников других антисоветских организаций и групп было предложено по мере выявления этих лиц арестовывать, оформляя арест в установленном законом порядке.
Предлагалось предъявлять обвинение арестованным в соответствии с составом преступления, за которое они отбывали наказание в лагерях и тюрьмах.
Следствие направлялось на выявление антисоветских связей и вражеской деятельности. Если в процессе следствия таких сведений не получали, то дела направлялись в Особое совещание при МГБ СССР, а там уже выносилось решение о применении к арестованным ссылки на поселение в соответствии с Указом Президиума Верховного Совета СССР от 21 февраля 1948 г.