Двенадцатого марта в Москву прибыл обер-прокурор Синода В.Н. Львов, чтобы познакомиться с настроениями московского духовенства. В тот же день вечером на квартире епископа Димитрия состоялась встреча Львова с представителями духовенства и мирян епархии. Как сообщалось в прессе, все присутствующие, за исключением епископов, единогласно заявили о полном расстройстве епархиального управления в бытность митрополита Макария. Однако присутствующий на собрании епископ Антонин (Грановский) высказал «сожаление о том, что, по слухам, В.Н. Львов позволил себе чуть ли не с оружием в руках требовать от митрополита Макария подачи прошения об увольнении. Это вызвало резкую отповедь со стороны присутствующих, указавших, что это клевета». Прибывший также в Москву Макарий под всеобщим давлением написал второе прошение об увольнении, по которому и был отправлен на покой.
Однако вскоре бывший московский владыка нашел грамотного и богословски образованного союзника и советчика в лице ректора Духовной академии епископа Волоколамского Феодора (Поздеевского). Последний находился в схожей с митрополитом ситуации: его увольнения требовала практически вся корпорация академии. За годы ректорства Феодор, отличавшийся деспотичным характером, увольнял из академии наиболее независимых и любимых студентами профессоров. Очевидно, именно он и уговорил престарелого Макария не складывать оружия и продолжать борьбу за московскую кафедру. Владыка прибыл в Сергиев Посад и оттуда начал вести эпистолярную атаку на своих противников. Секретарь московской консистории Вышеславцев телеграфировал в Синод, что 30 марта получено предписание от Макария, «коим признается съезд духовенства самозваным... кроме того, некоторые священники... прекратившие поминание его, запрещены». Львов отвечал, что Макарий «уволен, все его распоряжения недействительны».
Восьмого марта уже губернский комиссар сообщал министру внутренних дел, что прибытие в Сергиев Посад Макария и «общение его с представителями высшей церковной иерархии. вызвало как со стороны населения, так и со стороны расположенных в посаде войск опасения за возможность какой-либо реакционной пропаганды.» Комиссар также писал, что 5 апреля по постановлению военного комитета местного гарнизона митрополит Макарий и епископ Феодор были подвергнуты домашнему аресту. В Лавре был опечатан склад литературы «политического содержания с явно монархически-тенденциозной окраской». Комиссар просил министра «войти в сношения с обер-прокурором Синода, чтобы назначить вышеназванным лицам другое помимо Сергиевой Лавры местопребывание».
Ранее Макарий написал пасхальное послание, рукопись которого, по словам самого митрополита, «была арестована г. Комиссаром при наборе в Лаврской типографии за противоправительственное содержание». Сам владыка ничего «противного Временному правительству» в своем сочинении не находил, а обвинял лично Львова в возбуждении против него «московского клира, а равно и паствы», которое особенно усилилось после посещения обер-прокурором Москвы. По словам Макария, сам Львов, «вынуждая меня подать прошение об увольнении. прибегал к угрозам включительно до заточения меня в Петропавловскую крепость».
Между тем владыка не находил прецедента в истории, когда московский митрополит увольнялся на покой, — такого, по его словам, не было даже «при проявлении психического расстройства». Ссылаясь на каноническое право и Вселенские соборы, Макарий пытался показать незаконность действий обер-прокурора и части московского духовенства, на собраниях которого с требованием отставки митрополита «присутствовали учащиеся, солдаты, рабочие и лица женского пола. присутствующие громко бьют в ладоши, кричат и смеются. Это не собрание. а скорее. скопище».
В связи с арестом Макария и Феодора и попыткой распространения данного послания в Сергиев Посад приехал обер-прокурор Синода. Встретился Львов и с профессурой академии, просившей избавить их от Феодора.
Первого мая, докладывая Синоду о поездке в Москву, обер-прокурор «поделился впечатлениями» от знакомства с Феодором, человеком, по словам Львова, «умным, но сухим и черствым». Очевидно, сам епископ Волоколамский и признался, что правил «послание» Макария — «сделал некоторые поправки и из книги правил подставил в потребных случаях цитаты».
В результате Феодора уволили с поста ректора академии и назначили настоятелем Данилова монастыря. «Я, слава Богу, благополучно выбрался из Академии, если принять во внимание всю обрушившуюся на меня злобу Обера и автономистов», — писал сам Феодор архиепископу Арсению (Стадницкому). Сложившуюся ситуацию в Церкви епископ оценивал крайне пессимистично: «пройдет месяц-другой, и попы, сидящие в Синоде, при послушании прочих проведут все реформы. Все ячейки церковной жизни расшатаны и потрясены... увольнение Макария под давлением бесчинной толпы и Обера было шуткой, которая породила наглость Обера».