Оправдываться перед Синодом владыке пришлось после другой статьи, посвященной делу Бейлиса и опубликованной в газете «Енисейская мысль». Никон довольно резко выступил в прессе против судебного процесса: «Слишком уж громадные обвинения желают некоторые возложить на совесть этого некогда Богоизбранного народа. Ведь и на христиан когда-то это гадкое обвинение возлагали. А вспомните иезуитскую испанскую и другие инквизиции... Не похоже ли все это на кошмарное Киевское дело». Статья епископа «заинтересовала» министра внутренних дел Н.А. Маклакова, который направил ее обер-прокурору Синода. От Никона потребовали объяснений.
Сохранился черновик письма Саблера Никону, в котором обер-прокурор писал, что «.уничижительная характеристика русской действительности при выражении симпатии еврейству неуместна и несообразна с саном и положением епархиального архиерея». Владыка оборонялся тонко, защищая, по сути, неуязвимую позицию. «Раз Св. Синод находит мою заметку неуместной и несообразной с саном и должностью епархиального архиерея. почтеннейше прошу разъяснить мне мои невольные ошибки и заблуждения». Никон также писал, что он «доселе действительный председатель Почаевско-Волынского Союза русского народа. и никаких симпатий к евреям как к обидчикам и поработителям русского народа не имел».
В деле также сохранилось письмо от председателя Одесского отдела дубровинского Союза русского народа, в котором автор выражал обер-прокурору Синода «искреннее сожаление», что в среде православной иерархии существуют личности, подобные Никону. Естественно, никаких разъяснений не последовало, на письмо епископа была наложена резолюция: «Прекратить производство». Никон снова спокойно мог заниматься епархиальными делами.
Обладая деспотичным характером, преосвященный в буквальном смысле терроризировал местное духовенство. В 1913 г. местный протоиерей Иоанн Пальмин прислал в Синод своеобразный донос на архиерея, который составил 108 машинописных страниц. По словам протоиерея, в епархии царит «“бироновщина”. “Слово и дело” в полном ходу, и дикий произвол не встречает организованного отпора. Местное духовенство низведено Никоном до положения быдла». Основной причиной такого положения, по мнению Пальмина, является социальная чуждость архиерея — выходца из дворянского сословия и на посту епископа остающегося «помещиком Безсоновым».
Пальмин создает выразительный портрет архиерея: «.упитанное лицо, грозно сверкающие гневом глаза.» Во время богослужения Никон стоит «с мертвой неподвижностью выправки былых времен николаевского солдата». А продолжительность службы «только вызывает удивление его неутомимостью». Однако, по мнению Пальмина, образ поведения владыки далек от благочестивого. Никон поощряет танцевальные вечера даже во время постов, «сам за полночь просиживает на эстраде, наблюдая, как юнцы и юницы духовной школы выделывают разнообразные па и грациозные, соблазнительные по пластичности, а часто и грубости новейших модных танцев движения».
Любовь к светским развлечениям архиерея объяснялась еще одним фактором, который, как представляется, играл немаловажную роль в его жизни. Об этом весьма осторожно пишет и Пальмин. Со времени приезда Никона в Красноярск рядом с ним появилась «...девица лет 20... счастливой наружности... именуемая “архиерейской племянницей”». Эта молодая особа — Женя Соббатович — сопровождала владыку «везде и всюду» и даже «присутствовала при приеме епископом официальных лиц». Впрочем, сама Женя отвечала, что «.она, собственно, не родня владыки, а знакомая. дочь товарища». «Племянница» поселилась вначале в покоях епископа, но, как иронично замечает Пальмин, «по крайней некультурности сибиряков возникли на этой почве толки» и она вынуждена была переехать на квартиру к протоиерею Смиренскому, где, впрочем, владыка «посещал ее во всякое время дня и ночи».
Женя очень любила танцевать, и, как пишет Пальмин, Никон «организовал у себя в архиерейском доме хор балалаечников», устраивая танцевальные вечера прямо у себя в покоях, где «балалаечники играли малороссийские песни, а Женя исполняла танцы, одетая в малороссийский костюм». Слухи об «архиерейской племяннице» не затихали, однако Никон, по-видимому, придавал им мало значения. (По свидетельству митрополита Евлогия, хорошо знавшего Никона («мой сотоварищ по Духовной академии»), Никон был переведен с Волыни в Красноярск в результате «скандальной истории в женском духовном училище... Он перевез с Волыни ученицу духовного училища и беззастенчиво поселил ее в архиерейском доме. Население возмущалось и всячески проявляло свое негодование».)