Книга Деяний апостольских упоминает о великом гонении на Церковь в Иерусалиме, вынудившем христиан рассеяться по разным местам Иудеи и Самарии (Деян 8:1). Жертвой этого гонения стал Стефан, один из тех семи человек, которых апостольская община избрала, чтобы пещись о столах (Деян 6:2). Будучи арестован, Стефан предстал перед первосвященниками и в длинной обличительной речи изложил всю историю израильского народа, заключив свою речь словами: Жестоковыйные! Люди с необрезанным сердцем и ушами! Вы всегда противитесь Духу Святому, как отцы ваши, так и вы. Кого из пророков не гнали отцы ваши? Они убили предвозвестивших пришествие Праведника, Которого предателями и убийцами сделались ныне вы, вы, которые приняли закон при служении Ангелов и не сохранили (Деян 7:51–53). В ответ на эту речь, ставшую первым письменным памятником антииудейской полемики, иудеи вывели Стефана за город и там побили камнями.
Другим мучеником, пострадавшим от иудеев, стал Иаков Зеведеев, брат Иоанна, которого царь Ирод убил мечом (см.: Деян 12:1–2). От иудеев пострадали и некоторые другие апостолы, в частности Иаков, брат Господень, который, по преданию, был первым епископом Иерусалимским: его иудеи сбросили с крыши храма. Гонениям на христиан со стороны иудеев положил конец захват и разгром Иерусалима в 70 году армиями римского полководца Тита, впоследствии ставшего императором. Полемика между христианством и иудаизмом была тем не менее продолжена во II веке Иринеем Лионским и Иустином Философом, в III веке Оригеном, а в IV веке Афраатом Персидским и Иоанном Златоустом.
Гонения на христиан со стороны язычников начались в 64 году, когда значительная часть Рима была уничтожена пожаром и император Нерон, чтобы отвести от себя подозрения в поджоге, обвинил в этом христиан и евреев. Сведения об этом сохранились у римского историка Тацита:
И вот Нерон, чтобы побороть слухи, приискал виноватых и предал изощреннейшим казням тех, кто своими мерзостями навлек на себя всеобщую ненависть и кого толпа называла христианами… Сначала были схвачены те, кто открыто признавал себя принадлежащим к этой секте, а затем по их указаниям и великое множество прочих, изобличенных не столько в злодейском поджоге, сколько в ненависти к роду людскому. Их умерщвление сопровождалось издевательствами, ибо их облачали в шкуры диких зверей, дабы они были растерзаны насмерть собаками, распинали на крестах или обреченных на смерть в огне поджигали с наступлением темноты ради ночного освещения. Для этого зрелища Нерон предоставил свои сады; тогда же он дал представление в цирке, во время которого сидел среди толпы в одежде возничего или правил упряжкой, участвуя в состязании колесниц. И хотя на христианах лежала вина и они заслуживали самой суровой кары, все же эти жестокости пробуждали сострадание к ним, ибо казалось, что их истребляют не в видах общественной пользы, а вследствие кровожадности одного Нерона.
Слова римского историка являются важнейшим для христианской Церкви свидетельством о ранних годах ее существования и о начале эпохи гонений. Их ценность обусловлена тем, что они принадлежат человеку, чуждому Церкви и настроенному враждебно по отношению к ней.
Другими важными свидетельствами той же эпохи являются мученические акты — протоколы допросов предаваемых на смерть христиан, составленные по приказу их мучителей. К числу такого рода протоколов относятся акты процесса против священномученика Киприана Карфагенского (†258), составленные канцелярией проконсула Африки. Имеются также мученические акты иного типа, представляющие собой записи христиан, ставших очевидцами страдания мучеников. К числу таковых относятся, в частности, Мученичество святого Поликарпа Смирнского (†156), Мученичество святого Иустина Философа (†ок. 165), Мученичество святых Перпетуи и Фелицитаты (†202).
Свидетельством особого рода являются послания священномученика Игнатия Богоносца, епископа Антиохийского (ок. 107), пострадавшего в гонение императора Траяна (98—117). В 106 году Траян повелел совершать всюду жертвоприношение языческим богам по случаю своей победы над скифами, но Игнатий воспротивился этому, за что был приговорен к смерти. После вынесения приговора Игнатия заковали в кандалы и в сопровождении солдат отправили в Рим, где его должны были растерзать львы на глазах у публики. Путь епископа пролегал через различные города, христианам которых он направлял свои послания. Эти послания представляют собой потрясающее свидетельство духовного героизма и непоколебимости христианского епископа перед лицом приближающейся смерти. Обращаясь к христианам Рима в послании, написанном в Смирне и переданном через христиан Ефеса, Игнатий просит римлян не ходатайствовать об отмене или смягчении казни: