По поводу своей речи перед депутатами Арсений сообщал, «что в ней не было сделано ни намека на личность архиепископа». По его словам, и впоследствии он был против непоминовения Серафима и «не вел никакой противной ему агитации». Владыка сообщал, что с августа среди священников епархии, «преимущественно городских», начало зреть серьезное недовольство деятельностью Епархиального совета: «Им стали приписывать стремление к демократизации священства в ущерб умственного уровня его носителей». Сыграло свою роль и обращение к Совету крестьянских депутатов, которое произошло, по словам Арсения, «в мое отсутствие в Твери, и, конечно, без моего ведения». Да и вообще, по словам владыки, он «старался держаться политического нейтралитета».
Арсений считал, что Серафим, обвиняя его, «черпал свои сведения не из осторожных источников и не разнообразных... Но не могу не подметить и другой стороны дела, субъективной. В письме нить рассуждения, лучше сказать, предположений такова: шептался Арсений с кем-нибудь, следовательно, шептался против меня; такое же понимание моих действий навязано и всем: явился я на съезд, конечно, с той целью, чтобы занять живое место; ездил по епархии — какая может быть другая цель поездок, кроме подкопов против архиепископа. Пусть меня простит высокопреосвященный, но я решительно протестую против навязывания мне подобной психики и логики и считаю ее совершенно произвольной и оскорбительной для меня».
В заключение своего доклада Синоду Арсений представил приложения, содержащие конкретный «источниковедческий» разбор положений из жалобы Серафима. Так как последний обвинял своего викария в агитации против него во время поездок по городам епархии, Арсений телеграммой запросил всех благочинных тех мест, где он был за время своего управления Тверской епархией. Ответ всех протоиереев был одинаков: Арсений не вел никакой агитации против Серафима.
Однако даже такой конструктивный разбор обвинений Серафима не помог викарию. Определением Синода от 11 сентября Арсений был перемещен в Таганрог на должность викария Екатеринославской епархии, а Таганрогский епископ Иоанн (Поммер) был назначен викарием в Тверь. В центральной прессе даже появилось сообщение, что по возвращении Серафима в Тверь викарий был «арестован в административном порядке». В действительности же Арсений спокойно, без всяких эксцессов покинул Тверь. Во время торжественного прощания с паствой ему были поднесены иконы и митра.
Однако Серафиму не суждено было долго торжествовать победу. В декабре Исполнительный комитет местного Совета рабочих и солдатских депутатов предъявил ему ультиматум: сдать все дела по управлению Тверской епархией Епархиальному совету до 1 января 1918 г. и покинуть пределы губернии. В письме, направленном владыке за подписью председателя Исполнительного комитета А.П. Вагжанова, содержалась интересная мотивировка такого решения: «... Принимая во внимание постановления чрезвычайного съезда духовенства 20—25 апреля и результаты баллотировки 8 августа».
Несчастному владыке ничего не оставалось, как снова покинуть Тверь. В Москве Серафим попытался заручиться поддержкой патриарха. Тихон направил письмо викарию епархии с просьбой сообщить обстоятельства конфликта архиепископа с Советом. Иоанн отвечал, что не знает «решительно ничего такого, что могло бы послужить достаточным основанием для насильственного удаления архиепископа». По его мнению, на данный ультиматум Совета можно смотреть только как на «предложения». «Такие предложения некоторые архипастыри оставляли без внимания. Отъезд может быть истолкован как проявление малодушия. Не уехать из епархии по предложению политической организации легче, чем потом приехать обратно в епархию», — считал Иоанн. «Конечно, — добавлял викарий, — при возвращении надо быть готовым ко всяким случайностям, от которых не спасут ни сан, ни возраст. но Бог милостив». В епархию Серафим не вернулся, хотя и принимал активное участие в заседаниях Поместного собора как Тверской архиерей. Основным виновником ситуации, сложившейся в епархии, архиепископ считал членов Тверского епархиального совета, которые, по его мнению, и строили против него всевозможные козни. Не доволен был владыка и позицией Синода, а также и патриарха, который, по его словам, во время доклада о положении в Твери «смеялся и балагурил».