Из всех уволенных иерархов Макарий оказался самым упрямым, так и не смирившимся с отставкой и не признавшим возводимых на него обвинений. Прочитав в прессе интервью с обер-прокурором, владыка направил личное письмо В.Н. Львову: «Я прошу вас. сообщить мне те данные, какие имеете в подтверждении переданных от вашего имени корреспонденту газеты фактов, позорящих мое имя, и тех лиц, через которых вы получили сведения о сказанных фактах, чтобы я мог привлечь виновных в клевете на меня к суду и ответственности». Львов не растерялся и к своему ответному письму приложил копию с докладной записки бывшего секретаря Макария, Петропавловского, «об имевших место. и предусмотренных Уголовным уложением закононарушениях». Обер-прокурор просил владыку «сообщить по содержанию этой записки объяснения в самое непродолжительное время».
Записка Петропавловского представляет собою замечательный документ. Бывший секретарь не пожалел бумаги, излагая всяческие дела и делишки, которые проворачивались в Московской епархии за последние несколько лет. Петропавловский пытался оправдаться тем, что являлся лишь свидетелем грубых злоупотреблений, например при назначении и переводах священнослужителей. Макария секретарь обвинял лишь в слабохарактерности, что и позволяло довольно эффективно им манипулировать.
Очевидно, Петропавловский был сильно перепуган, боясь дальнейших расследований своих деяний: «Отпустите же меня с миром, — писал он в заключение, — и все хорошее и в особенности плохое (а о последнем я слишком много осведомлен) я унесу с собой в могилу, и никогда ничего не всплывет на поверхность». Объяснений Макария на доклад своего бывшего секретаря не последовало.
Наиболее серьезное обвинение митрополита в симонии строились на скопированных Петропавловским письмах священников, которые даже у противников Макария в Синоде вызывали вполне основательные сомнения. Очевидно, Макарий не был взяточником, он просто оказался не на своем месте и, будучи в преклонном возрасте, сам стал жертвой манипуляций своего ближайшего окружения. Однако преосвященный и впоследствии не смирился с фактом своего «незаконного» увольнения (хотя незаконным было, наоборот, назначение его в Москву) и по-прежнему считал себя Московским митрополитом.
Макарий засыпал своими прошениями вначале Поместный собор, затем патриарха Тихона и успокоился лишь тогда, когда в 1920 г. ему дали пожизненный титул митрополита Алтайского. Нет оснований обвинять за увольнение владыки лишь В.Н. Львова: Макария не любило все московское духовенство, и шансов в 1917 г. остаться на кафедре у него не было. Так, например, известный правый деятель и одновременно крупный ученый академик А.И. Соболевский делился впечатлениями о своем посещении митрополита в 1915 г.: «Митрополит Макарий ничего не знает, ничего не помнит, неохотно принимает (утомляется), а его канцелярия ждет бакшиша. Там целое бюро по продаже мест».
Сложная ситуация сложилась и в третьей по значению епархии — Киевской. Здесь основную проблему представляло не противостояние высшего и низшего духовенства, а набиравший силу украинский церковный сепаратизм. Киевской епархией управлял первоприсутствующий член Синода митрополит Владимир (Богоявленский). Человек консервативных взглядов, владыка благодаря честности и бескомпромиссности, а также личной скромности и благочестию пользовался большой популярностью в церковной среде. Его перевод с Петроградской кафедры в 1915 г. на Киевскую рассматривался как своеобразная опала, а сам митрополит получил ореол жертвы «темных сил».
После революции Владимир всеми силами, и первое время не безуспешно, пытался сдержать радикальное церковное движение. Главным соратником митрополита в этом был энергичный викарий, епископ Чигиринский Никодим (Кротков), человек определенно выраженных консервативных взглядов. Очевидно, Никодим сильно раздражал обер-прокурора Львова — только этим можно объяснить навязчивое желание последнего убрать епископа из Киева.
Вскоре для этого появился удобный предлог. Никодим в феврале 1917 г. поставил свою подпись под запиской киевских монархистов, представленной императору. Именно это обстоятельство и послужило официальной причиной для перевода владыки из Киева в Саратов на должность второго викария епархии. За компанию с епископом решено было перевести и секретаря Киевской духовной консистории Лузина. Такое решение вызвало «недоумение» у митрополита Владимира, которого поставили перед свершившимся фактом. Владыка писал в Синод, что «за названными лицами не имеется решительно никаких проступков». По мнению митрополита, такое решение «неудобно именно в настоящее время, требующее идейных работников, богатых творческими силами». Архиепископ Платон разъяснял, что такое перемещение «вызвано необходимой предусмотрительностью об обеспечении мира в Киевской Церкви», отсылая также митрополита к содержанию вышеупомянутой монархической записки, которая «в скором времени имеет быть напечатана».