Вмешательство Комитета в работу зафиксировано и в напечатанных протоколах съезда. Интересно отметить, что на протоколе о вынесении недоверия владыке сам Анатолий поставил резолюцию: «Только бы Господь не оставил меня своим доверием и милостью...»
Свой рапорт в Синод прислал и главный противник Анатолия — секретарь консистории Шаламов. Он представил перед депутатами негативный образ преосвященного.
Съездом была создана ревизионная комиссия, которая проверяла хозяйственную и денежную часть деятельности местной церковной власти. Основным обвинителем выступил секретарь местной консистории. Однако все финансовые дела оказались в исправном состоянии. Тогда, по словам секретаря, съезд обратил «особое внимание» на те дела консистории, которые, так или иначе, освещали церковно-общественную позицию архиерея. На съезде стали зачитывать резолюции Преосвященного на протоколах консистории. Например, такие многозначительные, как «красножабрый, краснощея, пантофельный, кошерный и т.п.». Что конкретно означали эти резолюции и на каких документах их ставил Анатолий, секретарь консистории не пояснил.
Особое внимание, конечно, привлекла уже известная резолюция от 11 марта, положенная преосвященным на отношении Усть-Калманского отдела Союза Михаила Архангела, разрешающая освятить и хранить в местной церкви знамена союза. По словам Шаламова, данная резолюция была получена консисторией 13 марта, и он, как секретарь, «решительно запротестовал против исполнения означенной резолюции, считая ее. после государственного переворота провокационным актом».
Излагая далее свой отчет о съезде, секретарь консистории начинает говорить о собственных действиях уже в третьем лице. Во время «заседания съезда секретарю консистории многократно приходилось выступать с различного рода разъяснениями. секретарь консистории счастлив засвидетельствовать, что исчерпывающие его разъяснения неоднократно сопровождались аплодисментами депутатов съезда». А после освещения вопроса о союзническом знамени «была выражена благодарность депутатов мирян и группы духовенства “за высокопонятый и исполненный долг гражданина”».
Правда, писал Шаламов, «некоторая группа депутатов, преимущественно клириков, настроенных реакционно, и названная на съезде темными силами», посчитала секретаря “церковным революционером”, с чем сам Шаламов в принципе согласился, «если разуметь под “церковным революционером” борьбу с самодержавием епископата».
Вместе с тем значительная часть духовенства все же поддерживала Анатолия. Многие были недовольны активным вмешательством в церковные дела Исполнительного Комитета. Последний и после съезда продолжал забрасывать посланиями столичные власти, как светские, так и церковные, с ультимативными требованиями устранить преосвященного, который не только «терроризирует» духовенство, но и в «настоящее время распространяет книгу “Печаль Русской земли”».
Второй рапорт направил в Синод и секретарь консистории Шаламов, сообщая, что в Анатолии продолжает «плотно сидеть епископское самодержавие». Он вновь затронул свою любимую тему — резолюции преосвященного на документах. По его словам, «если до революции какое-либо епархиальное учреждение проявляло инициативу, эта инициатива подвергалась осмеянию в резолюции в таком роде: “Шумим, братцы, шумим”». «Конечно, в другой раз, — продолжал Шаламов, — никому не хотелось фигурировать в роли Репетилова, и творческий порыв замирал». В заключение доклада секретарь консистории сообщал в Синод, что Анатолий «все так же стоит на том же пути, что и до революции, а игнорирование церковного общества есть дело контрреволюционное и поэтому нетерпимое». Такая резко антиепископская позиция человека, занимавшего должность секретаря консистории и бывшего фактически независимым от местного архиерея, не могла не обратить на себя внимание членов Синода.
Двадцать первого июля архиепископ Сергий телеграммой предложил Анатолию добровольно подать прошение об увольнении на покой. Владыка требуемое прошение написал, мотивируя свою просьбу «переутомлением и нуждой в продолжительном лечении». Синод не стал сразу принимать решение об устранении Томского епископа, возможно, по причине усилившейся активности сторонников Анатолия. Последние сообщали, что решение съезда — результат сведения личных счетов. По их словам, преосвященный «вполне, безусловно, признает Временное правительство... и с негодованием отвергает всякую мысль о контрреволюции».