Перед делегатами выступил член Исполнительного комитета Народного Совета Петр Нагорный. Его выступление снова вызвало жаркие дискуссии, однако, по словам иеромонаха Арсения, «съезд на этот раз оказался щедрее» и в результате три представителя Совета вошли в его состав. В статье такое неожиданное решение съезда объяснялось тем, что съезд при его принятии руководствовался правилами Синода об избрании епископов, «допускающих делать некоторые отступления в соответствии с местными условиями». Возможно, инициатива участия в выборах исходила от активного депутата Совета священника Ломакина. В послании граждан Курска, направленном на «Всероссийский Вселенский Собор» (так! — П.Р.), о нем писали как о наиболее активной «темной силе», выступавшей против избрания бывшего преосвященного Тихона. Сам Ломакин, сообщалось в послании, «был в силе как пострадавший революционер 1905 года, сила его у солдат и рабочего класса». Участие представителей Совета в выборах зафиксировано и в «журнале» съезда, присланном в Синод.
Голосование проходило в монастырском соборе, который принял «необычный вид. Передняя часть храма, предназначенная для выборов, перегорожена решеткой, зеленый стол, урны».
Показателем «демократизма» этого съезда можно считать и состав комиссии, предназначенной для подсчета голосов. Так, в нее вошли протоиерей Мусанов, почетный гражданин Булкин, преподаватели семинарии Ф.И. Булгаков и Г.И. Булгаков, а также матрос Малахин, солдат Зюков и крестьянин Болтенков. В Синоде такое трогательное классовое единение не сочли неканоничным, и результаты выборов епископа Феофана были утверждены.
Харьковский архиепископ Антоний (Храповицкий) был одним из самых известных церковных деятелей эпохи. Незаурядный богослов и проповедник, активный монархист, он в то же время резко выступал против синодального строя, требуя восстановления патриаршества. После революции, 11 марта Антоний подал прошение об увольнении на покой: «Во избежание слухов, что я ухожу страха ради, — писал он в Синод, я изъявляю готовность управлять епархией еще 28 дней». Вскоре он написал еще одно прошение, однако высший церковный орган не спешил с увольнением архиепископа. Ситуация в Харькове осложнялась постоянным вмешательством в церковные дела новых светских органов власти.
Так, местным общественным комитетом была создана особая должность — «комиссар по духовным делам». Эту должность занял присяжный поверенный Рапп, который начал предпринимать попытки взять в свои руки все церковные дела, вплоть до увольнения и перемещения приходских священников. По словам самого Антония, к нему «вечером 5 марта явился господин и, не приняв благословения, заявил, что он от Исполнительного комитета... и просит меня внушить священникам не противодействовать признанию. Временного правительства. Я выразил сомнения в возможности со стороны священников подобных действий».
На следующий день в покоях архиепископа состоялось собрание городского духовенства. Была направлена приветственная телеграмма правительству и обер-прокурору. Было также постановлено обратиться в Комитет общественной безопасности с ходатайством о включении в его состав двух представителей от духовенства.
Через несколько дней «комиссар по духовным делам» снова посетил архиепископа и заявил, что желает сам собрать духовенство для «свободного обмена мыслями». На такое собрание явился и Рапп и, по словам Антония, признал, что «обмен мыслей и подача голосов происходила совершенно свободно». Однако это, видимо, мало удовлетворило комиссара, и он заявил, что желает собрать духовенство без присутствия архиерея, «ибо должен рапортовать о положении дел обер-прокурору и что он будет заглядывать и в консисторию, ибо имеет на то полномочия. Говорил он начальническим тоном».
Антоний на это ответил, «что хотя не признает канонически законными такие действия, но, не имеет физической возможности им препятствовать, тем более что уже доживает в Харькове последние недели». Однако местное духовенство, собранное и без владыки, выступило в его поддержку. Было также сказано, что владыка «никогда ни на кого не производил нравственного давления». Собрание закончилось пением «вечной памяти в смятении павших за освобождение родины».
Тогда комиссар, который, по словам преосвященного, был активным участником революции 1905 года, сидел в тюрьме, затем лежал «в здешней психиатрической лечебнице. и открыто признает себя неверующим», начал строить владыке мелкие козни, требуя убрать некоторых «реакционных» священников.
Архиепископ Антоний просил столичные церковные власти избавить епархию от «такого обер-архиерея»: «Хлопочу не о себе, — писал он, — мое ближайшее и дальнейшее будущее — келья в Святогорской обители». Обер-прокурор Синода в данном конфликте встал на сторону владыки. В.Н. Львов писал министру внутренних дел, что никакой комиссар им не назначался и если вмешательство «в церковные дела будет продолжаться, то я не могу взять на себя ответственность за правильное и закономерное течение дел».