Высшее духовенство было обеспокоено требованиями секуляризации церковных земель. Главное свое внимание оно сосредоточило на ереси. В 1490 г. на церковном соборе, состоявшемся в Москве, были осуждены новгородские еретики, их отправили под стражей в Новгород, где архиепископ Геннадий жестоко с ними расправился. В 1494 г. вынужден был покинуть митрополичью кафедру митрополит Зосима, который поддерживал еретиков. Положение московского кружка также пошатнулось.
Однако вопрос о монастырских земельных владениях не был снят с повестки дня. По требованию Нила Сорского он обсуждался на церковном соборе 1503 г. Русская православная церковь, чувствовавшая свою силу, решила во время обсуждения дать бой светской власти. Интересны аргументы Иосифа Волоцкого в пользу монастырского землевладения. Иосиф Волоцкий прямо заявил: «Если у монастырей сел не будет, то как честному и благородному человеку постричься, а если не будет доброродных старцев, откуда взять людей на митрополию, в архиепископы, епископы и на другие церковные властные места? Итак, если не будет честных и благородных старцев, то и вера поколеблется». Митрополит Симон выдвинул на соборе другие аргументы в защиту церковного землевладения, он ссылался на давний обычай греческой и русской церкви, на уставы Владимира и Ярослава и даже приводил в пример татарских ханов, которые никогда не трогали церковных имуществ.
Абсолютно прав историк русской православной церкви Е. Голубинский, который, характеризуя расстановку сил на соборе, сказал: «Если, может быть, великий князь ожидал и рассчитывал, что архиереи выдадут монахов, то он совершенно ошибался. Архиереи были из тех же монахов и принимали к сердцу интересы последних, как свои собственные». Царь Иван III вынужден был отказаться от требований секуляризации монастырских владений, русская православная церковь оказалась еще достаточно сильной, чтобы отбить первый натиск светской власти на свои привилегии. К тому же обстановка не благоприятствовала Ивану III, он нуждался в помощи церкви. Отношения с Литвой были обострены, и в связи с этим были необходимы выступления церкви в защиту православного русского населения, проживающего на территории Литвы.
В конце 1504 г. в Москве собрался церковный собор, осудивший еретиков, от которых вынужден был отступиться царь. Враждовавшие между собой «нестяжатели» и «осифляне» дружно выступили против еретиков и добились принятия решения о расправе над ними. Для большего устрашения низших и средних слоев населения, для окончательного искоренения ереси церковники решили казнить еретиков в обоих главных центрах возникновения и распространения ереси: в Москве и в Новгороде. В специально построенных клетках в Москве сожгли Ивана Курицына, Ивана Максимова, Дмитрия Пустоселова, в Новгороде — Некраса Рукавова, Ивана Черного и многих других.
Однако светская власть, вынужденная отступиться от жидовствующих, требования которых она пыталась использовать в своих целях, не отказалась от своих устремлений. По мере того как социальная база государства в лице дворянства и горожан укреплялась и становилась более мощной, государство усиливало натиск на имущественное положение и относительную независимость русской православной церкви. На церковном соборе 1580 г. светская власть сумела провести решение о том, чтобы архиереям и монастырям вотчин у служилых людей не покупать, в заклад по душе не брать и никакими способами своих владений не увеличивать; вотчины же, приобретенные или взятые в заклад архиереями и монастырями до принятия данного решения, отбирались в государственную казну, а царь сам должен был решать, платить за них долги или нет. Во всяком случае определенного ограничения церковных земельных владений светская власть добилась. Правда, последовавшая вскоре неспокойная и бурная событиями эпоха так называемого «смутного времени» мало способствовала проведению в жизнь этого решения. Но почин был сделан, светская власть добилась первого успеха в своем наступлении на церковное землевладение.