Крупным христианским писателем II века был священномученик Ириней Лионский, уделивший большое внимание борьбе с гностическими ересями. Гностицизм представлял собой совокупность религиозных течений, развивавшихся параллельно с христианством, но глубоко несхожих с ним в вероучительном плане. Гностические системы Валентина, Василида и Маркиона значительно отличались одна от другой, однако общим для них было сочетание отдельных элементов христианства с элементами восточных религий, оккультизма, магии и астрологии. Для большинства гностических систем было характерно представление о двух равновеликих силах, которые движут историей мироздания, — силе добра и силе зла. Валентин, в частности, противопоставлял доброго Бога, явленного во Христе и владеющего духовным миром, злому богу Ветхого Завета, власть которого распростирается на материальный мир. В гностических системах отсутствовало представление о человеке как о существе, наделенном свободной волей: человек рассматривался, скорее, как игрушка в руках добрых или злых сил.
Личность Христа ни в одной гностической системе не занимала центральное место. Лишь некоторые элементы Его духовно–нравственного учения вплетались в фантасмагорические построения гностиков. Поэтому гностики не довольствовались теми Евангелиями, которые употреблялись в Церкви, но создавали свои собственные, альтернативные. Одним из таковых было «Евангелие от Иуды», о котором упоминал Ириней Лионский и которое сохранилось в переводе на коптский язык. Долгое время это гностическое евангелие считалось утраченным, однако в 2006 году его текст был опубликован. В этом произведении Иуда предстает как особо приближенный ученик Иисуса, которому Иисус открывает «тайны Царства»; предательство он совершает как бы по прямому повелению Иисуса.
«Лжеименному гнозису» святой Ириней противопоставил христианское богословское учение, основанное на книгах Нового Завета и Священном Предании. Верность церковному Преданию выдвигается Иринеем в качестве основного критерия истинности учения:
…Не должно искать у других истины, которую легко получить от Церкви, ибо апостолы, как богач в сокровищницу, вполне положили в нее все, что относится к истине, так что всякий желающий берет из нее питие жизни. Она именно есть дверь жизни, а все прочие учители суть воры и разбойники. Посему должно избегать последних, но с величайшим тщанием избирать то, что относится к Церкви, и принимать Предание истины. Что же? Если бы возник спор о каком–нибудь важном вопросе, то не надлежало ль бы обратиться к древнейшим Церквам, в которых обращались апостолы, и от них получить, что есть достоверного и ясного относительно настоящего вопроса? Что, если бы апостолы не оставили нам Писания? Не должно ли было бы следовать порядку Предания, преданного тем, кому они вверили Церкви?
Эпоха гонений породила целое собрание апологетической христианской литературы. Во II веке авторами апологетических сочинений были Афинагор Афинский, Феофил Антиохийский, Минуций Феликс, Иустин Философ и Татиан Ассириец. В Апологии Тертуллиана значительное место уделяется защите христиан от обвинений в непочитании императора. Обращаясь к представителям римской власти, Тертуллиан подчеркивал лояльность христиан по отношению к императору: «Император больше наш, чем ваш, так как он поставлен нашим Богом. Вот почему я о благоденствии императора, как своем, забочусь более, чем кто–либо другой, не тем только, что прошу его у Того, Который может даровать, и не тем только, что прошу я, такой, который заслуживает исполнения просьбы, но и тем, что, поставляя величие царя ниже величия Бога, я вверяю его Богу, Которому одному только и подчиняю его». В этих утверждениях Тертуллиан опирается на традицию, восходящую к апостолам Петру и Павлу, которые призывали христиан быть покорными всякому человеческому начальству (см.: Рим 13:1; Тит 3, 1), чтить земного царя (см.: 1 Пет 2:13–17) и возносить за него молитвы (см.: 1 Тим 2:1–3).
Важным памятником апологетической литературы III века является анонимное «Послание к Диогнету», в котором говорится об образе жизни христиан в эпоху гонений:
Христиане не отличаются от других людей ни страною, ни языком, ни житейскими обычаями. Они не населяют где–либо особых городов, не употребляют какого–либо необыкновенного наречия и ведут жизнь, ничем не отличающуюся от других людей… Но обитая в эллинских и варварских городах, где кому досталось, и следуя обычаям тех жителей в одежде, пище и во всем другом, они представляют удивительный и поистине невероятный образ жизни. Живут они в своем отечестве, но как пришельцы; участвуют во всем, как граждане, но все терпят, как чужестранцы. Для них всякая чужая страна есть отечество и всякое отечество — чужая страна. Они вступают в брак, как и все, рождают детей, но только не бросают их. У них общая трапеза, но не общее ложе. Они во плоти, но живут не по плоти. Находятся на земле, но суть граждане небесные. Повинуются постановленным законам, но своею жизнью превосходят самые законы. Они любят всех, но всеми бывают преследуемы. Их не знают, но осуждают. Их умерщвляют, но они оживают. Они бедны, но всех обогащают. Всего лишены и во всем изобилуют. Бесчестят их, но они тем прославляются. На них клевещут, но они оказываются правыми. Их злословят, а они благословляют; за оскорбления они воздают почтение; они делают добро, но их наказывают, как злодеев; они радуются наказаниям, как будто бы им давали жизнь. Иудеи воюют против них, как против иноплеменников. Язычники их преследуют, но враги их не могут сказать, за что их ненавидят. Одним словом: что в теле душа, то в мире христиане… Душа заключена в теле, но, в сущности, она сама содержит тело. Так и христиане, заключенные в мире, как бы в темнице, сами сохраняют мир.