Школа отделялась от церкви, запрещалось преподавание религиозных дисциплин в учебных заведениях, где преподаются общеобразовательные предметы. Обучать и обучаться религии разрешалось только частным образом. Граждане Советской России получили возможность сознательно и свободно определять свое отношение к религии.
Декрет обеспечил все условия осуществления права свободы совести. Во втором пункте (параграфе) декрета говорится о том, что «в пределах Республики запрещается издавать какие-либо местные законы или постановления, которые бы стесняли или ограничивали свободу совести или устанавливали какие бы то ни было преимущества или привилегии на основании вероисповедной принадлежности граждан». Каждый гражданин получил право исповедовать любую религию или не исповедовать никакой. Впервые в истории России атеистам было гарантировано право свободы убеждений.
Все имущество церковных и религиозных обществ в России было объявлено всенародным достоянием. Декрет предусматривал передачу зданий и предметов, предназначенных специально для богослужебных целей, по особым постановлениям местной или центральной государственной власти в бесплатное пользование соответствующих религиозных обществ. Этим было гарантировано верующим гражданам право свободного и беспрепятственного выполнения религиозных обрядов. В декрете указывалось, что «свободное исполнение религиозных обрядов обеспечивается постольку, поскольку они не нарушают общественного порядка и не сопровождаются посягательствами на права граждан Советской Республики». Местные органы власти наделялись правом принимать все необходимые меры для обеспечения в этих случаях общественного порядка и безопасности. Декрет подчеркивал, что «никто не может, ссылаясь на свои религиозные воззрения, уклоняться от исполнения своих гражданских обязанностей».
Провозгласив отмену каких-либо государственных гонений на религиозной почве, декрет в то же время запретил церковным и религиозным организациям производить принудительные взыскания сборов и обложений, запретил какие-либо меры принуждения или наказания со стороны этих обществ по отношению к их членам.
Декрет «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» обеспечивал все условия осуществления права свободы совести.
Русская православная церковь, лишившаяся своих богатств, привилегированного политического положения, влияния в области просвещения и культуры, враждебно встретила установление Советской власти и ее первые шаги. В самый момент совершения Великой Октябрьской социалистической революции происходил поместный собор русской православной церкви. Собор восстановил ликвидированное Петром I патриаршество и избрал патриархом Тихона. Новый патриарх сразу же встал на позиции контрреволюции. В своем послании от 19 ноября 1918 г. ко всем «верным чадам православной церкви российской» он объявил грозную анафему «извергам рода человеческого», «безумцам» и «безбожным властелинам тьмы века сего», отлучил их от церкви и потребовал от прихожан православной церкви не вступать «с таковыми извергами рода человеческого» в какое-либо общение.
Подстрекаемая такими посланиями большая часть духовенства русской православной церкви выступила в годы гражданской войны и иностранной интервенции на стороне белогвардейцев. Вместе с полками белогвардейцев и иностранных интервентов против молодой Советской республики сражались полки «Иисуса Христа», «богородицы», «архангела Гавриила», сформированные из служителей культа. Кроме того, православные попы служили полковыми священниками в белых армиях. Так, например, в армии адмирала Колчака насчитывалось несколько тысяч служителей культа, в «добровольческой» армии генерала Деникина — около 1000 священников, в войсках барона Врангеля — около 500.
Священнослужители, оставшиеся в своих приходах, также вели активную контрреволюционную пропаганду против Советской власти. В одном из посланий, которые распространялись местным православным духовенством, сторонники революции назывались «мятежниками», сознательно восставшими против законной богоустановленной власти и совершившими клятвопреступление, нарушив присягу на верность, данную своему царю. Послание заканчивалось призывом «сокрушить силу вражью, возвеличить церковь православную и воздвигнуть православное царство».
Контрреволюционной деятельностью православного духовенства активно дирижировал глава церкви патриарх Тихон. Так, например, когда в 1921–1922 гг. молодое Советское государство было охвачено страшным бедствием — голодом, православная церковь не откликнулась на нужды голодающего народа. Особенно силен был голод в Поволжье, где голодало около 14 миллионов человек. По ходатайству голодающего населения в феврале 1922 г. Советское правительство издало декрет об изъятии церковных ценностей, чтобы на них закупить за границей хлеб. Патриарх Тихон выступил против этого мероприятия Советского правительства и опубликовал специальное воззвание, осуждающее изъятие церковных ценностей и призывающее население сопротивляться проведению в жизнь данного декрета. Местное духовенство пыталось использовать всенародное бедствие против Советского государства и активно распространяло слухи о том, что голод — это божья кара за «греховные» деяния революционеров.