Следует отметить, что активная черносотенная деятельность епископа вызывала у части духовенства епархии большое недовольство. Агапит перед самой революцией, 16 января, жаловался в письме директору канцелярии обер-прокурора В.И. Яцкевичу, что его «верность гражданскому долгу не нравится известной части общества». По его словам, и во время выборов он лишь «исполнял предписания» властей. Недоволен был владыка и тем, что его «мирные беседы. о возрастающей дороговизне и инородческом засилье... именуются погромными речами». Называл епископ и своего основного противника в епархии, ректора духовной семинарии протоиерея Кречетовича, который, по мнению архиерея, и организовывал в прессе статьи, направленные против него.
После Февральской революции Агапит 5 марта выпустил в виде листовки свое воззвание. «Темные силы, — писал владыка, — толкали нашу родину к гибели. И в эту годину испытаний Промыслу Божью. угодно было указать дорогой Родине Путь спасения — вверив судьбу. ПРАВИТЕЛЬСТВУ из ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ НАРОДНЫХ в ГОСУДАРСТВЕННОЙ ДУМЕ, которым прекрасно известны современные недуги и нужды нашего отечества».
Посылая экземпляр данного воззвания обер-прокурору Львову, Агапит писал, что оно отпечатано в количестве восьмидесяти тысяч и из него «ясно видно мое отношение к великим. событиям». 6 марта духовенство епархии совместно с владыкой отправили и поздравительные телеграммы Родзянко и Львову. Бывший «христопродавец» Родзянко именовался в одной из них уже «славным екатеринославцем». Правда, почти одновременно пришел в Синод и донос на епископа от «граждан и духовенства», в котором сообщалось что он «тайно возмущает духовенство против нового правительства».
В епархии в скором времени организационно оформилась и оппозиция правящему епископу. 7 марта в Екатеринославе состоялось многолюдное собрание духовенства и мирян, созванное «по почину» ректора духовной семинарии протоиерея Кречетовича. Протоиерей произнес речь о «крепостной зависимости духовенства». Говорилось и о реакционной деятельности местного архиерея. Был также избран Епархиальный комитет Православной Церкви, который также возглавил Кречетович. 9 марта, как сообщали «Епархиальные ведомости», в здании консистории собрались представители епархиальных учреждений и духовно-учебных заведений. Епископ Агапит произнес речь, говоря об «обновленной и свободной России», которая «ликует и торжествует». Перед собравшимися также выступил уполномоченный исполнительного комитета Туровец, заявив, что «духовенству в настоящий момент необходимо выразить свое “я”, высказать во всеуслышание свои чувства и настроения».
Активно занимался церковными делами и местный Исполнительный комитет, избрав уполномоченного по наблюдению за деятельностью епархиальных учреждений. Его представители прибыли в столицу и нанесли визит министру-председателю князю Г.Е. Львову. Последний 12 марта передал обер-прокурору просьбу комитета
«устранить преосвященного Агапита... так как он раздражает своими действиями все население Екатеринослава». На данном документе обер-прокурор поставил резолюцию: «Обратить внимание на преосвященного Агапита».
20-21 марта в Екатеринославе состоялось еще одно собрание представителей духовенства и мирян. На нем отмечалось, что «бескровная русская революция, разорвав цепи византийского абсолютизма, тем самым ясно поставила вопрос о свободной церковной жизни». Было также принято постановление поручить Епархиальному комитету разработать проект памятника «борцам за свободу».
Очевидно, после письма председателя правительства обер-прокурору Агапит был вызван в столицу для личного объяснения. В деле сохранилось письмо епископа Львову, в котором он просит с «миром» отпустить его обратно в епархию, так как он «честно и по совести трудится на пользу и во славу Свободной Святой Церкви Свободного народа и усердно. выполняет все указы Благоверного Временного Правительства». Преосвященный был отпущен в епархию, где конфликт между ним и частью местного духовенства вспыхнул с новой силой.