Писал Леонтий и на имя председателя Временного правительства, жалуясь на несправедливое увольнение. Г.Е. Львов запросил обер-прокурора Синода о подробностях настоящего дела и о причинах увольнения епископа.
Обер-прокурор в ответном послании кратко изложил биографию Леонтия, особо отмечая его родственную связь с бывшим дворцовым комендантом В.И. Воейковым, и «крайнюю неуживчивость» владыки, вследствие чего он не мог долго оставаться на одном месте. По словам В.Н. Львова, в Саратове Леонтий проявил «крайне враждебное отношение» к епархиальному епископу Палладию, «выразившееся.... в прекращении молитвенного общения с ним, возбуждении против паствы и в жалобах в Священный Синод, голословных или вовсе не соответствующих действительности».
Такой ответ обер-прокурора, не совпадавший с его предшествующей позицией по отношению к обвинениям, высказанным викарием епархии Леонтием против преосвященного Палладия (как уже было сказано, В.Н. Львов верил, что Палладий был «распутинец»), видимо, объясняется желанием оправдать перед правительством решение об увольнении викария Саратовской епархии.
Напряженная ситуация сложилась и в Томской епархии, где против местного архиерея, члена последней Государственной думы Анатолия (Каменского) сложилась сильная оппозиция, которая сразу после революции стала забрасывать Синод телеграммами с требованием уволить владыку, деятельность которого, по их мнению, «носит явно реакционный характер». Вскоре местное духовенство и миряне из числа противников Анатолия получили сильную поддержку в лице общественного Комитета. Наиболее активно оппозиция выступила на съезде духовенства и мирян, открывшемся в Томске 25 мая.
Сам Анатолий отправил в Синод подробный и яркий отчет. По его словам, уже открытие съезда «ознаменовалось бурными сценами». Проблема, по мнению владыки, заключалась в том, что на заседание попало много посторонних людей, не имеющих на то полномочий. Так, например, из одного прихода со священником Шигаревым прибыло сразу 12 человек, которые «составляли такую сплоченную банду насильников, что по мановению своего отца-настоятеля, по характеру и внешнему виду настоящего демагога (бывшего келейника митрополита Макария), готовы были всякого растерзать».
Выяснение отношений, по словам Анатолия (владыка в докладе именовал их «разъяснениями»), начались и в среде его противников. Так, были «разъяснены» и Шигарев, как участник погрома в 1905 г., и другой противник епископа — священник Панов, «стучавший по кафедре кулаком на председателя съезда, вопивший неистово: “Ты буржуй!”»
Миряне, считал епископ, попали под руководство преподавателя Томского епархиального училища А. Смирнова, «типичного “ЛЕНИНЦА”», которого, в конце концов, тоже «разъяснили», уличив в подлогах в приходно-расходной книге училища. К Смирнову присоединились несколько священников «одинакового с ним настроения». В числе их был протоиерей Макарий Топоров, «родной племянник бывшего митрополита Макария, который, пользуясь покровительством своего дяди, творил беззакония и избегал ответственности». Этот протоиерей, по словам Анатолия, «до государственного переворота сидел тихо... но когда начались митинги, стал выступать на них., появляются его статьи провокационного характера в “Сибирской жизни”, направленные против меня. Вот эта компания и повела борьбу против меня».
Атаку на преосвященного оппозиция вела чрезвычайно грамотно. Среди противников архиерея был и секретарь консистории С. Шаламов, который благодаря своему служебному положению был в курсе всех дел епархиального управления и активно делился со съездом «компроматом» на епископа. Основным обвинением Анатолия послужила его резолюция от 11 марта 1917 г., разрешающая освятить иконы на знаменах-хоругвях, присланных из Петроградского отдела Союза Михаила Архангела В.М. Пуришкевичем. Неблагоприятную роль против архиерея сыграло и то, что депутатом местного исполнительного комитета был также противник епископа, псаломщик села Павловского И.М. Смирнов. Вместе с ним на съезд пришли представители комитета прапорщик Сизов, Наумов и «полдюжины вооруженных солдат—милиционеров, которые разместились в различных местах входной лестницы и при дверях».
По словам Анатолия, делегаты исполнительного комитета заявили, что «необходимо вопрос об отношении съезда к епископу решить в смысле отрицательном. если же духовенство не захочет высказаться в этом направлении, будут приняты меры». Как бы то ни было, съезд духовенства большинством голосов 73 против 34 выразил недоверие своему епископу. Анатолий сообщал в Синод, что «по непроверенным, правда, сведениям. среди депутатов съезда было много если не пьяных, то сильно подвыпивших. Говорят, — продолжал епископ, — всего было выпито 10 ведер. Один ящик вина, присланного депутатам из свечного завода 18 июня утром, до сей поры находится в помещении съезда в духовной семинарии».