Митрополит не признавал деятельности комитета духовенства, по его словам, учреждения «самочинного... стремящегося к захвату ему не принадлежащих прерогатив». В свою очередь, члены последнего обвиняли владыку в непризнании «выборного начала» и «полном непонимании событий». Главный противник Владимира комиссар Поспеловский сам поехал в Синод с жалобой на митрополита. Однако в результате уже в середине лета вышло определение Синода о «незакономерном» вмешательстве комиссара по духовным делам в дела епархиального управления.
Настроения церковного сепаратизма были особенно сильны в сельской местности.
Следует отметить, что церковная элита епархии в своем большинстве выступала против «церковного украинства».
Вначале в Киевской духовной академии вполне толерантно относились к деятельности Центральной рады и даже жертвовали средства в Украинский национальный фонд. Однако после заявлений Рады о территориальной автономии и украинизации настроение профессуры резко изменилось. Очевидно, добавили масла в огонь и запросы Рады о чтении в академии курса «украинознайства».
Видимо, все это и подтолкнуло корпорацию Киевской академии выступить с протестом против «насильственной украинизации». Обсуждение данного протеста, судя по записям стенограммы, сохранившейся в Киевском архиве, приняло болезненный характер. Было написано несколько вариантов, последний был принят единогласно и отправлен в Синод и в местную газету «Киевлянин», издаваемую известным общественным деятелем Шульгиным, где «протест» и был опубликован.
В данном протесте сообщалось, что «украинцы не являются отдельной народностью. Это часть русского народа, жившая некоторое время отдельно. и поэтому выработавшая некоторые особенности своего быта и говора. В Малороссии всегда было сильное течение, отстаивающее особенности местного быта и языка. В это чистое по себе течение, овеянное поэзией Шевченко и своеобразной красотой местной природы. вносится струя, готовая замутнить его и сообщить ему характер сепаратистского движения».
Конечно, и Владимир, и Никодим выступали против каких-либо форм сепаратизма. Возможно, именно это и послужило впоследствии причиной трагической гибели Киевского митрополита.
Работая в Киевском архиве и читая резолюции на делах, оставленных митрополитом Владимиром, я постоянно удивлялся разумной мудрости этого незаурядного человека.
Впрочем, неприятности начались и у других викарных епископов. Обер-прокурор Львов чутко реагировал на «запросы» с мест по поводу «реакционных» или «контрреволюционных» деяний епископата. Иногда такие запросы приходили вроде бы и не по назначению. Так, телеграмма из Читы по поводу епископа Ефрема (Кузнецова) и его «реакционной деятельности как организатора черной сотни» пришла в Петроградский совет. В ней товарищ председателя Комитета безопасности Оболдуев «настоятельно» просил удалить на покой где-нибудь «вне области» епископа, так как его оставление «угрожает общественной безопасности». Копия телеграммы вместе с требованием «сообщить о принятых мерах пришла обер-прокурору от Исполнительного комитета Совета за подписью Н.С. Чхеидзе. В.Н. Львов, не желая подчиняться влиянию Петроградского совета, наложил резолюцию: «Повременить». И только когда от комиссара Временного правительств Н.К. Волкова пришло письмо, «вполне подтверждающее характеристику епископа, данную г. Оболдуевым», обер-прокурор потребовал «незамедлительных сведений о названном епископе».
Из Читы Комитет общественной безопасности сообщил, что у «активного черносотенца Ефрема обнаружен большой склад погромной литературы». Комитет предложил епископу выехать в Петроград в распоряжение обер-прокурора. В заключение телеграммы сообщалось, что Ефрем «сегодня выехал», а также высказывалось настоятельное пожелание отправить преосвященного на покой, «не допуская возвращения его хотя бы временно». Однако до пункта назначения владыка не доехал, так как, по его словам, видел «бесцельность» поездки в столицу, никакой причины такого обращения с собой он не находил и просил расследовать дело. Вообще, часто местные власти упорно старались выпроводить неугодных им владык в Петроград в распоряжение обер-прокурора или даже в столичный Совет.