Будучи проездом в Екатеринбурге, член Государственной Думы священник И. Боголюбов направил В.Н. Львову письмо, в котором сообщил, что местный епископ Серафим подвергнут домашнему аресту «ввиду сильно обострившихся отношений к нему населения», а духовенство и консистория «порвали с ним всякие отношения». Еще раньше в Синод пришла телеграмма об «опасной деятельности архиерея». Львов решил провести следствие в «целях сохранения спокойствия в епархии».
Дознание на месте проводил офицер для поручений Военной комиссии Временного комитета Государственной Думы прапорщик Тарусин. Вскоре обер-прокурор получил его рапорт с протоколами допросов, а также многочисленные писания самого Серафима. Тарусин отнесся к делу ответственно: показания были сняты с тридцати восьми человек, от домохозяйки до владельца завода. Чем руководствовался прапорщик при привлечении к делу свидетелей, неясно: часть из них знала о деятельности Серафима только по слухам, которые и заносили в протоколы допросов.
Расследование складывалось неблагоприятно для владыки: «свидетели» обвиняли его в монархизме, распутинщине и антисемитизме. Однако центральное место в показаниях занимала речь, сказанная им в соборе 2 марта, где Серафим именовал членов Государственной Думы «кучкой безумных бунтовщиков», подкупленных немецкими агентами, призывал население стоять за царя до смерти, а также «звал паству к погрому» (непонятно к какому. — П.Р.).
В своих письмах архиерей оправдывался довольно оригинально. «Ниспосланным изволением Божьим, — писал он, — политические обстоятельства легли тяжким бременем на мою личность. Не будучи в курсе дела, я, имея только скудные известия о беспорядках в Петрограде, случайно 2 марта выразил по долгу епископского служения скорбь, призвал хранить верность Государю... этот мой молитвенный призыв какими-то злонамеренными провокаторами извращен в погромную речь и пущен по рукам в сотнях оттисков и сделал свое дело в целях, желательных для крайне левых элементов».
Достоверные сообщения о революции и об отречении царя появились в Екатеринбурге 4 марта, до этого провинция питалась слухами. Тогда, по образному выражению «Епархиальных ведомостей», «всё летели и летели новые вести одна другой серьезней, одна другой отрадней. При этих необычных известиях душа рвалась к небу.»
В доказательство своего неведения Серафим направил в Синод местные газеты от 2 марта. После сообщения об отречении императора по запросу городского головы владыка заявил, что признает Временное правительство, однако местный Комитет общественной безопасности потребовал от него подписку о невыезде и «прекращения сношения с народом». Интересно отметить, что в целях «безопасности» новые власти даже отключили телефон в покоях епископа. Особенно сожалел Серафим о том, что из-за всего этого не смог выразить приветствие Временному правительству и обер-прокурору, а также и Комитету общественной безопасности. Последнее особенно примечательно ввиду того, что епископ был арестован именно этим органом власти. Говоря же о своем выступлении 2 марта, он заметил, что версия, попавшая в прессу, «заслуживает не только кары, которую я несу, и гораздо более суровой...» Фраза, попавшая в печатный текст проповеди, именовала членов Государственной Думы «шайкой безумных бунтарей». «Нет, — писал епископ, — я не говорил “шайка”, да еще безумных.. Я сказал “кучка бунтарей”, а это не все равно, что шайка». Далее епископ оправдывался незнанием в тот момент, «что это была не “кучка бунтарей” революционеров, а целый ряд лиц, достойных уважения и обессмертивших свои имена совершением подвига, освободившего Россию от целого ряда неумных правителей, подвига, давшего нашей Родине свободу развития на пути к просвещению и культуре. Но это стало известно после. Этих лиц, которых я назвал бунтарями, было хоть и немного, но они подметили общее недовольство всей России, а потому совершили не бунт, а разумный государственный переворот».
В своих писаниях Серафим прибегал и к «сравнительно-историческому» методу, говоря о Выборгском воззвании, что только «теперь можно назвать это гражданским подвигом, а в то время оно называлось иначе». О событиях 1905 г. он вспоминал, что «видел, как лилась кровь неповинных людей (!) за баррикадами», и добавлял: «.Что бы со мной сделали власти старого режима, если бы я тогда стал на сторону бунта». Рассуждая о присяге монарху, Серафим отметил, что пока существовал старый строй, сам он «был верным сторонником его, ибо я смотрю на присягу не как немцы на Международное право».