В царствование Николая I были нанесены чувствительные удары и по финансовой независимости Церкви, и по традиционно большой власти епархиальных архиереев. Если до этого в своей епархии владыка чувствовал себя в роли самодержца, проверить или проконтролировать которого было фактически невозможно, то появление в епархии в видоизмененном виде должности секретаря духовной консистории, который напрямую подчинялся обер-прокурору, серьезно ограничило власть архиерея или по крайней мере поставило его под контроль столичных властей. В результате деятельности николаевских обер-прокуроров Нечаева и особенно графа Протасова управление Церковью все больше стало напоминать министерское. Была учреждена собственная канцелярия обер-прокурора, из подчинения Синода были выведены все хозяйственные дела.
По существу, в николаевское время была довольно успешно предпринята попытка институционального завершения петровской церковной реформы. Важное отличие николаевских реформ заключалось в том, что власти не покушались на само «народное православие», и поэтому недовольство реформами могло проявиться разве что в среде высшего духовенства. (Провал петровской реформы благочестия как раз и объяснялся тем, что она затрагивала, по сути, все православное население страны.) Перефразируя известное выражение историка А.Е. Преснякова о николаевском периоде как «апогее самодержавия», можно сказать, что данная эпоха была и апогеем синодального строя.
Все это, конечно, не вызывает значительных дискуссий. С тезисом о превращении Церкви в ведомство православного исповедания трудно спорить. Однако при всем отрицательном опыте взаимоотношений государства и Церкви в синодальный период полного поглощения ее государственным аппаратом не произошло. Церковь имела свое управление, в которое, кроме назначения царем обер-прокурора, светская власть не могла вмешиваться; имела свой суд, свою цензуру.
По сути, их связывали две общие задачи: укрепление государственной власти и возможно более широкое распространение православия на территории Российской империи. Церковь являлась политическим и идеологическим союзников самодержавия, получая взамен государственную поддержку и покровительство. Самый умный иерарх Российской Церкви митрополит Филарет (Дроздов) тонко чувствовал нюансы данных взаимоотношений. Он выступал против как самостоятельной политической роли Церкви, так и излишнего вмешательства в ее дела со стороны различных государственных структур. Филарет считал, что слишком самостоятельная политическая роль Церкви не принесет ей ничего, кроме дискредитации.
Позиция и роль Филарета в общественной жизни России XIX века традиционно рассматривается как консервативная. Однако это явно не отражает весь широкий спектр симпатий и антипатий митрополита, который был значительно более сложным и явно не вписывающимся в оппозицию либерал-консерватор. По каждому политическому и церковному вопросу он имел свое независимое мнение, с которым вынуждены были считаться не только высшие представители государственной бюрократии, но и сам император. По словам протоиерея Георгия Флоровского, Филарет «удивительно неделикатно напоминал о внутренней независимости Церкви», а его государственная теория совсем не совпадала с официозной. «“Государь всю законность получает от церковного помазания”, то есть в Церкви и через Церковь. И помазуется только государь — не государство. Поэтому органы государственной власти не имеют никакой юрисдикции в делах церковных». (Ср. отзыв Филарета о деятельности обер-прокурора Синода кавалерийского генерала Н.А. Протасова: «Шпоры генерала цепляются за мою мантию».)
Широкое распространение образования затронуло и Церковь, образование становилось обязательным для будущих священников. Однако даже обязательность для детей духовенства образования, хотя бы начального, часто играла дурную роль, превращая верующего подростка в нигилиста.
Обучение в так называемой бурсе — начальном духовном училище нередко превращалось в сущую каторгу. Над мальчиками издевались и начальство, и педагоги, и старшие товарищи. Красочное, если так можно сказать, описание бурсачьего быта дал писатель Николай Помяловский. От нестерпимого жития ученики бежали
оттуда куда глаза глядят. Вышеупоминаемый Щапов, учившийся в бурсе в первой половине XIX в., вспоминал, что если и в его время отметка в классном журнале училища: «нахождение в бегах (курсив мой — П.Р.) была нормой, то что же было в прошлом столетии»? «И странно, и слезно, и пламенно молящийся малютка после лет 25 или в 30, после страшной внутренней борьбы, после тяжелого процесса анализа, сомнения и скептицизма иногда делался непреодолимым атеистом... матерьялистом...»