Следующий, более решительный шаг был сделан во время царствования Алексея Михайловича. В 1649 г. на земском соборе было принято соборное уложение, по которому церковным иерархам и монастырям запрещалось приобретение новых земель. Даже в том случае, когда умиравший вотчинник завещал свои земли какому-нибудь монастырю, разрешалось лишь получить их стоимость деньгами. При нарушении соборного уложения земли, полученные церковью, отбирались государством безвозмездно.
Православная церковь, разумеется, была крайне недовольна этим уложением, наносившим ей серьезный материальный ущерб, устами своего патриарха Никона она впоследствии назвала его «бесовским». Особое возмущение у православных иерархов вызывал учрежденный в 1649 г. Монастырский приказ, ведавший сбором доходов с монастырских вотчин и представлявший собой государственное судебно-административное учреждение.
В этот период русская православная церковь попыталась открыто заявить свои притязания на верховенство в руководстве общественной жизнью. Серьезный конфликт между светской и духовной властью был связан с реформой церковной жизни, проведенной в 1653–1660 гг. Инициатором реформы выступила светская власть. По ее замыслам, реформа должна была сделать церковь еще более послушным аппаратом в борьбе за дальнейшую централизацию государства. Проведение церковной реформы диктовалось и внешнеполитическим положением Русского государства. Россия вынашивала планы возвращения земель, захваченных Турецкой империей, и внешнеполитический курс, который был намечен царем Алексеем Михайловичем, нуждался в идеологическом обосновании. Россию надо было представить как страну, выполнявшую великую миссию защиты православного населения от нечестивых мусульман. Но для того, чтобы стать светочем христианства, требовалось повысить авторитет русской православной церкви, ликвидировать те расхождения в богослужении и в богослужебных книгах, которых к этому времени накопилось достаточное количество.
В 1652 г. на патриарший престол был возведен Никон. Проведение реформы было поручено новому патриарху. С марта 1653 г. Никон стал энергично проводить в жизнь царский приказ. Церковный собор, созванный в 1654 г., под председательством царя Алексея Михайловича, в присутствии боярской думы принял решение, согласно которому тексты церковных книг нужно было исправлять по древним славянским и греческим книгам.
Однако проведение реформы было отдано в ненадежные руки. Патриарх Никон, человек очень энергичный и властолюбивый, выражал интересы правящей церковной партии, недовольной решением, которое было принято земским собором 1649 г. Проводя реформу, Никон преследовал и свои цели, стремился укрепить церковь и вывести ее из зависимого положения. Очень скоро он выдвинул тезис о том, что «власти небесные, сиречь духовные, преизряднейше суть, нежели мира сего или временные» и поэтому «царь имать быти менее архиереля». По мнению патриарха Никона, цари не имеют права «прикасатися нам, помазанником Божиим, судом и управою чрез каноны».
Вполне естественно, что попытка поставить духовную власть выше светской не прошла Никону даром и вызвала самое решительное противодействие со стороны царя. В 1658 г. Никон вынужден был оставить патриарший престол, а в 1666–1667 гг. предстал перед церковным собором, лишившим его сана и отправившим в ссылку простым монахом. Интересно отметить, как готовился собор. Хотя Никон из-за своего честолюбия и вспыльчивого характера испортил отношения с высшим духовенством, царь Алексей Михайлович все же опасался оппозиции. Обиженная Никоном высшая церковная иерархия должна была все же понимать, что патриарх ревностно защищал интересы церкви. Алексей Михайлович решил заручиться поддержкой зарубежного духовенства, на собор были приглашены александрийский патриарх Паисий и антиохийский патриарх Макарий, которые безоговорочно поддержали московского царя. Русское духовенство не возражало против низложения Никона, по вопросу же о взаимоотношении светской и церковной власти оно встало в робкую оппозицию. Против восточных патриархов («греческих бродяг», как называл их подсудимый Никон), всячески восхвалявших царя и достоинства светской власти, русские иерархи выдвинули следующий аргумент: если бы все государи были такие добрые, как царь Алексей Михайлович, русская церковь не возражала бы против подчинения им, но ведь со временем могут прийти менее добрые цари. «Греческие бродяги» в ответ заявили, что у такого доброго государя, как Алексей Михайлович, не может быть дурных наследников, и поэтому концепция первенства светской власти над духовной не может нанести вреда русской православной церкви. После долгих диспутов стороны согласились на компромиссной точке зрения «двух светильников». Согласно этой теории, как в природе есть два светила, из которых одно светит днем, а другое ночью, так и в государстве есть две власти — светская и духовная. Каждая ведает своими делами и не вмешивается в область деятельности другой. Вопрос о том, какой светильник главный, какой подчиненный, был обойден. Распростившись с честолюбивыми притязаниями на первенство в руководстве общественной жизнью, русское духовенство вырвало у царя некоторые уступки. Вскоре после собора был ликвидирован ненавистный духовенству Монастырский приказ. Светская власть вынуждена была пойти на эти уступки, так как проведенная и одобренная царем церковная реформа вызвала к жизни широкое общественное движение, именуемое расколом.