На следующий день после торжественной литургии в Казанском соборе началось голосование, проходившее в два тура. При первой баллотировке 699 делегатов из 1587 отдали свой голос Вениамину. Второе место было у Сергия, получившего 398 голосов, третье у Андрея — 364 голоса. За остальных кандидатов голосов было подано «много меньше». Во втором туре за Вениамина проголосовали 976 выборщиков, за Сергия - 625, за Андрея - 344. Таким образом, большинством был выбран викарий Петроградской епархии, Гдовский епископ Вениамин. Не помогла соперникам Вениамина и активно проведенная избирательная кампания, сопровождавшаяся усиленной агитацией и выпуском листовок.
На следующий день, 25 мая, архиепископ Платон на заседании Синода доложил о прошедших выборах. По словам Н. Любимова, «на двукратный вопрос обер-прокурора, не было ли заявлено каких-либо протестов, преосвященный заявил, что не только не было протестов, но что выборы произошли так гладко, так корректно, так даже умилительно и благоговейно, что лучше и желать нельзя». На что В.Н. Львов заявил, что еще до выборов к нему поступали жалобы по поводу самой системы избрания депутатов по приходам. Но если эти протесты и имели смысл, то только до избрания петроградского епископа, — считал Любимов, — «теперь же их читает (и читает, как будто смакует) В.Н. больше для собственного утешения в неудаче».
Действительно, результаты выборов можно было рассматривать как поражение обер-прокурора. Его основной протеже епископ Андрей стал лишь третьим. Более желательным для Львова был бы и архиепископ Сергий, единственный человек из старого состава Синода, сохранивший свое место. Любые инициативы обер-прокурора встречали неизменную поддержку архиепископа, имевшего репутацию необычайно изворотливого человека. Наотрез отказался В.Н. Львов и автоматически ввести новоизбранного владыку в состав высшего церковного органа: аполитичный Вениамин не вписывался в планы революционного обер-прокурора.
Так, давая интервью корреспонденту «Нового времени», Вениамин сказал свою знаменитую фразу, что он стоит за свободу Церкви, «но она должна быть чужда политике, ибо в прошлом от нее много пострадала». Сам владыка хотя и занимал до революции должность викария столичной епархии, удивительным образом оказался не замешанным в череде скандалов вокруг личности митрополита Питирима, которого относили к числу главных креатур Распутина. Многие современники, знавшие Вениамина, характеризуют его как искреннего человека, «не любившего играть роль и красоваться». Возможно, именно эти качества, а также большая популярность в среде простого народа и принесли ему победу на выборах.
В Москве в отличие от Петрограда увольнение епархиального владыки митрополита Макария, как об этом уже писалось, приняло скандальный характер.
Действительно, с первых дней революции московский клир проявлял необычайную активность. Даже по словам далекого от церковных проблем меньшевика Н.Н. Суханова, «духовенство встряхнулось, быстро “самоопределилось” и задумало не на шутку стать государством в государстве, особенно в Москве». Проходивший с 21 по 25 марта Чрезвычайный съезд духовенства и мирян вынес единогласное решение о необходимости избрания митрополита. Посылая «представление» съезда в Синод, временно управляющий епархией епископ Иоасаф писал, что «ввиду создавшегося в среде духовенства крайне тревожного настроения... единственной мерой, способной внести успокоение в смятенные ума верующих» может быть разрешение им избрать своего кандидата на кафедру.
На самом съезде высказывались мнения избрать митрополита «без всякого сношения с Синодом». В итоге было принято предложение специалиста по церковному праву профессора И.М. Громогласова — просить у высшей церковной власти не разрешения, а только благословения. На съезде был вызбран и организационный комитет по вопросу избрания будущего митрополита под председательством протоиерея Н.В. Цветкова. Юрисконсультом комитета стал И.М. Громогласов.