Высший церковный орган своим определением от 14 июня признал прошедшие в Екатеринбурге выборы несостоявшимися. Основной причиной такого решения было то, что состав избирателей при втором голосовании был значительно меньше, чем при первом. Таким образом, «не имея сведений о причинах неподачи голосов значительной части избирателей, Святейший Синод, в предупреждение возможных недоразумений и нареканий», постановил назначить новые выборы.
Они состоялись 8 августа. Архимандрит Софроний телеграммой из Китая дал свое согласие баллотироваться. Неопределенный ответ на этот раз поступил уже от Знамировского. Третьим была выдвинута кандидатура временно управляющего епархией епископа Серафима. Именно он и получил при выборах большинство голосов — 87, а архимандрит Софроний — 78. Однако Синод определением от 25 августа и эти выборы «не нашел возможности признать правильными». По мнению членов Синода, ни один из кандидатов не получил абсолютного большинства голосов, а второй же баллотировки, предусмотренной правилами, не было. Екатеринбуржцам было дано благословение на проведение новых выборов по утвержденным правилам. Возможно, причиной этого решения послужили жалобы, направленные в Синод по поводу якобы «нахального поведения» Серафима. Он не стал проводить второй баллотировки, в результате чего съезд, по словам доносчиков, превратился во что-то «ужасное» и сопровождался «руганью и криками». Так или иначе, но епархия начала готовиться к новым выборам.
25 октября в день Октябрьской революции в Екатеринбурге начал свою работу очередной съезд духовенства и мирян. Во время предварительного обсуждения наметились две «сильные кандидатуры» на пост епископа — все тот же временно управляющий епархией Серафим и вновь архимандрит Софроний. При баллотировке на следующий день первый получил 132 голоса, а второй — 160. Софронию тут же «пропели многолетие». По мнению местной церковной газеты, «ввиду строгого соблюдения формальной стороны... кассации выборов не ожидается». Здесь же помещалась биография «будущего епископа», который, как отмечалось, хотя и был «простой, ласковый и всем доступный», но в то же время имел «твердый характер».
Между тем в Синод снова стали поступать жалобы по поводу неправильности выборов. Указывалось на то, что на результат сильно повлияли многочисленные родственники архимандрита, которые не только усиленно агитировали, но и участвовали в голосовании. В одном из писем рассказывалось про некоего священника без креста и рясы, с остриженными волосами, который на съезде усиленно «чернил» епископа Серафима.
Сам временно управляющий епархией Серафим прислал в Синод официальный рапорт с докладом о прошедших выборах, а также письмо, в котором изложил свою версию событий 25—26 октября в Екатеринбурге. По словам владыки, на предвыборном собрании «рознь среди депутатов едва не дошла до драки благодаря агитации низших клириков». Многие из собравшихся активно «выступали против епископата и епископской власти», больше всех, неизвестно за что, досталось приглашенному на выборы епископу Соликамскому Феофану. Серафим проводил мысль, что на результаты голосования сильно повлияло участие родственников Софрония, которых в епархии было более 80 человек.
«Епархии, — писал владыка, — требуется епископ с твердой властью, таким может быть только епископ нареченный (так. — П.Р.) высшей церковной властью, а не случайно избранный толпою, которая листками “Церковно-общественного вестника”, статьями Титлинова определяет степень пригодности или непригодности того или иного кандидата и ставит им в вину защиту на Соборе патриаршества, власти епископской.» Серафим призывает епископат к корпоративной солидарности, пугая власти тем, что избранник, не имеющий соответствующего сана, будет выступать не только против патриаршества, но и против епископской власти вообще.
Сам избранный епископом Софроний отсутствовал в Екатеринбурге, но был сильно опечален «хладным дыханием анонимных писем», которые получал. По его словам, он совсем не стремится занять вдовствующую кафедру, так как сейчас это «сплошной тяжкий подвиг». Он также недоумевал, почему, если его кандидатура вызывает столько споров, ее «вовремя не отвели».