Одновременно с обновленческим движением усилились сепаратистские тенденции среди духовенства Украины. В 1921 г. группа националистически настроенных священников потребовала полной самостоятельности (автокефалии) для украинской церкви и перевода богослужения на украинский язык. Был созван «Великий украинский собор», на котором сепаратисты провозгласили создание автокефальной церкви. Однако вскоре выяснилось, что во главе новой церкви встали бывшие петлюровцы, пытавшиеся развернуть антисоветскую пропаганду. Верующие отшатнулись от своих пастырей. В 1931 г. был созван «чрезвычайный собор», на котором было заявлено о самороспуске «украинской автокефальной церкви». Большинство приходов «автокефалистов» присоединилось к обновленческому движению, а после его ухода со сцены церковной жизни возвратилось в русскую православную церковь.
Так в сложной обстановке массового отхода трудящихся от религии[6], раздираемая внутренними противоречиями, русская православная церковь постепенно меняла свое отношение к Советской власти. Однако и после заявлений высших иерархов церкви о лояльном отношении к Советскому государству в период индустриализации и коллективизации часть духовенства продолжала контрреволюционную деятельность.
В годы Великой Отечественной войны произошла нормализация отношений русской православной церкви и Советского государства. С самого начала войны руководство православной церкви стало на патриотические позиции. Церковь рассылала послания верующим, организовывала богослужения, возносила молитвы о даровании победы русскому оружию, проводила среди духовенства и верующих широкий сбор добровольных пожертвований на нужды фронта. Так, например, на собранные среди верующих средства была построена танковая колонна имени Дмитрия Донского. Представители русского православного духовенства, в частности митрополит коломенский и Крутицкий Николай, принимали активное участие в работе созданной в конце 1942 г. Чрезвычайной государственной комиссии по расследованию злодеяний, совершенных фашистскими захватчиками и их пособниками.
Однако следует отметить, что на территории, временно оккупированной фашистскими захватчиками, часть православных священнослужителей активно сотрудничала с интервентами. Так, еще в начале войны епископ владимиро-волынский Поликарп Сикорский провозгласил украинскую автокефалию, в своих проповедях он оправдывал зверства захватчиков. В 1942 г. реакционные круги белорусского духовенства при поддержке гитлеровских захватчиков провели собор, на котором провозгласили автокефалию так называемой «Белорусской православной церкви». Собор послал главе фашистской Германии Гитлеру телеграмму с пожеланием «как можно быстрейшей победы» и выражавшей признательность врагу советского народа за «освобождение Белоруссии от безбожников большевиков».
Справедливости ради следует сказать, что рядовое духовенство на оккупированной территории нередко сотрудничало с партизанами, укрывало мирных жителей от репрессий гитлеровцев, в своих проповедях выражало уверенность в неизбежности победы над фашистскими захватчиками. На оккупированных территориях фашисты открыли около 10 тысяч церквей, но их расчет использовать церковь как политическую силу против Советской власти не удался. В основной своей массе духовенство либо оказалось нейтральным, либо тайно сочувствовало освободительной войне своего народа.
В послевоенные годы русская православная церковь не изменила своего лояльного отношения к Советскому государству. Духовенство активно участвовало в деятельности движения сторонников мира, выражая миролюбие верующих, полностью одобрявших борьбу за мир, которую вело Советское правительство. Идеологи современной русской православной церкви стремились в этот период учесть те глубокие социальные изменения, которые произошли в жизни нашей страны, и пытались совместить с ними течение церковной жизни. В духовной сфере православной церкви в послевоенные годы стали все явственнее и явственнее проявляться модернистские тенденции. Богословы изменили свое отношение ко многим областям общественной жизни, науки, в православии начался сложный процесс подчистки религии, приспособления религии к условиям социалистической действительности.