Никодим, конечно, не желал перевода в саратовское захолустье, представив в Синод объемистое прошение с подробными разъяснениями своих действий. Свой перевод он называл «наказанием», говоря, что в составлении записки не участвовал. По его словам, в середине января 1917 г. протоиереем Стельмашенко и членом Киевской судебной палаты Туткевичем ему был показан текст записки, в которой говорилось о разрухе в государстве, деятельности Думы, земского и городского союзов, о польском и еврейском вопросах. Прочтя записку, он отказался поставить подпись, отказался подписать и вторую ее редакцию. В третий раз, по словам Никодима, он все же поставил подпись: «Правые деятели были настойчивы в своих действиях, они могли и угрожать». Правда, владыка писал, что окончательно вынудило его поставить свою подпись заявление Стельмашенко, что «государь ждет этой записки... поддержите государя». Никодим сообщал, что сейчас он «глубоко сожалеет об этом».
В Синод епископ писал, что в подписанном им тексте отсутствовала, просьба о роспуске Государственной Думы. По его словам, в Киеве на двух пастырских собраниях был «подробно обследован вопрос об упомянутой записке, и было установлено, что в ней ничего не говорилось о роспуске Государственной Думы». В заключение Никодим информировал Синод о своей деятельности, в том числе о поездках с подарками на фронт, о выпуске им шести листовок.
Трудно сказать, насколько повлияло данное оправдание Никодима (в Киев для расследования дела приезжал член Синода архиепископ Платон). Синод 17 июня снова вернулся к его делу. Было решено и епископа, и секретаря консистории Лузина оставить в Киеве.
Между тем часть духовенства в епархии была недовольна «старорежимной» политикой Владимира и Никодима. Так, например, сельский священник Филиппович писал обер-прокурору, что в Киеве «ни одно распоряжение Синода не приведено в жизнь... по прежнему владычествует консистория по указам епископа». Про епископа Никодима священник сообщал, что он «всю свою гениальную тактику от старого режима использует, чтобы отстоять ускользающую из рук городского духовенства власть».
А некие «монахи» Киево-Печерской лавры доносили главе правительства князю Г.Е. Львову о черносотенных настроениях в монастыре, всячески поддерживаемых митрополитом Владимиром, который, по их мнению, «водит за нос всех в Петрограде, давая лобзание Иуды и новому правительству и В.Н. Львову».
Доведено было до сведения обер-прокурора и письмо членов Киевского церковно-епархиального совета: «Что и предвиделось, то и случилось». «Работа наша с митрополитом Владимиром оказалась невозможной». Далее авторы послания манерно просили войти в их «плачевное положение и обсудить с точки зрения петроградских горизонтов и перспектив, какой елей или вино возложите на наши язвы или же с благоразумием еврейского священника или левита пройдете мимо». В послании обер-прокурору сообщалось, что журналы совета митрополит Владимир не подписывает, в результате все «постановления продолжают висеть в воздухе». По мнению авторов письма, владыкой высказывается «явное сочувствие старому строю». Митрополит ищет себе поддержки в «реакционных кругах Киева, что особенно сказалось в виде протеста против перевода. епископа Никодима. в епархии полная разруха». Удивительно, но авторы письма совсем ничего не говорят о национальном движении на Украине, списывая все на реакционность Владимира.
По сути, в епархии сложилась ситуация двоевластия или даже многовластия; образовавшийся после революции комитет духовенства, выбранный съездом епархиальный совет действовали параллельно с консисторией и епископами. Более того, комитетом духовенства была создана должность комиссара по духовным делам, которую занял священник Поспеловский. Очевидно, что священник быстро проникся идеей значимости своей должности, и когда 28 апреля митрополит провел совещание с членами консистории, Поспеловский запротестовал, что не был извещен об этом заседании. «Как комиссар по духовным делам, — писал Поспеловский, — я должен быть осведомлен о делах духовного управления».