На открывшийся 20 апреля в здании женского епархиального училища Чрезвычайный съезд прибыло депутатов гораздо больше предусмотренного числа, но право решающего голоса было дано всем. «Отслужив перед открытием съезда молебен, — сообщал в Синод Серафим, — я увидел, церковных ревнителей нет ни одного из известных мне в епархии. Все были новые неведомые лица или давно прославившиеся дурными поступками люди. Сильно пахло спиртом, ханжою. Несомненно, прошли в число депутатов сектанты и большевики».
Председателем большинством голосов был избран бывший священник, депутат II Государственной думы Ф.В. Тихвинский, лишенный сана за отказ выйти из фракции трудовиков. Съезд сразу принял радикальный характер, особенно, по словам архиепископа, «в крайнем революционном настроении» пребывали ржевские депутаты, их «поддерживала кучка крикунов, которая набрасывалась буквально с кулаками на всякого несогласного с ними».
Попытка приглашенного на съезд Серафимом профессора Московской духовной академии И.М. Громогласова внести успокоение в ряды депутатов закончилась неудачей. По словам владыки, профессор «признал съезд сборищем врагов церкви и отказался прочесть лекцию». Неудивительно, что при таком настроении депутатов вопрос о переизбрании епископов, как гласят официальные протоколы съезда, был сведен «с принципиальной точки зрения к местному архиепископу». Серафима обвиняли в неискренности, деспотизме, потворстве доносам, «введении полицейского строя в епархии, что он проведен в Тверь темными силами, что он слуга старого режима». В результате съезд вынес решение об оставлении Серафимом епархии «ввиду явно выраженного недоверия к его церковно-общественной деятельности». Когда депутаты перешли к обсуждению викарного епископа Арсения, последний пришел на съезд и, говоря словами официального протокола, «проявил сердечное и корректное отношение к епархиальному съезду».
Архиепископа чрезвычайно удивил и даже обескуражил такой ход дела. «Наша губерния во власти большевиков, — писал владыка обер-прокурору Синода Львову, — а потому стоит рядом с Кронштадтом по настроению и возбуждению... Для меня теперь ясно неоспоримо, что большевики создают церковную революцию с намереньем ослабить духовенство и сделать его беззащитным». Более того, Серафим считал, видимо, что возможности остаться в Твери у него нет, поэтому и просил помощи у своего давнего «приятеля» Львова: «Усердно прошу вас помочь мне в такую трудную минуту моей жизни. Хочу надеяться, что вы придумаете мне дело в Синоде и дадите таким образом пережить кризис. В голову не могло придти, что я доживу до современного положения».
Между тем в столицу направилась делегация Тверского съезда во главе с председателем съезда Тихвинским. Даже видавших виды членов Синода она шокировала своим радикализмом и несговорчивостью. Депутаты информировали церковный орган, что в Твери создан Епархиальный совет, который становится во главе управления епархией; архиепископ и консистория фактически отстранены от власти; звучало также требование немедленного удаления из епархии Серафима. По словам члена Синода протопресвитера Любимова, члены делегации заявили, что «ни на какое соглашение они не пойдут. Если так, — возмущался протопресвитер, — то зачем же они пришли в Синод?» А товарищ обер-прокурора А.В. Карташев назвал действие депутатов «чем-то вроде мародерства в тылу или действом рабов, спущенных с цепи». Обер-прокурор Синода в личном разговоре все же обнадежил делегацию, заявив, что, по его мнению, Серафим в епархию не вернется, ссылаясь на только что полученное письмо архиепископа. В Тверь делегация приехала в хорошем настроении, слух об обещании Львова начал быстро распространяться, чем вызвал негодование владыки. «Прошу Синод меня не увольнять, — телеграфировал Серафим, — частное письмо не может заменить прошение».
Синод определением от 10 мая отправил Серафима в отпуск. Временное управление епархией было возложено на его викария Арсения, сумевшего найти общий язык с радикально настроенной частью тверского духовенства. Согласно постановлению съезда в Твери избрали Епархиальный совет, куда и вошли наиболее активные противники Серафима.